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万見
- PDB-1n49: Viability of a Drug-Resistant HIV-1 Protease Variant: Structural ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n49
タイトルViability of a Drug-Resistant HIV-1 Protease Variant: Structural Insights for Better Anti-Viral Therapy
要素Protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / substrate recognition / inhibitor binding / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...telomerase activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RITONAVIR / RITONAVIR / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Prabu-Jeyabalan, M. / Nalivaika, E.A. / King, N.M. / Schiffer, C.A.
引用
ジャーナル: J.VIROL. / 年: 2003
タイトル: Viability of a Drug-Resistant Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant: Structural Insights for Better Antiviral Therapy
著者: Prabu-Jeyabalan, M. / Nalivaika, E.A. / King, N.M. / Schiffer, C.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: How does a symmetric dimer recognize an asymmetric substrate? a substrate complex of HIV-1 protease
著者: Prabu-Jeyabalan, M. / Nalivaika, E. / Schiffer, C.A.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes
著者: Prabu-Jeyabalan, M. / Nalivaika, E. / Schiffer, C.A.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug resistant HIV-1 protease
著者: King, N.M. / Melnick, L. / Prabu-Jeyabalan, M. / Nalivaika, E.A. / Yang, S.S. / Gao, Y. / Nie, X. / Zepp, C. / Heefner, D.L. / Schiffer, C.A.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: ABT-538 Is a Potent Inhibitor of Human Immunodeficiency Virus Protease and has High Oral Bioavailability in Humans
著者: Kempf, D.J. / Marsh, K.C. / Denissen, J.F. / McDonald, E. / Vasavanonda, S. / Flentge, C.A. / Green, B.E. / Fino, L. / Park, C.H. / Kong, X. / Wideburg, N.E. / Saldivar, A. / Ruiz, L. / Kati, ...著者: Kempf, D.J. / Marsh, K.C. / Denissen, J.F. / McDonald, E. / Vasavanonda, S. / Flentge, C.A. / Green, B.E. / Fino, L. / Park, C.H. / Kong, X. / Wideburg, N.E. / Saldivar, A. / Ruiz, L. / Kati, W.M. / Sham, H.L. / Robins, T. / Stewart, K.D. / Hsu, A. / Plattner, J.J. / Leonard, J.M. / Norbeck, D.W.
履歴
登録2002年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32013年2月27日Group: Other
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
C: Protease
D: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5336
ポリマ－43,0914
非ポリマー1,4422
水50428
1
A: Protease
B: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2663
ポリマ－21,5452
非ポリマー7211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area8740 Å2
手法PISA
2
C: Protease
D: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2663
ポリマ－21,5452
非ポリマー7211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area8740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.620, 61.350, 59.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 81.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protease / Retropepsin


分子量: 10772.724 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, D25N, V82A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 遺伝子: POL / プラスミド: pEN18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物 ChemComp-RIT / RITONAVIR / A-84538 / リトナビル


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 720.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H48N6O5S2 / 参照: RITONAVIR / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.5 mg/mlprotein1drop
2126 mMphosphate1reservoirpH6.2
363 mMsodium citrate1reservoir
428-31 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月7日 / 詳細: Yale Mirrors
放射モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 13097 / Num. obs: 13097 / % possible obs: 71.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.27
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 19193
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66 % / Num. unique obs: 1184

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F7A

1f7a


解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: NCS RESTRAINTS IMPOSED BETWEEN THE DIMERS (BUT NOT WITHIN THE DIMERS) TO IMPROVE OBSERVABLES TO PARAMETER RATIO.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1085 -random
Rwork0.223 ---
obs0.223 13097 71.2 %-
all-13097 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2844 0 100 28 2972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 --
Rwork0.32 --
obs-1183 66 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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