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- PDB-4epj: Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4epj
タイトルCrystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC
要素
  • protease, tethered dimer
  • substrate p2-NC
キーワードhydrolase/hydrolase substrate / HIV-1 protease / specificity design / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / Gag-Pol polyprotein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Mittal, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
著者: Alvizo, O. / Mittal, S. / Mayo, S.L. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2012年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protease, tethered dimer
D: substrate p2-NC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3758
ポリマ－22,9132
非ポリマー4626
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.001, 58.816, 61.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 protease, tethered dimer


分子量: 22005.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド substrate p2-NC


分子量: 908.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide corresponding to p2-NC cleavage site (HIV-1 protease)
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9YP46

-
非ポリマー , 6種, 74分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 21538 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.66-1.726.20.69512221.027155.7
1.72-1.797.10.52322101.0191100
1.79-1.877.30.33122361.0611100
1.87-1.977.30.19922221.0461100
1.97-2.097.30.1322351.0381100
2.09-2.257.30.09622461.0281100
2.25-2.487.30.07422401.0291100
2.48-2.847.20.05822781.0241100
2.84-3.587.10.05322801.041100
3.58-506.60.02823691.048197.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.69→42.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.2627 / WRfactor Rwork: 0.2175 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8372 / SU B: 5.463 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.1196 / SU Rfree: 0.1124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2273 1101 5.1 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.1993 21488 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.44 Å2 / Biso mean: 36.0475 Å2 / Biso min: 19.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---3.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1522 0 28 68 1618
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.351.9932248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87932675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0355220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.45625.47253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47415271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.49156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02290
LS精密化 シェル解像度: 1.685→1.729 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 75 -
Rwork0.295 1321 -
all-1396 -
obs--96.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.54830.03060.08430.678-0.58951.9021-0.0742-0.725-0.42410.37790.19-0.1126-0.0760.0528-0.11580.31810.1112-0.07580.2618-0.00560.09733.4941-0.069630.4493
29.3026-0.08354.08825.2826-4.1735.2661-0.0655-0.18570.5682-0.00020.01230.63960.1376-0.13540.05320.1422-0.02450.21430.0909-0.0850.467-13.5522-1.229422.79
37.33222.1207-3.43683.3878-0.71231.6406-0.1048-0.0947-0.30020.2058-0.07150.20480.08370.03020.17630.1535-0.01410.04140.1210.00210.0533-5.1465-1.752422.2965
47.59367.00251.72977.24882.48451.4759-0.02070.1398-0.0767-0.09780.00370.0214-0.03-0.070.0170.12310.0313-0.0220.1133-0.01530.105-4.5458-0.399713.5096
515.6437-2.6618-0.16934.2271-3.80393.89830.29450.61990.0782-0.26580.09410.36320.2035-0.2548-0.38850.12780.0328-0.0440.1999-0.06050.0833-15.4419-0.38527.0841
613.9672-2.56933.85292.1425-2.843310.06930.0979-0.1294-0.0167-0.04890.1701-0.0961-0.0239-0.0859-0.26810.17910.03870.03660.1041-0.00110.04812.3414-1.0046.154
72.1145-0.736-0.31551.98531.00152.84380.10040.26220.1371-0.1434-0.18410.28890.006-0.27850.08370.09380.0082-0.00730.09490.02750.0935-8.8261.61239.6631
85.9659-1.5269-0.62744.5173-0.06024.5886-0.1047-0.20590.02240.2155-0.02350.334-0.25380.10390.12820.0714-0.00940.02840.03460.01020.1118-10.83077.714121.6384
91.2182-0.09720.553.41820.79381.8415-0.04740.0750.07140.0581-0.00440.10740.1126-0.01480.05170.0880.00980.03090.07840.00540.0229-3.10663.97317.9409
1013.6073-2.146311.46450.6741-3.384417.0789-0.2060.11460.50120.1529-0.1407-0.0572-0.7420.88240.34680.2424-0.0167-0.0510.1572-0.03590.03779.176613.542827.8228
113.79331.4401-0.34892.92741.33160.9425-0.0450.15860.0375-0.1160.0798-0.1394-0.0701-0.0124-0.03480.14360.0001-0.02340.05870.04080.17074.232412.526816.9507
123.396-0.28350.8330.988-0.10640.3943-0.06290.32030.375-0.04860.0157-0.34130.00160.14630.04720.12640.00370.0140.15620.0040.186317.2366.122217.794
1315.3012.576-13.7954.3531-3.444613.5238-0.14950.19790.0578-0.30920.1964-0.04370.358-0.0141-0.04690.09630.014-0.0150.1051-0.01750.057416.3323-2.75414.9648
1414.35194.5671.493412.3686-8.070210.67790.01110.491-0.48020.4233-0.1007-0.5129-0.53550.33460.08960.0281-0.0134-0.00490.1572-0.09430.090927.6468-6.663413.8897
1515.8710.39582.05555.89512.62281.3909-0.0587-0.4323-0.54380.19050.3304-0.47670.06850.0836-0.27160.11260.0241-0.01580.1290.01460.097915.9932-13.284114.8752
1611.4837-1.97651.973.06881.78422.02120.09910.2578-0.0968-0.18670.0951-0.2728-0.12180.0967-0.19420.10630.00250.02130.1211-0.03420.110214.3324-9.088612.1671
174.7682-2.70760.85676.89743.29692.8792-0.18510.05740.37310.1463-0.0365-0.1927-0.06880.04810.22160.1282-0.0171-0.13320.21060.02320.358122.77442.965425.7847
182.8611-0.8736-0.81812.92672.58742.66030.15220.17270.1512-0.3120.1304-0.4409-0.2510.0039-0.28260.07310.0080.05210.1082-0.0330.121416.904-1.788915.9015
194.12920.83983.08773.91272.11872.9083-0.068-0.14550.06670.27490.12-0.27690.0349-0.0375-0.0520.16030.0099-0.05370.1556-0.02810.080913.2790.282327.2263
2013.9526-11.7172-1.027418.1753-1.41514.4182-0.4372-0.44330.11650.91130.34020.50320.1447-0.46040.0970.20130.05530.01930.1469-0.05780.07423.11217.661129.9963
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2A11 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3A19 - 26
4X-RAY DIFFRACTION4A27 - 35
5X-RAY DIFFRACTION5A36 - 45
6X-RAY DIFFRACTION6A46 - 50
7X-RAY DIFFRACTION7A51 - 66
8X-RAY DIFFRACTION8A67 - 75
9X-RAY DIFFRACTION9A76 - 97
10X-RAY DIFFRACTION10A98 - 104
11X-RAY DIFFRACTION11A105 - 109
12X-RAY DIFFRACTION12A110 - 128
13X-RAY DIFFRACTION13A129 - 135
14X-RAY DIFFRACTION14A136 - 142
15X-RAY DIFFRACTION15A143 - 148
16X-RAY DIFFRACTION16A149 - 159
17X-RAY DIFFRACTION17A160 - 170
18X-RAY DIFFRACTION18A171 - 185
19X-RAY DIFFRACTION19A186 - 194
20X-RAY DIFFRACTION20A195 - 199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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