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- PDB-6k0t: Crystal Structure of PPARgamma Ligand Binding Domain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k0t
タイトルCrystal Structure of PPARgamma Ligand Binding Domain in complex with dibenzooxepine derivative compound-17
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
キーワードNUCLEAR PROTEIN / PPARgamma / Ligand binding domain / PPARg modulator / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular respiration / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / lipoprotein transport / WW domain binding / response to starvation / positive regulation of fatty acid metabolic process / temperature homeostasis / STAT family protein binding / response to lipid / response to muscle activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / lncRNA binding / negative regulation of cholesterol storage / intracellular glucose homeostasis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / fatty acid oxidation / response to dietary excess / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / monocyte differentiation / white fat cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / adipose tissue development / negative regulation of mitochondrial fission / negative regulation of osteoblast differentiation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / BMP signaling pathway / brown fat cell differentiation / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / energy homeostasis / cell maturation / digestion / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to nutrient / peptide binding / positive regulation of gluconeogenesis / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of miRNA transcription / RNA splicing / negative regulation of angiogenesis / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / nuclear receptor binding / transcription coregulator binding / gluconeogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / SUMOylation of intracellular receptors / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / circadian regulation of gene expression / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / fatty acid metabolic process / regulation of circadian rhythm / PML body / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CTU / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Suzuki, M. / Yamamoto, K. / Takahashi, Y. / Saito, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development of a novel class of peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) gamma ligands as an anticancer agent with a unique binding mode based on a non-thiazolidinedione scaffold.
著者: Yamamoto, K. / Tamura, T. / Nakamura, R. / Hosoe, S. / Matsubara, M. / Nagata, K. / Kodaira, H. / Uemori, T. / Takahashi, Y. / Suzuki, M. / Saito, J.I. / Ueno, K. / Shuto, S.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
C: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
D: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3096
ポリマ－68,2514
非ポリマー1,0582
水8,089449
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6553
ポリマ－34,1262
非ポリマー5291
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
2
C: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
D: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6553
ポリマ－34,1262
非ポリマー5291
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.340, 54.060, 70.490
Angle α, β, γ (deg.)94.26, 103.94, 89.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 32769.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha


分子量: 1355.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CTU / 3-[(1~{E})-1-[8-[(8-chloranyl-2-cyclopropyl-imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl)methyl]-3-fluoranyl-6~{H}-benzo[c][1]benzoxepin-11-ylidene]ethyl]-4~{H}-1,2,4-oxadiazol-5-one


分子量: 528.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H22ClFN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05M Magnesium acetate, 0.1M Sodium acetate, 12% PEG 8,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→43.96 Å / Num. obs: 52839 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7640 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.2 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24425 2650 5 %RANDOM
Rwork0.19212 ---
obs0.1947 50181 95.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20.02 Å20.84 Å2
2---0.75 Å2-0.25 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.84→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4419 0 76 449 4944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134646
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5821.6696287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3231.59110537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9785567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.07424.206214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.26615897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6451517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.051.7942220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.051.7942219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8222.6742770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8222.6742771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0991.9482426
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0981.9482426
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8452.8733500
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.59722.5895563
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.46721.9095446
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.838→1.886 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 198 -
Rwork0.349 3654 -
obs--94.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.95230.08630.47283.2557-0.44881.67550.0688-0.31510.0470.6371-0.0251-0.1062-0.19880.2157-0.04360.1363-0.0374-0.01360.1074-0.0210.0081-8.65413.30612.753
21.8841-0.35160.35983.26110.53221.93160.11350.30490.0778-0.6843-0.12610.1278-0.3011-0.23680.01250.16720.0647-0.02190.09630.01420.01068.56140.193-13.593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A205 - 477
2X-RAY DIFFRACTION1B141 - 150
3X-RAY DIFFRACTION2C205 - 477
4X-RAY DIFFRACTION2D139 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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