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- PDB-7bn2: Clathrin heavy chain N-terminal domain bound to Non structured pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bn2
タイトルClathrin heavy chain N-terminal domain bound to Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus
要素
  • Clathrin heavy chain 1
  • Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CLTC-NTD / Clathrin-Box motif / Non structured protein 3 / Eastern Equine Encephalitis Virus
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin light chain binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / clathrin complex / clathrin coat / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / transferrin transport / amyloid-beta clearance by transcytosis ...clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / clathrin light chain binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / clathrin complex / clathrin coat / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / transferrin transport / amyloid-beta clearance by transcytosis / mitotic spindle microtubule / clathrin coat of coated pit / clathrin coat disassembly / clathrin coat assembly / Retrograde neurotrophin signalling / Formation of annular gap junctions / clathrin-coated endocytic vesicle / Gap junction degradation / LDL clearance / clathrin-dependent endocytosis / ALK mutants bind TKIs / endolysosome membrane / retrograde transport, endosome to Golgi / negative regulation of protein localization to plasma membrane / clathrin-coated vesicle / Lysosome Vesicle Biogenesis / RHOV GTPase cycle / low-density lipoprotein particle receptor binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ubiquitin-specific protease binding / Recycling pathway of L1 / RHOU GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / regulation of mitotic spindle organization / MHC class II antigen presentation / VLDLR internalisation and degradation / receptor-mediated endocytosis / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / receptor internalization / mitotic spindle / autophagy / spindle / osteoblast differentiation / double-stranded RNA binding / disordered domain specific binding / extracellular vesicle / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / melanosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / mitotic cell cycle / lysosome / endosome / cell division / focal adhesion / protein kinase binding / structural molecule activity / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Region in Clathrin and VPS / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat ...Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / Clathrin-H-link / Region in Clathrin and VPS / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Clathrin heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.965 Å
データ登録者Badgujar, D.C. / Dobritzsch, D.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchSB16-0039 スウェーデン
Swedish Research Council2016-04965 スウェーデン
Swedish Research Council2016-04134 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Large-scale phage-based screening reveals extensive pan-viral mimicry of host short linear motifs
著者: Mihalic, F. / Simonetti, L. / Giudice, G. / Sander, M.R. / Lindqvist, R. / Peters, M.B.A. / Benz, C. / Kassa, E. / Badgujar, D. / Inturi, R. / Ali, M. / Krystkowiak, I. / Sayadi, A. / ...著者: Mihalic, F. / Simonetti, L. / Giudice, G. / Sander, M.R. / Lindqvist, R. / Peters, M.B.A. / Benz, C. / Kassa, E. / Badgujar, D. / Inturi, R. / Ali, M. / Krystkowiak, I. / Sayadi, A. / Andersson, E. / Aronsson, H. / Soderberg, O. / Dobritzsch, D. / Petsalaki, E. / Overby, A.K. / Jemth, P. / Davey, N.E. / Ivarsson, Y.
履歴
登録2021年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Clathrin heavy chain 1
BBB: Clathrin heavy chain 1
CCC: Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus
DDD: Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1346
ポリマ－84,9434
非ポリマー1912
水9,062503
1
AAA: Clathrin heavy chain 1
CCC: Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5683
ポリマ－42,4722
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16640 Å2
手法PISA
2
BBB: Clathrin heavy chain 1
DDD: Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5673
ポリマ－42,4722
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.900, 129.119, 77.881
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.294, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11BBB-611-

HOH

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要素

#1: 抗体 Clathrin heavy chain 1 / Clathrin heavy chain on chromosome 17 / CLH-17


分子量: 40543.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLTC, CLH17, CLTCL2, KIAA0034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00610
#2: タンパク質・ペプチド Non structured protein 3 from Eastern Equine Encephalitis Virus


分子量: 1928.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 550 MME; PEG 20K and 0.1M NPS buffer system NaN03; Na2HPO4; (NH4)2SO4, pH-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→89.36 Å / Num. obs: 62270 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.96→2.11 Å / Num. unique obs: 3115 / CC1/2: 0.629

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1c9i

1c9i


解像度: 1.965→89.352 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.12 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3167 5.085 %0.18
Rwork0.1815 59120 --
all0.184 ---
obs-62270 71.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.422 Å20 Å2-0.277 Å2
2---0.269 Å20 Å2
3---0.075 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.965→89.352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5760 0 10 503 6273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0135943
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0175542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.6378073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3471.56912906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9745750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.03323.75296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.281151042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2291527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.190.25274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.22842
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.22678
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1130.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1460.221
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8923.3612962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8923.362961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4415.0233700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4415.0253701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5213.7442981
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5173.742979
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4345.4544364
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4325.4544364
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.6140.0056446
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.6140.0166447
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.965-2.0160.296840.27716130.27863860.8230.82926.57380.276
2.016-2.0710.286560.2819610.28162680.8380.83716.22530.28
2.071-2.1310.265430.26811130.26860610.8750.84119.07280.259
2.131-2.1970.2881660.2332470.23258840.8440.87358.00480.217
2.197-2.2690.26890.24619310.24757050.8640.85735.40750.23
2.269-2.3480.2872270.22540320.22855810.8390.87876.31250.204
2.348-2.4370.2762090.22240720.22453130.8650.88780.57590.199
2.437-2.5360.2522190.20641970.20951760.8980.90785.31680.181
2.536-2.6490.232240.243130.20248820.9070.91392.93320.174
2.649-2.7780.2462300.19644870.19847440.9080.92199.43090.169
2.778-2.9280.2232320.18242330.18444830.9260.93699.59850.163
2.928-3.1060.232080.17840530.18142660.9260.9499.88280.165
3.106-3.320.2222320.18837380.1939770.9320.94299.8240.18
3.32-3.5850.2342020.18135130.18337270.9440.95299.6780.178
3.585-3.9270.2191800.16832330.1734400.9460.95799.21510.168
3.927-4.3890.1721770.14528990.14730870.9620.96699.64370.153
4.389-5.0660.1661310.13925800.14127390.9720.97498.97770.156
5.066-6.20.1951190.16522050.16623330.9670.96799.61420.182
6.2-8.7470.194860.17217300.17318170.9530.95999.9450.192
8.747-89.3520.222530.2019700.20210270.9440.94899.61050.254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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