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- PDB-7bpz: X-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-bezafibr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bpz
タイトルX-ray structure of human PPARalpha ligand binding domain-bezafibrate-SRC1 coactivator peptide co-crystals obtained by soaking
要素
  • 15-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1
  • Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Nuclear receptor (核内受容体) / Protein-ligand complex / PPAR (PPAR)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / regulation of fatty acid metabolic process / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of fatty acid oxidation / regulation of cellular ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / behavioral response to nicotine / negative regulation of appetite ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / regulation of fatty acid metabolic process / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of fatty acid oxidation / regulation of cellular ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / behavioral response to nicotine / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / lipoprotein metabolic process / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / labyrinthine layer morphogenesis / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of female receptivity / negative regulation of sequestering of triglyceride / nuclear steroid receptor activity / DNA-binding transcription activator activity / hypothalamus development / positive regulation of fatty acid metabolic process / nitric oxide metabolic process / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NFAT protein binding / positive regulation of ATP biosynthetic process / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / epidermis development / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / phosphatase binding / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / negative regulation of signaling receptor activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / positive regulation of gluconeogenesis / MDM2/MDM4 family protein binding / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / 授乳 / negative regulation of blood pressure / cellular response to starvation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / cerebellum development / response to nutrient / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of miRNA transcription / fatty acid metabolic process / response to progesterone / 糖新生 / nuclear estrogen receptor binding / hippocampus development / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / wound healing / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to insulin / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / Circadian Clock
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / 核内受容体コアクチベーター1 / PPAR / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / 核内受容体コアクチベーター1 / PPAR / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PEM / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / 核内受容体コアクチベーター1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Kamata, S. / Ishikawa, R. / Akahane, M. / Oyama, T. / Ishii, I.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16H05107 日本
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: PPAR alpha Ligand-Binding Domain Structures with Endogenous Fatty Acids and Fibrates.
著者: Kamata, S. / Oyama, T. / Saito, K. / Honda, A. / Yamamoto, Y. / Suda, K. / Ishikawa, R. / Itoh, T. / Watanabe, Y. / Shibata, T. / Uchida, K. / Suematsu, M. / Ishii, I.
履歴
登録2020年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: 15-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1
C: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
D: 15-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1326
ポリマ－65,4084
非ポリマー7242
水1448
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: 15-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0663
ポリマ－32,7042
非ポリマー3621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13660 Å2
手法PISA
2
C: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
D: 15-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0663
ポリマ－32,7042
非ポリマー3621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.126, 101.623, 61.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha /


分子量: 30856.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド 15-meric peptide from Nuclear receptor coactivator 1


分子量: 1848.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q15788, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
#3: 化合物 ChemComp-PEM / 2-[P-[2-P-CHLOROBENZAMIDO)ETHYL]PHENOXY]-2-METHYLPROPIONIC ACID / ベザフィブラ-ト / ベザフィブラート


分子量: 361.819 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20ClNO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Tris (pH 8.5), 25 %(w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月7日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→46.74 Å / Num. obs: 27127 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 53.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.43-2.523.40.3273.628570.8990.210.39100
9.09-46.743.30.0175270.9990.0110.0297

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.43 Å36.07 Å
Translation2.43 Å36.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1-2575-000精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SP6

3sp6


解像度: 2.43→36.068 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.99
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2421 1260 5.03 %
Rwork0.2009 --
obs0.2031 27102 93.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 119.68 Å2 / Biso mean: 62.7159 Å2 / Biso min: 35.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→36.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4326 0 88 8 4422
Biso mean--75.29 48.77 -
残基数----543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7816003
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004763
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7662711
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.43-2.47670.34811480.2773256191
2.4767-2.52730.2828990.2549259791
2.5273-2.58220.28351170.2426255491
2.5822-2.64230.25431020.2505260390
2.6423-2.70830.28611310.2486256491
2.7083-2.78150.29741370.2442261193
2.7815-2.86330.31431460.2535263593
2.8633-2.95570.31911400.2479265194
2.9557-3.06130.31061410.2546265094
3.0613-3.18380.32851320.2582268294
3.1838-3.32860.27141510.2505262295
3.3286-3.5040.30671270.2251270095
3.504-3.72330.21451450.2034268195
3.7233-4.01040.28831380.1815266394
4.0104-4.41340.19611620.1693266495
4.4134-5.05050.21741930.1587254992
5.0505-6.35740.27161300.1968271696
6.3574-36.0680.16291710.1552272798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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