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- PDB-4d79: Crystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine d... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d79 | ||||||
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Title | Crystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine dehydratase, TcdA, in complex with ATP at 1.768 Angstroem resolution | ||||||
![]() | TRNA THREONYLCARBAMOYLADENOSINE DEHYDRATASE | ||||||
![]() | LIGASE / L-CYSTEINE DESULFURASE / TRANSPERSULFURATION / SULFUR TRAFFICKING | ||||||
Function / homology | ![]() Ligases; Forming carbon-oxygen bonds / tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sodium ion binding / potassium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lopez-Estepa, M. / Arda, A. / Savko, M. / Round, A. / Shepard, W. / Bruix, M. / Coll, M. / Fernandez, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Crystal Structure and Small-Angle X-Ray Analysis of Csdl/Tcda Reveal a New tRNA Binding Motif in the Moeb/E1 Superfamily. Authors: Lopez-Estepa, M. / Arda, A. / Savko, M. / Round, A. / Shepard, W.E. / Bruix, M. / Coll, M. / Fernandez, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 328.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4d7aC ![]() 1jwaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 29667.164 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q46927, Ligases; Forming carbon-oxygen bonds |
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-Non-polymers , 5 types, 528 molecules ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | ChemComp-ATP / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.86 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL | |||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||
Reflection | Resolution: 1.77→77.23 Å / Num. obs: 89893 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 19 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.77 Å / Redundancy: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 38.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1JWA Resolution: 1.768→41.128 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.89 / Phase error: 19.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.768→41.128 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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