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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sqf | ||||||
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Title | Crystal structure of monomeric M-PMV retroviral protease | ||||||
![]() | Protease | ||||||
![]() | HYDROLASE / folded monomer / retroviral protease folded as a monomer / aspartic protease / retroviral protease / retropepsin / D-type retrovirus | ||||||
Function / homology | ![]() dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases / viral process / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jaskolski, M. / Kazmierczyk, M. / Gilski, M. / Krzywda, S. / Pichova, I. / Zabranska, H. / Khatib, F. / DiMaio, F. / Cooper, S. / Thompson, J. ...Jaskolski, M. / Kazmierczyk, M. / Gilski, M. / Krzywda, S. / Pichova, I. / Zabranska, H. / Khatib, F. / DiMaio, F. / Cooper, S. / Thompson, J. / Popovic, Z. / Baker, D. / Group, Foldit Contenders | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players. Authors: Khatib, F. / DiMaio, F. / Cooper, S. / Kazmierczyk, M. / Gilski, M. / Krzywda, S. / Zabranska, H. / Pichova, I. / Thompson, J. / Popovic, Z. / Jaskolski, M. / Baker, D. #1: Journal: Virology / Year: 1998 Title: Three active forms of aspartic proteinase from Mason-Pfizer monkey virus. Authors: Zabransky, A. / Andreansky, M. / Hruskova-Heidingsfeldova, O. / Havlicek, V. / Hunter, E. / Ruml, T. / Pichova, I. #2: ![]() Title: Three-dimensional structure of a monomeric form of a retroviral protease. Authors: Veverka, V. / Bauerova, H. / Zabransky, A. / Lang, J. / Ruml, T. / Pichova, I. / Hrabal, R. #3: Journal: Nature / Year: 1989 Title: Crystal structure of a retroviral protease proves relationship to aspartic protease family. Authors: Miller, M. / Jaskolski, M. / Rao, J.K. / Leis, J. / Wlodawer, A. #4: ![]() Title: Conserved folding in retroviral proteases: crystal structure of a synthetic HIV-1 protease. Authors: Wlodawer, A. / Miller, M. / Jaskolski, M. / Sathyanarayana, B.K. / Baldwin, E. / Weber, I.T. / Selk, L.M. / Clawson, L. / Schneider, J. / Kent, S.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 15.2 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1nsoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The biologically active assembly of this protein is a homodimer. The present structure corresponds to the polypeptide chain folded as a monomer. This is not the enzymatically competent unit. There are two monomers in the asymmetric unit (chains A and B) but they do not form a biologically active dimer. |
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Components
#1: Protein | Mass: 12899.834 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: 13 kDa form (UNP residues 163-276) / Mutation: C7A, C106A, D26N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P07570, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.71 Å3/Da / Density % sol: 28.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M imidazole, 1 M sodium acetate, 1.2-fold molar excess (relative to dimeric protein) of Pro-Tyr-Val-Pst-Ala-Met-Thr (inhibitor), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Dec 13, 2007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8086 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.63→43.3 Å / Num. all: 21369 / Num. obs: 21369 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 26.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: A model generated by Foldit players from the NMR coordinates 1NSO Resolution: 1.6324→28.6 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.8579 / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: R-free / Stereochemistry target values: Engh & Huber Details: TLS groups selected according to the TLSMD server. H atoms were added at riding positions.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.41 Å / VDW probe radii: 0.6 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.162 Å2 / ksol: 0.467 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.59 Å2 / Biso mean: 28.9429 Å2 / Biso min: 9.26 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6324→28.6 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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