PDB-4ep2: Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ep2

タイトル

Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate RT-RH

要素

protease, tethered dimer
substrate RT-RH

キーワード

hydrolase/hydrolase substrate / HIV-1 protease / specificity design / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase substrate complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Mittal, S.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
著者: Alvizo, O. / Mittal, S. / Mayo, S.L. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2012年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ep2.cif.gz	98.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ep2.ent.gz	76.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ep2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4ep2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/4ep2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ep3C 4epjC 4eq0C 4eqjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3em3-d 5kr1-d 1zpa-1 1mtb-d 2q54-d 1lzq-d 1kjg-d 3sa4-d 4q1x-d 1mt9-d 3s43-d 1f7a-d 3zpu-d 4mc1-d 6dh0-d 2zga-1 6oot-d 3tlh-1 2r43-d 1yth-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: protease, tethered dimer

B: substrate RT-RH

ヘテロ分子

23.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.205, 58.690, 61.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	protease, tethered dimer 分子量: 22005.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド	substrate RT-RH 分子量: 900.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: this peptide represents the RT-RH substrate cleavage site for HIV protease 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: Q9YV20
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 13957 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.035 / Net I/σ(I): 12.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.97	5.6	0.318	1063	1.371	1	71.8
1.97-2.05	6.7	0.267	1492	1.077	1	99.9
2.05-2.14	6.8	0.205	1486	0.969	1	100
2.14-2.25	6.3	0.176	1164	1.028	1	77.6
2.25-2.39	6.7	0.134	1237	0.944	1	83.6
2.39-2.58	6.9	0.113	1528	1.048	1	100
2.58-2.84	7	0.089	1516	1.049	1	100
2.84-3.25	6.9	0.067	1519	1.081	1	100
3.25-4.09	6.1	0.058	1313	0.953	1	84.7
4.09-50	6.6	0.037	1639	0.946	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→42.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / WR_factor R_free: 0.2492 / WR_factor R_work: 0.1968 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.772 / SU B: 9.874 / SU ML: 0.147 / SU R Cruickshank DPI: 0.2279 / SU R_free: 0.1928 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2606	701	5 %	RANDOM
R_work	0.2061	-	-	-
obs	0.2089	13906	91.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 43.99 Å² / B_iso mean: 23.05 Å² / B_iso min: 4.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1558	0	11	115	1684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.472	1.985	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.833	3	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.349	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.917	24.921	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.817	15	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.406	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	321

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.547	30	-
R_work	0.34	574	-
all	-	604	-
obs	-	-	57.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7114	-0.1416	0.6241	2.9591	-0.8597	4.3622	-0.026	0.0921	-0.2102	0.0843	0.0447	0.4533	0.1978	-0.0222	-0.0187	0.0631	0.0039	-0.0065	0.0145	-0.0196	0.1308	19.0824	16.0569	19.6388
2	11.9366	-2.3335	3.6878	4.0199	-1.7507	1.4411	0.0039	0.0704	-0.2327	0.1483	-0.0091	-0.1215	-0.0349	0.0057	0.0052	0.0246	-0.0459	0.0285	0.2071	0.0009	0.2371	1.1857	22.287	17.5511
3	6.1962	2.6698	-0.9285	2.7165	0.3539	0.5038	-0.0026	0.4705	-0.058	-0.1046	-0.2103	0.43	-0.0581	-0.2753	0.2129	0.0866	0.03	0.0003	0.1941	-0.0602	0.2209	10.5123	23.1223	16.202
4	10.4748	1.0187	6.4821	1.8926	-0.976	8.2811	-0.0837	0.1972	0.0699	-0.2357	0.1195	0.1932	-0.286	-0.1681	-0.0358	0.1111	0.0164	-0.0013	0.0432	0.0012	0.1194	10.3772	31.5429	15.0258
5	4.8371	3.0158	-1.5652	3.0585	1.1129	4.2127	0.325	0.2568	0.477	0.241	0.0367	0.1807	-0.0249	-0.286	-0.3617	0.0763	0.0444	-0.028	0.1589	0.0681	0.2297	0.8624	38.9246	14.4513
6	10.715	-13.0672	-1.498	16.0979	2.0994	7.2256	-0.5946	0.1113	-0.6594	0.6458	-0.0002	0.6697	0.3548	0.1112	0.5948	0.1735	-0.0553	0.1201	0.1568	-0.1132	0.262	17.4757	38.7852	11.9402
7	5.5969	1.953	-1.7972	3.3885	-3.3393	3.3042	0.0593	0.0385	0.1175	-0.1487	0.2277	0.3213	0.1362	-0.2153	-0.287	0.0754	-0.0187	-0.0278	0.0546	-0.0095	0.138	6.0218	35.4322	16.3606
8	1.5063	-2.9027	-1.4104	14.8769	-3.3345	5.2884	-0.1277	-0.0069	-0.0507	0.4242	-0.0008	-0.1405	-0.0064	0.0079	0.1285	0.0143	-0.0079	-0.0052	0.155	0.0175	0.2279	4.6052	26.2869	25.3694
9	1.7301	-0.8757	0.4477	1.4988	-0.7083	0.3413	-0.0112	-0.0482	-0.0323	-0.0666	0.0714	0.1941	0.041	-0.034	-0.0602	0.0848	0.0095	0.0216	0.0612	-0.0058	0.1299	12.1915	28.8747	20.525
10	12.3286	-8.681	-3.5259	28.2749	9.3732	5.1292	0.0238	-0.8009	-0.3126	0.5823	0.2192	-0.5614	0.3781	0.6209	-0.2429	0.1536	0.0571	0.0115	0.2266	0.0319	0.0605	24.7535	22.72	32.4888
11	11.709	3.7344	-6.2211	7.9967	-0.2538	7.0613	0.1224	0.1381	0.2774	0.2383	0.0469	0.2005	-0.4648	-0.1717	-0.1693	0.0903	0.0406	0.0023	0.0994	-0.0089	0.0144	19.1659	32.637	28.0879
12	3.1363	0.7106	0.6606	2.9842	1.021	1.7298	-0.0623	-0.2438	0.1131	0.0428	-0.0225	-0.177	-0.1375	0.0652	0.0848	0.0691	0.0027	-0.0085	0.0649	0.0117	0.036	33.7987	30.8749	22.8978
13	8.2009	9.4107	-2.0013	12.6783	-1.0246	1.5865	-0.2968	0.3329	0.0366	-0.5782	0.2106	0.0636	-0.0776	-0.0393	0.0862	0.089	0.0286	-0.0174	0.1366	0.0491	0.0342	31.3411	30.5578	13.1187
14	5.7436	-5.0963	-5.0135	10.0025	13.0222	22.4538	-0.1054	-0.2607	-0.0431	0.1406	0.3318	-0.1785	0.4168	1.0179	-0.2264	0.0626	-0.0043	-0.0192	0.1425	0.0336	0.0325	43.0446	29.6592	8.2927
15	24.9374	-4.9455	-2.7457	1.0256	0.2182	2.9493	0.0775	0.627	0.0686	-0.048	-0.1105	0.002	0.0612	-0.0671	0.033	0.1695	-0.0397	-0.0738	0.0502	0.028	0.14	30.7847	27.9437	2.9988
16	17.0304	-6.3683	1.88	3.7095	-2.2214	2.8254	0.1452	0.2034	-0.0263	-0.0591	-0.0745	0.1885	-0.0365	0.0315	-0.0707	0.1146	0.006	0.0274	0.0216	0.0058	0.0582	29.5574	31.0885	6.0861
17	5.4671	-0.0572	-3.0424	1.8249	0.4493	11.3336	-0.0637	-0.2347	-0.2225	0.1721	-0.1491	-0.1159	0.3913	0.3605	0.2128	0.0638	0.0048	0.0086	0.0357	0.0257	0.0298	38.178	22.4222	21.7117
18	1.5803	-0.5453	-0.4115	1.488	-1.5431	2.3361	0.0769	0.0703	0.0345	-0.0685	-0.0985	-0.0171	-0.0332	0.0824	0.0217	0.1131	0.0048	-0.0276	0.0588	0.0052	0.0252	32.1276	29.8493	14.4006
19	6.4998	0.3486	1.0398	1.4063	0.6299	1.0889	-0.0711	0.0878	-0.3695	0.0942	0.0744	0.3342	-0.2509	0.1793	-0.0033	0.1451	-0.0253	0.0576	0.062	-0.0139	0.1258	29.0323	19.633	19.5557
20	18.8877	-0.3989	-12.189	0.7457	1.5921	10.5186	-0.4146	-0.1276	-0.176	0.0476	0.0442	0.1544	0.1538	-0.0672	0.3703	0.2227	0.12	0.0267	0.2188	0.0565	0.0942	18.8854	18.6894	27.5164

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 18
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	19 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	27 - 35
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	36 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	46 - 50
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	51 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	67 - 75
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	76 - 97
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	98 - 104
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	105 - 109
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	110 - 128
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	129 - 135
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	136 - 142
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	143 - 148
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	149 - 159
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	160 - 170
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	171 - 185
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	186 - 194
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	195 - 199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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