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万見
- PDB-4dji: Structure of glutamate-GABA antiporter GadC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dji
タイトルStructure of glutamate-GABA antiporter GadC
要素Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LeuT fold / glutamate-GABA antiporter
機能・相同性Glutamate:g-aminobutyrate antiporter / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / intracellular pH elevation / antiporter activity / amino acid transport / plasma membrane / Glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.187 Å
データ登録者Ma, D. / Lu, P.L. / Yan, C.Y. / Fan, C. / Yin, P. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure and mechanism of a glutamate-GABA antiporter
著者: Ma, D. / Lu, P.L. / Yan, C.Y. / Fan, C. / Yin, P. / Wang, J.W. / Shi, Y.G.
履歴
登録2012年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter
B: Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2282
ポリマ－110,2282
非ポリマー00
水00
1
A: Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1141
ポリマ－55,1141
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1141
ポリマ－55,1141
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area37230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.618, 105.415, 188.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter / GadC / Extreme acid sensitivity protein


分子量: 55114.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: gadC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63235

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% PEG400, 100mM Tris-HCl, 200mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.187→40 Å / Num. all: 26653 / Num. obs: 22522 / % possible obs: 84.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 89.21 Å2
反射 シェル解像度: 3.187→3.31 Å / % possible all: 47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.187→35.518 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6955 / SU ML: 0.99 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3277 1146 5.13 %
Rwork0.3096 21209 -
obs0.3106 22355 84.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.768 Å2 / ksol: 0.284 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 257.79 Å2 / Biso mean: 108.5685 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.8108 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.9388 Å20 Å2
3----4.8407 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.187→35.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7342 0 0 0 7342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0157527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6410276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1021257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0181245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.6272563
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1871-3.3320.4199500.40751036108634
3.332-3.50760.39211070.37551858196560
3.5076-3.72710.3951290.38122549267882
3.7271-4.01450.37091600.36443096325699
4.0145-4.41780.32621580.312431413299100
4.4178-5.05550.30481640.266131583322100
5.0555-6.36350.40311900.337731453335100
6.3635-35.51990.25761880.26463226341497
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.5593 Å / Origin y: -4.2023 Å / Origin z: 22.0175 Å
111213212223313233
T0.3221 Å20.1093 Å2-0.0556 Å2--0.0452 Å20.0661 Å2--0.2995 Å2
L1.2984 °20.2871 °2-0.0397 °2-1.6562 °20.433 °2--7.6525 °2
S-0.0635 Å °0.1598 Å °-0.0147 Å °-0.2188 Å °0.0484 Å °0.1916 Å °-0.8863 Å °-0.264 Å °-0.0126 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA10 - 509
2X-RAY DIFFRACTION1allB12 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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