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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yth | ||||||
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タイトル | SIV PROTEASE CRYSTALLIZED WITH PEPTIDE PRODUCT | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/PEPTIDE / AIDS / POLYPROTEIN / HYDROLASE / ASPARTYL PROTEASE / ENDONUCLEASE / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / HYDROLASE-PEPTIDE COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rose, R.B. / Craik, C.S. / Douglas, N.L. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes. 著者: Rose, R.B. / Craik, C.S. / Douglas, N.L. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.998, -0.055, -0.005), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10801.763 Da / 分子数: 2 / 変異: CHAIN A, B, Q7K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: X90 / 遺伝子: STRAIN SF-2 / プラスミド: PSOD/PR179 / 遺伝子 (発現宿主): STRAIN SF-2 / 発現宿主: BICISTRONIC / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 505.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 9700 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→7 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_dihedral_angle_deg / Dev ideal: 27 |