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- PDB-7bgu: Mason-Pfizer Monkey Virus Protease mutant C7A/D26N/C106A in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bgu
タイトルMason-Pfizer Monkey Virus Protease mutant C7A/D26N/C106A in complex with peptidomimetic inhibitor
要素
  • Gag-Pro-Pol polyprotein
  • peptidomimetic inhibitor
キーワードHYDROLASE / Mason-Pfizer Monkey Virus / M-PMV / retropepsin / active site inhibitor / active site mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / structural constituent of virion / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / dUTPase-like / dUTPase ...Beta-retroviral matrix protein / Beta-retroviral matrix superfamily / Retroviral GAG p10 protein / GAG-polyprotein viral zinc-finger / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.433 Å
データ登録者Wosicki, S. / Gilski, M. / Kazmierczyk, M. / Jaskolski, M. / Zabranska, H. / Pichova, I.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Academy of SciencesRVO 61388963 チェコ
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of inhibitor complexes of M-PMV protease with visible flap loops.
著者: Wosicki, S. / Kazmierczyk, M. / Gilski, M. / Zabranska, H. / Pichova, I. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Comparison of a retroviral protease in monomeric and dimeric states.
著者: Wosicki, S. / Gilski, M. / Zabranska, H. / Pichova, I. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2011
タイトル: High-resolution structure of a retroviral protease folded as a monomer.
著者: Gilski, M. / Kazmierczyk, M. / Krzywda, S. / Zabranska, H. / Cooper, S. / Popovic, Z. / Khatib, F. / DiMaio, F. / Thompson, J. / Baker, D. / Pichova, I. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Crystal structure of a retroviral protease proves relationship to aspartic protease family.
著者: Miller, M. / Jaskolski, M. / Rao, J.K. / Leis, J. / Wlodawer, A.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Conserved folding in retroviral proteases: crystal structure of a synthetic HIV-1 protease.
著者: Wlodawer, A. / Miller, M. / Jaskolski, M. / Sathyanarayana, B.K. / Baldwin, E. / Weber, I.T. / Selk, L.M. / Clawson, L. / Schneider, J. / Kent, S.B.
#5: ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players.
著者: Khatib, F. / DiMaio, F. / Cooper, S. / Kazmierczyk, M. / Gilski, M. / Krzywda, S. / Zabranska, H. / Pichova, I. / Thompson, J. / Popovic, Z. / Jaskolski, M. / Baker, D.
履歴
登録2021年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag-Pro-Pol polyprotein
B: Gag-Pro-Pol polyprotein
C: Gag-Pro-Pol polyprotein
D: Gag-Pro-Pol polyprotein
G: peptidomimetic inhibitor
F: peptidomimetic inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8488
ポリマ－53,3716
非ポリマー4772
水3,045169
1
A: Gag-Pro-Pol polyprotein
B: Gag-Pro-Pol polyprotein
F: peptidomimetic inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9244
ポリマ－26,6863
非ポリマー2381
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10730 Å2
手法PISA
2
C: Gag-Pro-Pol polyprotein
D: Gag-Pro-Pol polyprotein
G: peptidomimetic inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9244
ポリマ－26,6863
非ポリマー2381
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.068, 67.893, 69.739
Angle α, β, γ (deg.)77.070, 83.340, 83.180
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain F
21chain G
12(chain A and (resid 1 through 16 or resid 20 through 54 or resid 60 through 108))
22(chain B and (resid 1 through 16 or resid 20 through 54 or resid 60 through 108))
32(chain C and (resid 1 through 16 or resid 20...
42(chain D and (resid 1 through 16 or resid 20...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROTHRTHRchain FFF1 - 71 - 7
211PROPROTHRTHRchain GGE1 - 71 - 7
112TRPTRPLEULEU(chain A and (resid 1 through 16 or resid 20 through 54 or resid 60 through 108))AA1 - 161 - 16
122METMETGLYGLY(chain A and (resid 1 through 16 or resid 20 through 54 or resid 60 through 108))AA20 - 5420 - 54
132ASNASNPROPRO(chain A and (resid 1 through 16 or resid 20 through 54 or resid 60 through 108))AA60 - 10860 - 108
212TRPTRPLEULEU(chain B and (resid 1 through 16 or resid 20 through 54 or resid 60 through 108))BB1 - 161 - 16
222METMETGLYGLY(chain B and (resid 1 through 16 or resid 20 through 54 or resid 60 through 108))BB20 - 5420 - 54
232ASNASNPROPRO(chain B and (resid 1 through 16 or resid 20 through 54 or resid 60 through 108))BB60 - 10860 - 108
312TRPTRPLEULEU(chain C and (resid 1 through 16 or resid 20...CC1 - 161 - 16
322METMETLEULEU(chain C and (resid 1 through 16 or resid 20...CC20 - 5220 - 52
332ARGARGARGARG(chain C and (resid 1 through 16 or resid 20...CC5353
342TRPTRPPROPRO(chain C and (resid 1 through 16 or resid 20...CC1 - 1081 - 108
352TRPTRPPROPRO(chain C and (resid 1 through 16 or resid 20...CC1 - 1081 - 108
362TRPTRPPROPRO(chain C and (resid 1 through 16 or resid 20...CC1 - 1081 - 108
372TRPTRPPROPRO(chain C and (resid 1 through 16 or resid 20...CC1 - 1081 - 108
412TRPTRPLEULEU(chain D and (resid 1 through 16 or resid 20...DD1 - 161 - 16
422METMETLEULEU(chain D and (resid 1 through 16 or resid 20...DD20 - 5220 - 52
432TRPTRPPROPRO(chain D and (resid 1 through 16 or resid 20...DD1 - 1081 - 108
442TRPTRPPROPRO(chain D and (resid 1 through 16 or resid 20...DD1 - 1081 - 108
452TRPTRPPROPRO(chain D and (resid 1 through 16 or resid 20...DD1 - 1081 - 108
462TRPTRPPROPRO(chain D and (resid 1 through 16 or resid 20...DD1 - 1081 - 108
472TRPTRPPROPRO(chain D and (resid 1 through 16 or resid 20...DD1 - 1081 - 108
482TRPTRPPROPRO(chain D and (resid 1 through 16 or resid 20...DD1 - 1081 - 108

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Gag-Pro-Pol polyprotein / Pr180


分子量: 12899.834 Da / 分子数: 4 / 変異: C7A, D26N, C106A; ENGINEERED MUTATIONS / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス)
遺伝子: gag-pro-pol / プラスミド: pBPS13ATG
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P07572, dUTP diphosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, RNA-directed DNA polymerase, DNA- ...参照: UniProt: P07572, dUTP diphosphatase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質・ペプチド peptidomimetic inhibitor


分子量: 886.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: In the standard definition used by CCP4, the Cgamma atom of the PSA residue is labeled as CA. In the PDB Validation Report this label is interpreted as Calpha causing geometrical alerts. ...詳細: In the standard definition used by CCP4, the Cgamma atom of the PSA residue is labeled as CA. In the PDB Validation Report this label is interpreted as Calpha causing geometrical alerts. These alerts are false and should be ignored.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % / 解説: plate
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Protein solution: 8.5 mg/mL protein with 1.2-fold molar excess (relative to dimeric protein) of the inhibitor, 10 mM Tris buffer pH 7.4; Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate buffer, 6% ...詳細: Protein solution: 8.5 mg/mL protein with 1.2-fold molar excess (relative to dimeric protein) of the inhibitor, 10 mM Tris buffer pH 7.4; Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate buffer, 6% PEG8000, 5% propan-2-ol;

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.815 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月30日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→42.87 Å / Num. obs: 19062 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.94 % / Biso Wilson estimate: 39.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.43→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 3.83 / Num. unique obs: 3023 / CC1/2: 0.931 / Rrim(I) all: 0.421 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6s1v, chain B

6s1v


解像度: 2.433→42.863 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 954 5.01 %RANDOM
Rwork0.1796 18089 --
obs0.1825 19043 98.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.01 Å2 / Biso mean: 50.146 Å2 / Biso min: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.433→42.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3525 0 32 170 3727
Biso mean--73.38 47.96 -
残基数----440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0925015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007619
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1681403
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11F0X-RAY DIFFRACTION9.378TORSIONAL
12G0X-RAY DIFFRACTION9.378TORSIONAL
21A1938X-RAY DIFFRACTION9.378TORSIONAL
22B1938X-RAY DIFFRACTION9.378TORSIONAL
23C1938X-RAY DIFFRACTION9.378TORSIONAL
24D1938X-RAY DIFFRACTION9.378TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.433-2.560.31861330.23122515X-RAY DIFFRACTION97
2.56-2.720.29861370.22352590X-RAY DIFFRACTION98
2.72-2.930.28441370.21652610X-RAY DIFFRACTION99
2.93-3.230.23971370.20192607X-RAY DIFFRACTION99
3.23-3.690.25051360.17742576X-RAY DIFFRACTION99
3.69-4.650.19691360.14442586X-RAY DIFFRACTION99
4.65-42.860.21541380.17032605X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5704-0.87511.41786.8451-6.1766.5039-0.2145-0.120.25620.3166-0.4544-0.5192-0.27470.40840.64890.2812-0.0988-0.01670.43680.0710.41965.43284.779431.7876
23.32972.2279-0.42637.0445-1.05613.24820.14440.0071-0.6852-0.1097-0.2833-0.37230.50330.19080.15940.33010.07510.06190.39270.01120.37020.6634-11.056432.6458
31.6947-0.9351-0.12821.8545-1.38882.18660.12270.9833-0.8222-0.8403-0.01250.29250.6112-0.0414-0.08420.8399-0.1094-0.08330.5247-0.17950.8373-8.7924-12.786219.7319
44.01731.32640.82757.74736.19238.49250.1145-0.1801-0.1928-0.4837-0.44870.0857-0.1662-0.59240.30370.25280.0477-0.02950.28620.06830.2943-3.1849-8.865236.129
55.07180.05311.13845.3668-0.18244.40630.1738-0.210.1594-0.1639-0.19110.4615-0.2784-0.2835-0.02730.38560.02280.04860.36810.10620.373-3.45133.035631.7093
64.91824.4923-1.74564.2174-2.54949.2292-0.93890.170.6601-1.28091.2124-0.6031-1.8204-0.8751-0.3240.72430.20260.02840.62640.00370.5273-9.390711.031429.1857
73.2712-4.70973.23977.764-4.53133.7563-0.224-0.00440.21190.02430.0715-0.07720.4092-1.22040.1220.3172-0.06210.06370.34390.02520.3183-11.29229.294620.8491
83.3258-2.0056-0.75914.25551.39927.54140.03970.4121-0.4352-0.3942-0.05130.26230.5103-0.11190.00140.3168-0.0953-0.02510.3499-0.00720.3464-3.0775.40598.4528
92.2339-0.3184-0.98829.75783.48794.78590.00630.2417-0.10010.20190.03070.25810.2857-0.2930.0120.1968-0.0058-0.06470.38460.02540.3257-1.679512.88289.6088
103.6904-0.4199-0.781.9911-1.12786.0991-0.0315-0.29690.03290.21420.0306-0.0926-0.3440.1247-0.02780.3515-0.0466-0.02260.37330.10150.3721-1.393410.688422.0135
115.09581.1269-1.84632.90732.5128.0622-0.39511.330.32140.75640.39040.25710.6057-0.54720.03540.4658-0.1283-0.12120.62990.13890.434-3.8722-33.5327-5.8955
123.84650.1971.52464.56-0.18233.4394-0.0552-0.23450.10460.39490.11860.0445-0.1458-0.4313-0.06460.31540.03950.04990.3130.03380.26820.0351-33.121313.3161
134.06093.2716-5.61382.6323-4.51827.75761.2191-0.35930.39061.5486-1.5056-1.2009-1.46190.33530.37041.0224-0.169-0.16440.8891-0.03780.637712.1857-20.115915.0628
144.1819-0.38750.58152.61613.43264.82120.189-0.16570.00110.13650.3199-0.4591-0.14910.0845-0.45910.2728-0.00940.03230.24980.03270.34174.8119-35.907513.3225
153.52470.95682.59242.6186-1.67985.26470.10620.3972-0.0762-0.1895-0.03770.01510.43210.6672-0.05860.32430.05020.01770.40760.08410.35195.0842-34.11830.884
164.51721.4424-1.35953.98822.26292.46870.00540.45670.5482-0.5277-0.32830.46960.06650.67150.35240.59280.12650.06730.426-0.01770.435210.0214-33.9889-9.7288
171.1610.3458-2.56357.64-3.48567.39290.081-0.40110.14290.2227-0.2032-0.38860.04730.14880.19160.33640.04630.05020.44480.09070.369413.1808-26.6528-6.4561
180.7006-1.44960.25235.9924-0.47412.4248-0.1898-0.20220.26520.30850.0922-0.0738-0.1576-0.23940.07680.2881-0.013-0.06890.3649-0.00870.35355.205-12.5929-7.4823
192.8997-0.5385-0.99747.39824.94049.32540.00210.02230.3480.2617-0.2427-0.1511-0.22150.1370.25730.2583-0.0415-0.07120.32810.10930.39192.9823-14.3927-12.7798
204.012-1.4135-0.01867.8719-2.05832.876-0.0365-0.2305-0.6654-0.16010.44320.82160.5142-0.0859-0.42380.3063-0.0137-0.0310.43580.15410.41222.9562-26.6464-8.9136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:15)A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 16:47)A16 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 48:60)A48 - 60
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 61:88)A61 - 88
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 89:108)A89 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 1:7)B1 - 7
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 8:14)B8 - 14
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 15:61)B15 - 61
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 62:88)B62 - 88
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 89:108)B89 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 1:8)C1 - 8
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 9:47)C9 - 47
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 48:61)C48 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14(chain C and resid 62:88)C62 - 88
15X-RAY DIFFRACTION15(chain C and resid 89:108)C89 - 108
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 1:5)D1 - 5
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 6:14)D6 - 14
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 15:58)D15 - 58
19X-RAY DIFFRACTION19(chain D and resid 59:88)D59 - 88
20X-RAY DIFFRACTION20(chain D and resid 89:108)D89 - 108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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