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- PDB-3et1: Structure of PPARalpha with 3-[5-Methoxy-1-(4-methoxy-benzenesulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3et1
タイトルStructure of PPARalpha with 3-[5-Methoxy-1-(4-methoxy-benzenesulfonyl)-1H-indol-3-yl]-propionic acid
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
  • Steroid receptor coactivator 1
キーワードTranscription/Transferase / PPAR / PPARa / PPARalpha / Drug Discovery / Diabetes / adiponectin / metabolic disease / fragment-based drug discovery / scaffold-based drug discovery / Activator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Polymorphism / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Acyltransferase / Alternative splicing / Chromosomal rearrangement / Phosphoprotein / Proto-oncogene / Transferase / Ubl conjugation / Transcription-Transferase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / lipoprotein metabolic process ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / lipoprotein metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / DNA-binding transcription activator activity / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / positive regulation of ATP biosynthetic process / NFAT protein binding / negative regulation of cholesterol storage / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / Synthesis of bile acids and bile salts / epidermis development / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / phosphatase binding / response to retinoic acid / positive regulation of lipid biosynthetic process / progesterone receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to hormone stimulus / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / estrous cycle / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / estrogen receptor signaling pathway / nitric oxide metabolic process / negative regulation of blood pressure / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / : / MDM2/MDM4 family protein binding / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / response to nutrient / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / hippocampus development / response to progesterone / cellular response to starvation / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / fatty acid metabolic process / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear estrogen receptor binding / response to insulin / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1 / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ET1 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, K.Y.J. / Wang, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Scaffold-based discovery of indeglitazar, a PPAR pan-active anti-diabetic agent
著者: Artis, D.R. / Lin, J.J. / Zhang, C. / Wang, W. / Mehra, U. / Perreault, M. / Erbe, D. / Krupka, H.I. / England, B.P. / Arnold, J. / Plotnikov, A.N. / Marimuthu, A. / Nguyen, H. / Will, S. / ...著者: Artis, D.R. / Lin, J.J. / Zhang, C. / Wang, W. / Mehra, U. / Perreault, M. / Erbe, D. / Krupka, H.I. / England, B.P. / Arnold, J. / Plotnikov, A.N. / Marimuthu, A. / Nguyen, H. / Will, S. / Signaevsky, M. / Kral, J. / Cantwell, J. / Settachatgull, C. / Yan, D.S. / Fong, D. / Oh, A. / Shi, S. / Womack, P. / Powell, B. / Habets, G. / West, B.L. / Zhang, K.Y. / Milburn, M.V. / Vlasuk, G.P. / Hirth, K.P. / Nolop, K. / Bollag, G. / Ibrahim, P.N. / Tobin, J.F.
履歴
登録2008年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
P: Steroid receptor coactivator 1
Q: Steroid receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4586
ポリマ－69,6794
非ポリマー7792
水1,67593
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
P: Steroid receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2293
ポリマ－34,8402
非ポリマー3891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13850 Å2
手法PISA
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
Q: Steroid receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2293
ポリマ－34,8402
非ポリマー3891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.869, 89.595, 101.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / PPAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 1


分子量: 32874.246 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARA, NR1C1, PPAR / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド Steroid receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Nuclear receptor coactivator 1 / SRC-1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52


分子量: 1965.281 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 681-696 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA1, SRC1 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-ET1 / 3-{5-methoxy-1-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-1H-indol-3-yl}propanoic acid / PPM-204


分子量: 389.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19NO6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: The purified PPARa LBD protein was diluted to 10 mg/ml and 1mM of indeglitazar and 2x molar excess of SRC-1 peptide were added prior to crystallization by mixing equal volumes of ...詳細: The purified PPARa LBD protein was diluted to 10 mg/ml and 1mM of indeglitazar and 2x molar excess of SRC-1 peptide were added prior to crystallization by mixing equal volumes of protein/compound sample with reservoir solution containing 16% PEG 8000, 0.1 M Tris buffer at pH 8.0, 0.02 M lithium sulfate, and 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 26993 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.045
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.319 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
CCP4モデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KKQ

1kkq


解像度: 2.5→44.8 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1352 5.02 %
Rwork0.195 --
obs0.198 26918 99.7 %
all-27007 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.83 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.915 Å2--
2--5.8565 Å2-
3---10.0586 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4499 0 54 93 4646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d04634
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.956251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.631757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58950.35971220.26272497X-RAY DIFFRACTION99
2.5895-2.69310.29481150.23922556X-RAY DIFFRACTION99
2.6931-2.81570.31421360.21922501X-RAY DIFFRACTION99
2.8157-2.96410.29631520.21542492X-RAY DIFFRACTION100
2.9641-3.14980.31221100.23052559X-RAY DIFFRACTION100
3.1498-3.39290.28161530.2142530X-RAY DIFFRACTION100
3.3929-3.73420.29511330.19492567X-RAY DIFFRACTION100
3.7342-4.27410.20941590.16692548X-RAY DIFFRACTION100
4.2741-5.38350.20651400.15592591X-RAY DIFFRACTION100
5.3835-44.80470.24751320.1832725X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.08940.736-1.09271.70020.03921.9190.1554-0.1770.2665-0.00040.13120.1447-0.2622-0.1234-00.580.0310.10390.40340.04750.45853.340121.197829.6397
22.32420.59541.11252.12080.79461.95070.1096-0.0778-0.0544-0.09980.0328-0.0751-0.0120.15730.00020.3949-0.01240.00780.4994-0.06320.41630.175228.6138-4.7973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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