PDB-4dqb: Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in Complex with DRV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dqb

タイトル

Crystal Structure of wild-type HIV-1 Protease in Complex with DRV

要素

Aspartyl protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Mittal, S.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
著者: Mittal, S. / Cai, Y. / Nalam, M.N. / Bolon, D.N. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2012年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dqb.cif.gz	93.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dqb.ent.gz	73 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dqb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dqcC 4dqeC 4dqfC 4dqgC 4dqhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nxl-d 2fgu-d 2psv-d 3o9b-d 6oxs-d 4djq-d 6oos-2 6oxy-d 4njt-1 3ekt-1 6dh7-d 4f75-d 3bgc-d 6opu-d 4q1y-d 6pji-d 4q1x-d 4mc1-d 4eq0-d 6uwc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartyl protease

B: Aspartyl protease

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.937, 57.750, 61.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Aspartyl protease 分子量: 10767.702 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: P12499*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 214分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月3日

放射

モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 27531 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 15.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	5.6	0.44	1	78.5
1.55-1.62	6.9	0.338	1	89
1.62-1.69	7.4	0.237	1	90.5
1.69-1.78	7.4	0.165	1	91.7
1.78-1.89	7.4	0.119	1	92.7
1.89-2.04	7.4	0.078	1	93.8
2.04-2.24	7.4	0.059	1	94.6
2.24-2.56	7.3	0.048	1	96.1
2.56-3.23	7.3	0.036	1	96.9
3.23-50	6.8	0.023	1	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→39.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 2.328 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.0862 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19619	1410	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16907	-	-	-
obs	0.17043	26088	92.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.745 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1480	0	55	209	1744

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.425	2.011	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.727	3	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.507	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.898	24.717	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.355	15	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.54	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.556	1.5	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.166	1.5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.954	2	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.72	3	611
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.665	4.5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	82	-
R_work	0.277	1481	-
obs	-	-	74.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0565	-0.9677	-0.9831	1.2678	0.2728	1.9489	-0.0581	0.0632	-0.0956	0.0647	-0.0674	0.0589	0.0306	-0.0481	0.1255	0.0342	-0.0086	0.0092	0.0387	-0.0022	0.0555	19.9493	13.9971	23.9404
2	7.8531	-0.1198	-1.6928	0.0035	0.0134	0.4999	-0.0001	0.1346	-0.0465	0.0002	0	0.0066	0.0191	-0.0299	0.0002	0.0249	-0.0053	0.0033	0.0363	-0.0013	0.0634	14.8258	18.3927	16.7267
3	3.1553	-0.9951	0.4773	1.8618	0.1238	0.4504	-0.039	0.0383	-0.0084	0.0076	0.0492	0.0258	0.0285	0.0063	-0.0103	0.0219	0.0021	0.0044	0.0398	-0.0023	0.0475	-0.4218	23.5426	18.5648
4	7.106	1.1815	2.0457	1.1065	0.163	1.016	-0.1335	0.0924	-0.0537	-0.0717	0.0309	-0.0689	-0.0491	-0.0613	0.1026	0.0179	0.0009	0.0038	0.0343	-0.0095	0.0519	7.9606	21.4037	16.5028
5	1.0023	-0.4668	0.3191	1.3243	0.6755	0.7154	-0.0249	0.0683	0.0302	-0.0276	-0.0411	0.0572	-0.0369	0.0136	0.066	0.0324	0.0009	0.0016	0.0328	-0.0018	0.0559	17.0596	30.954	21.4699
6	3.3249	0.8012	3.2382	0.5533	1.1439	3.5219	0.0146	-0.0359	-0.0084	-0.0479	0.0584	-0.0766	-0.0488	0.0146	-0.0729	0.033	-0.0038	-0.0096	0.0533	0.006	0.0395	5.7279	30.6325	13.3529
7	4.3971	2.2037	1.544	6.5027	1.5564	0.6557	0.0291	-0.0968	0.0193	-0.0072	-0.0622	0.2153	0.0069	-0.0368	0.0331	0.0208	-0.0149	0.0184	0.049	0.0243	0.066	-2.577	36.9804	14.7416
8	5.9242	0.0523	-3.1828	2.7012	-0.1896	1.7197	-0.0741	0.0224	0.0732	0.05	0.1134	0.1103	0.0406	-0.0175	-0.0393	0.0244	-0.0043	0.0054	0.0369	0.0026	0.0411	8.1074	43.5911	15.2556
9	2.2943	-1.3443	-0.1267	1.5386	-0.0528	0.0318	0.0521	0.0297	0.0141	0.0043	-0.0656	-0.0316	0.002	0.0071	0.0135	0.0389	0.0007	0.0096	0.0458	0.0044	0.0416	16.7575	37.7652	10.5836
10	0.2293	0.7153	-0.904	2.2654	-2.8753	3.6541	-0.0101	0.0139	0.0073	0.0483	0.0461	0.0233	-0.0779	-0.0761	-0.036	0.0655	0.0131	0.0028	0.0384	0.0001	0.056	2.8744	38.2065	16.9344
11	2.1635	-3.4491	-0.4362	13.3842	-1.2209	0.5538	-0.062	-0.0578	0.0254	0.078	0.1154	0.1437	0.0165	0.0086	-0.0534	0.0267	0.0034	-0.0098	0.0475	-0.0029	0.0294	1.7828	28.2755	24.555
12	0.4679	-0.5173	-0.1633	1.0523	-0.636	1.4521	-0.033	-0.0297	-0.0534	0.0487	0.0465	0.0846	0.0087	0.0131	-0.0135	0.025	0.0064	-0.0057	0.0433	0.0141	0.0463	3.7595	25.5595	27.5875
13	0.6895	-0.7409	-0.0354	0.9979	0.9544	4.1646	0.0167	0.0231	-0.0167	-0.0238	-0.0307	0.0222	-0.0303	-0.0402	0.014	0.0251	-0.0029	-0.0028	0.0389	0.0043	0.047	7.8029	33.7545	12.8089
14	1.106	-1.2586	1.033	1.4325	-1.1762	0.9695	0.0367	0.0444	-0.0214	-0.0256	-0.0407	0.0237	0.0063	0.0439	0.0041	0.0654	-0.0016	-0.0341	0.0384	-0.0048	0.0479	12.1145	26.7769	14.114
15	0.838	-0.5591	-0.524	0.4176	0.1772	1.0099	-0.0099	-0.0385	-0.0579	-0.0034	0.0175	0.0505	0.001	0.0125	-0.0076	0.0363	0.0108	-0.0049	0.042	0.0037	0.0457	13.3977	30.1736	26.377
16	6.3113	-3.663	0.5381	2.3487	-0.0765	0.3116	-0.1901	-0.1603	0.0465	0.127	0.1571	0.0045	0.0014	0.0353	0.033	0.0276	0.0107	0.0142	0.0419	0.0108	0.0336	18.4673	23.0812	30.3893
17	2.1486	-1.6382	0.2928	1.9639	0.5156	0.8061	-0.0583	0.0131	0.1374	0.0877	0.0052	-0.0785	0.0235	0.0174	0.0531	0.0525	-0.0004	0.0026	0.0509	0.0013	0.0273	21.0791	26.9775	33.1251
18	8.7769	0.3454	-1.3544	0.584	-0.105	0.2138	-0.0099	-0.1003	0.1837	0.0464	0.0431	0.0071	-0.0028	0.0128	-0.0332	0.0286	0.0015	-0.0018	0.0507	-0.0144	0.0351	25.9098	32.9101	26.637
19	2.7865	-0.1779	-1.1807	0.4022	0.5463	1.0726	-0.0172	-0.0284	0.0746	-0.0148	0.0538	0.0049	-0.0083	0.0757	-0.0365	0.0146	-0.0001	-0.0013	0.0322	-0.0018	0.0696	41.3007	30.3631	21.8027
20	4.2629	1.7894	-0.0393	1.3274	0.1199	0.2079	-0.0529	0.0212	0.0476	-0.0782	0.0003	-0.0527	-0.0116	-0.0591	0.0526	0.0227	-0.0017	0.0037	0.0419	-0.0044	0.0479	32.6483	32.4661	22.9935
21	1.0571	0.0196	0.195	0.5125	-0.1177	0.065	-0.0173	0.0528	0.0526	-0.0281	0.0229	0.0265	0.0057	0.002	-0.0057	0.0323	0.0045	-0.0025	0.0418	-0.0023	0.0437	23.5016	24.1168	16.1716
22	1.8308	2.5108	-0.4182	6.8567	-1.1076	0.1809	0.0115	0.0848	0.031	0.0482	-0.0374	-0.0548	-0.0046	0.0034	0.0259	0.0294	-0.0065	0.0058	0.0391	0.0049	0.0553	33.1487	32.4066	13.3792
23	2.5162	0.7637	3.5293	0.2348	1.0776	4.9643	0.1752	0.0919	-0.1457	0.0396	0.0342	-0.0548	0.2028	0.1109	-0.2094	0.0524	0.0182	-0.002	0.0563	0.0383	0.1017	43.2644	30.2897	11.4275
24	10.6634	-1.727	0.477	1.3721	-0.628	0.299	0.1897	0.1278	-0.1435	-0.0065	-0.1417	0.1144	-0.0034	0.0689	-0.048	0.0302	0.0293	-0.0005	0.0536	-0.0175	0.0162	34.0427	27.5277	2.7391
25	3.033	-0.761	-2.5668	1.9355	1.1112	2.8413	-0.0184	0.0983	0.0058	-0.0119	0.0396	-0.0492	0.0641	-0.1367	-0.0212	0.0328	0.0048	-0.0002	0.0363	0.01	0.0313	21.329	31.5636	5.8175
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28	1.9464	-0.381	-1.8167	2.766	0.2657	6.39	0.0285	-0.0428	0.0425	0.1584	0.039	-0.1676	0.142	0.1304	-0.0675	0.0293	0.0071	-0.0148	0.0317	-0.0018	0.042	36.8231	22.2608	26.369
29	0.3303	-0.3584	0.4056	0.6894	-0.0501	1.016	0.0113	0.0307	-0.0335	-0.061	-0.0068	0.0436	-0.0497	0.0642	-0.0045	0.019	-0.0036	0.0142	0.0393	-0.0017	0.0575	34.0339	26.971	12.5177
30	0.3107	0.5778	-0.3253	1.1778	-0.9695	1.6476	0	0.0077	0.0292	0.0082	0.0139	0.0571	-0.08	0.0235	-0.0139	0.0404	-0.0024	0.0054	0.0318	0.0054	0.0503	27.9396	31.4397	17.1783
31	0.3872	-0.571	0.1635	0.8518	-0.1858	0.6611	-0.0422	-0.0273	-0.0046	0.0377	0.0286	-0.0053	-0.0616	-0.0201	0.0136	0.032	0.0052	0.0108	0.0385	0.0053	0.0594	28.8013	18.721	20.1428
32	1.5406	0.0536	-0.924	0.9222	0.5072	1.2375	-0.1714	0.0578	-0.0544	0.0241	0.0308	0.0617	0.0806	-0.0407	0.1406	0.0335	0.0088	0.0122	0.0398	0.0027	0.0387	18.0372	18.2997	28.2367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	13 - 18
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	19 - 24
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	25 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	31 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	37 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	43 - 46
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	47 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	57 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	61 - 66
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	67 - 74
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	75 - 80
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	81 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	86 - 91
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	92 - 99
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	1 - 6
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	7 - 12
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	13 - 18
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	19 - 24
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	25 - 30
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	31 - 35
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	36 - 41
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	42 - 47
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	48 - 54
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	55 - 59
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	60 - 64
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	65 - 70
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	71 - 80
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	81 - 86
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	87 - 94
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	95 - 99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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