PDB-4dqe: Crystal Structure of (G16C/L38C) HIV-1 Protease in Complex with DRV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dqe

タイトル

Crystal Structure of (G16C/L38C) HIV-1 Protease in Complex with DRV

要素

Aspartyl protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / AIDS / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Mittal, S.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
著者: Mittal, S. / Cai, Y. / Nalam, M.N. / Bolon, D.N. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2012年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dqe.cif.gz	96.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dqe.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/4dqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dqbC 4dqcC 4dqfC 4dqgC 4dqhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dh3-d 3ckt-d 3o9h-d 2r5q-1 3sac-d 6dh6-d 6oy1-d 6dh4-d 4rvx-1 4gb2-d 6w6t-d 3o9c-d 3i7e-d 1mtr-d 1qbs-d 3o9e-d 6pje-d 3qp0-d 2q55-d 4eqj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartyl protease

B: Aspartyl protease

ヘテロ分子

22.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.241, 58.473, 61.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aspartyl protease 分子量: 10803.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: P12499*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月3日

放射

モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 42908 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 18.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.3-1.35	5.6	0.351	1	91.9
1.35-1.4	7.3	0.311	1	92.5
1.4-1.46	8.2	0.27	1	93
1.46-1.54	8.4	0.187	1	94
1.54-1.64	8.3	0.131	1	94.6
1.64-1.76	8.3	0.097	1	95.1
1.76-1.94	8.3	0.076	1	95.8
1.94-2.22	8.2	0.066	1	96.6
2.22-2.8	8	0.061	1	97.3
2.8-50	6.3	0.062	1	74.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→42.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 1.647 / SU ML: 0.036 / SU R Cruickshank DPI: 0.0574 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21873	2181	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20361	-	-	-
obs	0.20436	40660	92.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.964 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→42.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1473	0	42	133	1648

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.995	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.241	3.001	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.975	5	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.804	23.966	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.84	15	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.431	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.005	1.5	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.289	1.5	433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.711	2	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.318	3	606
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.626	4.5	565
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	160	-
R_work	0.245	2754	-
obs	-	-	91.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0849	1.1286	1.5966	1.223	1.5461	2.6506	-0.1259	-0.0735	0.1602	-0.1882	-0.0584	0.1625	-0.0797	-0.1612	0.1843	0.1766	0.0064	-0.0165	0.1343	-0.0004	0.1804	-5.6883	15.1237	-23.9322
2	13.7172	1.0767	0.502	0.0846	0.0394	0.019	0.0136	-0.1339	0.2955	0.0043	-0.0161	0.0248	0.0004	0.0032	0.0026	0.1107	-0.0055	0.0077	0.1103	-0.0101	0.1507	-10.8936	10.6237	-16.7811
3	13.6881	5.8616	-4.0023	4.1035	0.3877	4.2934	-0.1184	-0.1519	-0.0083	-0.0575	-0.085	0.0937	0.0316	-0.0601	0.2034	0.002	0.0007	0.0079	0.0892	-0.0165	0.0756	-26.4283	4.8566	-18.5085
4	5.2398	-1.1002	-2.7743	0.4078	0.5515	1.4752	-0.1396	0.1422	-0.1247	-0.0371	0.02	-0.1757	0.0959	-0.0715	0.1196	0.1038	-0.0196	0.0566	0.109	-0.0244	0.2462	-17.7655	7.0573	-16.6994
5	3.2994	1.7004	-1.0529	1.3838	0.3116	1.7872	-0.0156	-0.1231	-0.0809	0.0423	-0.0512	0.0084	0.0834	0.0555	0.0668	0.1322	-0.0071	0.0131	0.1079	0.0009	0.1501	-8.4372	-1.9886	-21.4585
6	2.3958	0.3695	-2.2038	0.4517	0.8894	5.9877	0.1042	-0.0721	0.0622	-0.0282	-0.0276	0.0029	-0.1691	-0.1709	-0.0766	0.1477	-0.0063	0.0253	0.1747	0.013	0.1509	-19.8376	-1.3807	-12.9977
7	4.5294	-3.9707	-2.405	7.6507	3.4059	2.4205	0.0251	-0.1013	0.0086	-0.1644	-0.0303	0.3724	-0.0231	-0.2722	0.0051	0.1106	-0.0066	-0.0368	0.187	0.0467	0.2029	-28.1617	-8.2903	-14.5832
8	12.5734	0.4458	4.6833	3.115	-0.119	1.7707	-0.1853	0.0903	-0.2225	-0.095	0.2872	0.1851	-0.0591	0.0074	-0.102	0.1446	-0.0018	-0.0291	0.1337	-0.0006	0.1309	-16.7396	-14.2742	-14.4177
9	5.8882	4.7981	-0.0084	3.9293	-0.0111	0.0018	0.119	-0.1263	-0.0907	0.0456	-0.1235	-0.0605	0.0153	-0.0034	0.0045	0.1509	0.0074	-0.0114	0.1507	0.0015	0.1172	-8.6583	-8.9193	-10.7022
10	3.3061	-1.5216	3.3361	3.4158	-1.5006	9.0993	0.0442	-0.0612	-0.0749	-0.0177	0.0768	0.1763	0.0665	-0.2351	-0.121	0.1321	-0.0375	-0.0146	0.1321	0.0216	0.166	-22.5677	-9.473	-16.9859
11	3.9832	4.0285	0.7843	14.6713	-0.5589	0.547	0.0403	-0.1546	-0.0993	0.0176	0.0341	0.3188	0.0143	0.0942	-0.0744	0.1609	-0.0023	0.0045	0.1521	0.0138	0.1407	-23.7795	0.4025	-24.6131
12	1.1595	0.4703	0.4775	4.1653	-0.8512	2.1533	-0.0014	0.0084	0.0542	-0.2224	0.0237	0.1466	-0.0456	0.0352	-0.0223	0.154	-0.0086	0.0025	0.1422	0.0091	0.1446	-21.1358	2.7386	-27.2214
13	0.5524	0.6224	0.2471	0.8673	0.8216	4.6489	0.0235	-0.035	-0.0225	0.1016	0.0087	0.0289	0.09	0.0503	-0.0322	0.1484	-0.0134	0.0111	0.1329	0.0129	0.1572	-17.7483	-4.9571	-12.8863
14	0.8782	1.0726	-0.9484	2.3018	-0.8338	6.4621	0.1056	-0.0996	0.0615	0.2551	-0.0656	0.0777	-0.1439	0.3534	-0.04	0.1728	-0.0236	0.0293	0.1339	-0.0073	0.1397	-13.5367	2.0747	-14.1251
15	4.8101	1.154	0.2221	1.7259	-0.6887	2.6216	-0.1085	0.1983	-0.1445	-0.0211	0.0727	0.0913	-0.0339	-0.0456	0.0358	0.1331	-0.0197	0.0116	0.1148	-0.0059	0.1032	-12.1886	-1.2071	-26.4199
16	10.0422	4.7054	-0.8214	3.029	-0.2903	0.5933	-0.2828	0.3089	0.0382	-0.1857	0.2426	0.007	-0.0046	0.0133	0.0402	0.1532	-0.0276	-0.0166	0.1423	0.0009	0.1283	-7.1727	6.0202	-30.3814
17	2.2871	2.0822	-0.7443	5.2453	-0.3656	1.7361	-0.0369	0.1061	-0.0726	-0.0918	0.0069	-0.1263	0.0766	0.0861	0.03	0.1644	-0.0162	0.0006	0.1629	-0.0131	0.128	-4.464	2.232	-33.1693
18	11.5169	0.328	2.5715	0.0133	0.0756	0.577	0.003	0.2424	-0.4337	-0.0026	0.0452	0.0116	0.0041	0.0512	-0.0482	0.1504	-0.0144	0.0209	0.1483	-0.0049	0.1909	0.3723	-3.824	-26.7465
19	6.6745	-1.2276	2.1637	2.7263	2.2582	4.4412	-0.1776	0.0688	0.0219	0.188	0.2492	-0.124	0.1321	0.1483	-0.0716	0.063	0.0262	-0.0185	0.06	-0.0211	0.0605	15.7677	-1.0235	-21.1759
20	7.8133	-4.1704	-0.045	2.2358	0.0336	0.0188	-0.0844	-0.0747	0.0819	0.0379	0.0418	-0.0131	-0.0054	-0.0422	0.0426	0.1218	0.0084	-0.0101	0.1434	-0.0326	0.1052	7.0246	-3.3395	-22.956
21	2.5314	-0.572	1.2206	1.9369	-0.2924	0.6031	-0.0059	-0.022	-0.0491	0.0663	0.0612	0.0772	-0.0183	0.0223	-0.0553	0.1213	-0.0082	0.0049	0.1323	-0.0256	0.1155	-2.143	4.988	-16.2065
22	2.8288	-1.6305	0.6276	8.4115	-1.169	0.2428	0.0968	-0.1079	-0.0768	-0.0275	-0.1327	-0.1384	0.0274	0.0384	0.0359	0.1456	0.0272	-0.012	0.1536	0.0215	0.1105	7.5817	-3.2874	-13.4121
23	3.3251	0.8474	-2.9691	0.2165	-0.7551	2.6559	0.1384	-0.233	0.0252	0.0333	-0.0745	0.0011	-0.1552	0.2184	-0.0639	0.1681	-0.0067	-0.0136	0.2509	0.0066	0.2061	17.9351	-0.8703	-11.0111
24	6.1315	2.6418	-0.2105	2.0492	-0.7084	0.529	0.0311	-0.1827	0.2347	0.0645	-0.0557	0.1443	-0.0075	0.1084	0.0245	0.1801	-0.0238	-0.0021	0.1935	-0.0021	0.1425	8.2066	1.9961	-2.7343
25	6.7279	4.3147	5.5459	2.7682	3.5627	4.6377	0.0223	-0.1817	0.0083	-0.0188	-0.0806	-0.0001	-0.1315	-0.1559	0.0583	0.2368	-0.0045	-0.0215	0.1514	0.0035	0.1352	-4.1954	-2.7074	-5.8885
26	5.2776	2.1288	-2.0137	2.9415	-2.0253	1.4822	0.0337	-0.1099	-0.1257	0.0179	-0.11	-0.086	0.0185	0.0912	0.0763	0.1881	-0.0259	-0.0184	0.1786	-0.0092	0.128	10.0528	-0.1166	-5.6939
27	1.9252	1.0346	0.5946	4.2895	1.9527	8.1663	0.0688	-0.1688	-0.0447	-0.0457	-0.1595	-0.0277	0.0012	-0.0063	0.0907	0.137	0.0025	-0.0179	0.1288	0.0023	0.1629	14.4878	7.821	-15.1184
28	2.6221	3.4026	3.6528	7.6736	1.827	7.7621	-0.0076	0.1194	-0.0909	-0.1534	0.1268	-0.1273	-0.021	0.1694	-0.1192	0.1846	0.0185	0.01	0.1399	-0.0015	0.1583	10.8298	5.9566	-27.0254
29	0.5269	0.2648	-0.2687	1.5364	0.1539	0.9821	0.0667	-0.1241	0.0681	0.1151	-0.0805	0.0124	0.056	0.1008	0.0138	0.1334	0.0039	-0.0248	0.1318	0.0011	0.119	8.4877	2.0631	-12.5536
30	0.8979	-0.8498	0.6718	4.9668	-0.678	2.3271	0.0396	-0.0438	-0.0741	-0.0171	0.0092	0.2264	0.2145	0.0221	-0.0488	0.1399	0.0057	-0.01	0.1001	0.0011	0.0985	2.3324	-2.3894	-17.2476
31	4.1572	0.7605	-0.2968	2.8778	-0.745	2.3329	-0.1084	0.0705	0.1569	-0.035	0.0844	-0.049	0.0624	0.0525	0.0239	0.1036	-0.0014	-0.0072	0.0794	-0.0069	0.1068	3.1819	10.4037	-20.1657
32	8.1268	0.7477	2.9996	1.6036	0.0868	3.7498	-0.1847	-0.0835	0.2969	-0.0562	-0.0097	0.2048	-0.0855	-0.1367	0.1944	0.1563	-0.0212	-0.0171	0.1301	-0.0022	0.1516	-7.641	10.7759	-28.2249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	13 - 18
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	19 - 24
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	25 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	31 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	37 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	43 - 46
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	47 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	57 - 60
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	61 - 66
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	67 - 74
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	75 - 80
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	81 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	86 - 91
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	92 - 99
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	1 - 6
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	7 - 12
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	13 - 18
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	19 - 24
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	25 - 30
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	31 - 35
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	36 - 41
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	42 - 47
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	48 - 54
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	55 - 59
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	60 - 64
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	65 - 70
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	71 - 80
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	81 - 86
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	87 - 94
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	95 - 99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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