[日本語] English
万見
- PDB-3et0: Structure of PPARgamma with 3-(5-Methoxy-1H-indol-3-yl)-propionic acid -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3et0
タイトルStructure of PPARgamma with 3-(5-Methoxy-1H-indol-3-yl)-propionic acid
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / PPAR / PPARg / PPARgamma / Drug Discovery / Diabetes / adiponectin / metabolic disease / fragment-based drug discovery / scaffold-based drug discovery / Activator / Alternative splicing / Diabetes mellitus / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Obesity / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / : / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / intracellular receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / peptide binding / negative regulation of angiogenesis / transcription coregulator binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / fatty acid metabolic process / placenta development / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / innate immune response / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)propanoic acid / alpha-D-glucopyranose / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang, K.Y.J. / Wang, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Scaffold-based discovery of indeglitazar, a PPAR pan-active anti-diabetic agent
著者: Artis, D.R. / Lin, J.J. / Zhang, C. / Wang, W. / Mehra, U. / Perreault, M. / Erbe, D. / Krupka, H.I. / England, B.P. / Arnold, J. / Plotnikov, A.N. / Marimuthu, A. / Nguyen, H. / Will, S. / ...著者: Artis, D.R. / Lin, J.J. / Zhang, C. / Wang, W. / Mehra, U. / Perreault, M. / Erbe, D. / Krupka, H.I. / England, B.P. / Arnold, J. / Plotnikov, A.N. / Marimuthu, A. / Nguyen, H. / Will, S. / Signaevsky, M. / Kral, J. / Cantwell, J. / Settachatgull, C. / Yan, D.S. / Fong, D. / Oh, A. / Shi, S. / Womack, P. / Powell, B. / Habets, G. / West, B.L. / Zhang, K.Y. / Milburn, M.V. / Vlasuk, G.P. / Hirth, K.P. / Nolop, K. / Bollag, G. / Ibrahim, P.N. / Tobin, J.F.
履歴
登録2008年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1514
ポリマ－66,7512
非ポリマー3992
水1,76598
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5952
ポリマ－33,3761
非ポリマー2191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5562
ポリマ－33,3761
非ポリマー1801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.349, 62.451, 119.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 33375.688 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-ET0 / 3-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)propanoic acid / 3-(5-メトキシ-1H-インド-ル-3-イル)プロパン酸


分子量: 219.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO3
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The purified PPARg ligand binding domain (LBD) protein was diluated to 12 mg/ml and 1mM of compound 1 was added to the protein prior to crystallization by mixing equal volumes of ...詳細: The purified PPARg ligand binding domain (LBD) protein was diluated to 12 mg/ml and 1mM of compound 1 was added to the protein prior to crystallization by mixing equal volumes of protein/compound sample with reservoir solution containing 0.9 M sodium citrate and 0.1 M 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (HEPES) at pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 27794 / Num. obs: 26349 / % possible obs: 0.948 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.046
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 2.5 % / Num. unique all: 3206 / Rsym value: 0.391 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
CCP4モデル構築
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PRG

2prg


解像度: 2.4→29.188 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2554 1318 5.16 %RANDOM
Rwork0.2002 ---
obs0.2032 25523 96.31 %-
all-26349 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.362 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4163 0 28 98 4289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.49610.34351300.24352621X-RAY DIFFRACTION95
2.4961-2.60960.32971430.23282658X-RAY DIFFRACTION96
2.6096-2.74710.31931360.22522669X-RAY DIFFRACTION96
2.7471-2.91910.2831450.22972670X-RAY DIFFRACTION96
2.9191-3.14420.33521450.23882683X-RAY DIFFRACTION96
3.1442-3.46020.29481520.23082736X-RAY DIFFRACTION98
3.4602-3.95980.2281600.19132702X-RAY DIFFRACTION98
3.9598-4.98490.21441600.1592721X-RAY DIFFRACTION97
4.9849-29.19010.19591470.17322745X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47990.0878-0.04541.4230.17471.019-0.1834-0.1489-0.1493-0.07090.2492-0.1859-0.06170.248400.32890.1169-0.00510.48970.03950.361513.307855.826917.1726
21.81590.6206-0.93480.43880.25862.30630.0912-0.1922-0.07760.0817-0.00180.121-0.22570.2225-00.43140.15080.00920.26920.04950.365630.879733.359534.2035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る