PDB-4djk: Structure of glutamate-GABA antiporter GadC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4djk

タイトル

Structure of glutamate-GABA antiporter GadC

要素

Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / LeuT / glutamate-GABA antiporter

機能・相同性

Glutamate:g-aminobutyrate antiporter / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / intracellular pH elevation / antiporter activity / amino acid transport / plasma membrane / Glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.097 Å

データ登録者

Ma, D. / Lu, P.L. / Yan, C.Y. / Fan, C. / Yin, P. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure and mechanism of a glutamate-GABA antiporter
著者: Ma, D. / Lu, P.L. / Yan, C.Y. / Fan, C. / Yin, P. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.

履歴

登録	2012年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4djk.cif.gz	361.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4djk.ent.gz	303.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4djk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4djk_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4djk_full_validation.pdf.gz	538.5 KB	表示
XML形式データ	4djk_validation.xml.gz	43.5 KB	表示
CIF形式データ	4djk_validation.cif.gz	58 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4djk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4djk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4djiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dji-2 4it0-2 3qz5-1 1e1z-d 3qyh-1 1n2k-d 3qz5-3 5fq4-2 3qz9-2 6yu4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter

B: Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter

登録者が定義した集合体
55.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter

登録者が定義した集合体
55.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.962, 106.408, 185.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter / GadC / Extreme acid sensitivity protein 分子量: 55114.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: gadC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63235

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.92 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG400, 100mM Tris-HCl, 200mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月8日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.097→50 Å / Num. all: 31468 / Num. obs: 21370 / % possible obs: 79.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 102.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	解像度: 3.097→3.21 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 19.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.097→33.14 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6006 / SU ML: 0.93 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.93 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3246	1143	5.37 %	RANDOM
R_work	0.2825	20133	-	-
obs	0.2849	21276	79.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 91.185 Å² / k_sol: 0.247 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 336.85 Å² / B_iso mean: 142.9525 Å² / B_iso min: 58.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	51.3239 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-9.3413 Å²	0 Å²
3-	-	-	-41.9826 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.097→33.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6891	0	0	0	6891

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7067
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.498	9648
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	1184
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1159
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.31	4190

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.0971-3.2379	0.7745	34	0.4199	681	715	22
3.2379-3.4085	0.4381	176	0.3705	1341	1517	46
3.4085-3.6218			0.3581	2431		74
3.6218-3.901	0.447	319	0.3394	2830	3149	95
3.901-4.2928			0.2842	3307		100
4.2928-4.9123	0.3057	269	0.2221	3051	3320	99
4.9123-6.1824	0.4397	212	0.311	3161	3373	100
6.1824-33.1423	0.2277	133	0.2639	3331	3464	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2784	-0.0153	-1.2499	3.1673	-0.8607	6.8819	0.1842	0.196	-0.5144	-1.0907	-0.3196	0.1263	0.7803	0.3467	0.158	0.9494	0.2425	-0.1217	0.6135	-0.005	0.5786	25.2575	48.251	39.352
2	1.2101	-0.3406	0.9982	1.948	-1.2664	6.7795	0.5124	0.4353	-0.2298	-0.1756	-0.4357	0.0316	0.4309	0.2567	-0.0141	0.4106	0.2645	-0.1776	0.4247	-0.2122	0.5121	25.5913	48.8427	42.7329
3	4.9289	-0.6193	1.6651	5.434	1.5392	5.0891	-0.4407	0.5198	0.8038	-0.7918	0.7422	-0.37	-1.7531	0.5594	0.8632	-0.0427	0.056	-0.1735	0.5752	0.0054	0.1266	24.1041	53.9983	56.0674
4	9.5454	-3.6641	-0.1277	4.1309	-0.2693	3.131	-0.3735	-0.3037	0.6438	0.3964	0.2206	-0.7184	-0.0928	0.6671	0.1363	0.4642	0.478	-0.2149	1.0577	0.0006	1.4476	21.6023	39.1703	37.9793
5	2.5206	-0.1497	0.7849	3.037	-1.0622	5.6041	-0.3247	-0.5662	-0.1489	0.9485	-0.0538	-0.1888	-0.979	1.87	0.2751	0.7722	0.0465	-0.2545	1.1977	-0.0473	0.7326	31.049	49.6366	90.7782
6	1.4281	0.52	-0.2736	2.5273	-0.069	6.2818	-0.2713	0.103	0.2784	1.1217	0.1664	-0.4091	-1.06	1.1881	-0.0154	0.7795	0.2338	-0.1519	0.7734	-0.2198	0.5601	30.8537	49.2078	87.3272
7	7.8085	0.6166	-1.062	7.9782	0.2741	5.5223	0.3814	0.6691	-0.0612	0.9382	-0.2333	0.4036	-0.7693	-0.4791	0.026	0.5988	0.0946	-0.0274	0.5801	0.0159	0.4942	25.9994	48.8712	73.7446
8	3.0036	1.978	-0.7308	3.1256	1.7309	2.8628	0.191	1.6455	0.8407	1.5941	1.0551	-1.0423	-1.096	0.6565	-1.4721	1.1711	-0.2723	-0.0822	1.3939	-0.0371	1.7277	35.9917	58.342	92.3289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 12:180 )	A	12 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 193:403 )	A	193 - 403
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 404:466 )	A	404 - 466
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 491:501 )	A	491 - 501
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 12:181 )	B	12 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 193:403 )	B	193 - 403
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 404:468 )	B	404 - 468
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 491:501 )	B	491 - 501

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)