PDB-7b4v: Broadly neutralizing DARPin bnD.2 in complex with the HIV-1 envel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b4v

タイトル

Broadly neutralizing DARPin bnD.2 in complex with the HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)

要素

Broadly neutralizing DARPin bnD.2
HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)

キーワード

DE NOVO PROTEIN / HIV / V3 / conformation / neutralization / DARPins / antibodies

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Friedrich, N. / Stiegeler, E. / Glogl, M. / Lemmin, T. / Hansen, S. / Kadelka, C. / Wu, Y. / Ernst, P. / Maliqi, L. / Foulkes, C. ...

資金援助

スイス, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Distinct conformations of the HIV-1 V3 loop crown are targetable for broad neutralization.
著者: Friedrich, N. / Stiegeler, E. / Glogl, M. / Lemmin, T. / Hansen, S. / Kadelka, C. / Wu, Y. / Ernst, P. / Maliqi, L. / Foulkes, C. / Morin, M. / Eroglu, M. / Liechti, T. / Ivan, B. / Reinberg, ...

履歴

登録	2020年12月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb7b4v.ent.gz	147.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	7b4v_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b4v_full_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示
XML形式データ	7b4v_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	7b4v_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7b4tC 7b4uC 7b4wC 7dneC 7dnfC 7dngC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jkn-1 3ebt-d 1lmo-d 1gnu-d 3m95-2 7b4u-2 6wf4-d 1ljn-d 3b0k-2 1lzb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Broadly neutralizing DARPin bnD.2

A: Broadly neutralizing DARPin bnD.2

B: HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)

D: HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)

ヘテロ分子

31 kDa, 4 ポリマー
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1

C: Broadly neutralizing DARPin bnD.2

D: HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Broadly neutralizing DARPin bnD.2

B: HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.630, 69.340, 69.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Broadly neutralizing DARPin bnD.2 分子量: 13744.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505) 分子量: 1603.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.47 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→49.235 Å / Num. obs: 49189 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.751 % / B_iso Wilson estimate: 14.36 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.163 / R_rim(I) all: 0.17 / Χ²: 1.061 / Net I/σ(I): 9.77 / Num. measured all: 627203 / Scaling rejects: 382

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.4-1.44	12.69	2.186	1.39	45493	3586	3585	0.447	2.278	100
1.44-1.48	13.528	1.725	1.85	47336	3499	3499	0.638	1.793	100
1.48-1.52	13.479	1.406	2.27	46097	3420	3420	0.699	1.461	100
1.52-1.57	13.416	1.127	2.79	44234	3297	3297	0.812	1.172	100
1.57-1.62	13.29	0.974	3.24	42500	3198	3198	0.844	1.013	100
1.62-1.67	13.162	0.824	3.84	40947	3111	3111	0.88	0.857	100
1.67-1.74	12.827	0.643	4.75	38623	3011	3011	0.908	0.669	100
1.74-1.81	11.928	0.499	5.79	34532	2895	2895	0.942	0.522	100
1.81-1.89	12.176	0.385	7.38	33910	2785	2785	0.964	0.402	100
1.89-1.98	12.672	0.294	9.43	33670	2657	2657	0.977	0.306	100
1.98-2.09	13.441	0.231	12.16	34153	2541	2541	0.987	0.24	100
2.09-2.21	13.159	0.186	14.06	31712	2410	2410	0.99	0.194	100
2.21-2.37	12.796	0.162	15.42	28932	2261	2261	0.992	0.169	100
2.37-2.56	12.468	0.138	17.04	26458	2122	2122	0.994	0.144	100
2.56-2.8	12.165	0.116	19.41	23879	1963	1963	0.995	0.121	100
2.8-3.13	11.143	0.096	21.26	19756	1773	1773	0.995	0.101	100
3.13-3.61	10.295	0.078	23.95	16513	1605	1604	0.997	0.083	99.9
3.61-4.43	12.306	0.066	31.93	16589	1348	1348	0.998	0.069	100
4.43-6.26	13.125	0.061	33.8	14136	1077	1077	0.999	0.064	100
6.26-49.235	12.236	0.05	37.2	7733	632	632	0.999	0.052	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.4→49.235 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1959	2471	5.02 %
R_work	0.1646	46716	-
obs	0.1662	49187	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.67 Å² / B_iso mean: 22.9998 Å² / B_iso min: 9.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→49.235 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2099	0	9	385	2493
B_iso mean	-	-	20.33	30.99	-
残基数	-	-	-	-	284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2272
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.675	3111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	418
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.958	820

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.4-1.4269	0.3766	117	0.3109	2582
1.4269-1.456	0.3112	138	0.2867	2547
1.456-1.4877	0.2501	122	0.2707	2570
1.4877-1.5223	0.3132	154	0.2494	2549
1.5223-1.5604	0.2769	135	0.2278	2550
1.5604-1.6025	0.2611	126	0.2179	2577
1.6025-1.6497	0.2303	131	0.2036	2573
1.6497-1.703	0.2243	134	0.2015	2577
1.703-1.7638	0.2333	134	0.1955	2578
1.7638-1.8344	0.2232	149	0.1873	2566
1.8344-1.9179	0.1828	136	0.173	2582
1.9179-2.0191	0.1734	121	0.1546	2608
2.0191-2.1456	0.1835	120	0.1474	2597
2.1456-2.3112	0.202	154	0.1476	2605
2.3112-2.5438	0.1791	141	0.1446	2604
2.5438-2.9118	0.1858	149	0.1444	2627
2.9118-3.6684	0.1555	162	0.143	2631
3.6684-49.235	0.1729	148	0.1371	2793

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.976	-3.4863	-3.957	7.1748	2.6358	8.2193	0.0089	0.5291	-0.1239	-0.3949	-0.0739	0.517	-0.0469	-0.5971	0.0791	0.1621	0.0014	-0.0017	0.1721	0.0597	0.2317	-15.6901	0.3705	-5.9916
2	6.5621	-1.4336	-2.8165	0.4092	0.2318	3.3925	0.1225	-0.4793	1.263	0.712	0.0003	0.8284	-0.1198	0.0606	-0.0424	0.2853	0.0119	0.1182	0.1714	-0.038	0.5234	-13.9126	7.2003	0.9967
3	1.1497	-0.1467	-0.448	2.4322	1.5948	2.9354	0.0638	0.1917	0.2373	0.0402	-0.0666	0.2211	0.0284	-0.1455	-0.0037	0.1337	0.0121	0.0197	0.1153	0.0314	0.1444	-13.2562	-4.7793	-1.4339
4	7.2531	-0.9179	-2.0466	5.5188	-1.4924	7.0232	0.1742	-0.1607	0.6902	0.279	0.0962	-0.0523	-0.4785	0.0721	-0.2778	0.1838	-0.0033	0.0624	0.1183	-0.028	0.2	-10.7052	1.066	8.4968
5	1.4325	0.4455	-0.0862	0.8323	0.4602	0.8611	0.0262	-0.0469	0.1064	-0.003	-0.0184	0.0381	-0.018	0.0192	-0.0019	0.1281	0.0066	0.0188	0.1181	0.007	0.1027	-7.0173	-11.7255	1.7974
6	7.1502	-1.799	-3.8878	6.4223	-2.4973	7.9381	0.0334	-0.5533	0.5044	0.1871	-0.0922	0.0876	-0.2796	0.4183	0.1145	0.1649	-0.0177	0.0221	0.1734	-0.0437	0.1419	-1.6264	-5.6359	11.3196
7	1.722	0.6017	0.0867	1.1379	0.4907	1.4767	0.0345	-0.1553	-0.0503	0.1341	-0.0256	0.0183	0.1068	-0.0161	-0.0168	0.1256	0.0168	0.0102	0.1141	0.0146	0.0977	-1.1338	-17.8805	3.8032
8	3.0618	1.6568	-4.3549	5.5692	-2.2486	6.8644	0.0599	-1.1874	-0.035	0.6855	-0.0318	-0.3512	0.2056	0.5883	0.0105	0.2229	0.0122	-0.0154	0.317	-0.0003	0.1705	6.109	-14.5293	11.7495
9	8.3951	1.7545	2.2121	7.2185	0.1481	5.8535	-0.2097	-0.3916	0.2148	0.3526	0.0876	-0.3724	0.2435	0.3186	0.1142	0.1602	0.0632	-0.0037	0.2354	0.0411	0.1982	12.0638	0.3134	-3.7773
10	1.9344	-0.0781	0.211	1.6214	-0.0912	1.7577	0.009	-0.0535	-0.0669	0.0387	-0.0741	-0.108	-0.0061	0.1552	0.0621	0.1172	-0.0116	-0.0084	0.1517	0.036	0.1171	5.6645	9.0589	-11.3095
11	6.9783	4.8136	-1.6321	8.0438	-0.6268	5.1955	0.1507	-0.7155	0.155	0.6414	-0.2677	0.1027	-0.3194	0.2042	0.0951	0.2095	-0.0046	-0.0407	0.1634	0.0125	0.1247	-0.8845	17.8033	-4.4051
12	1.5989	-0.6314	-0.1528	1.6527	-0.8215	1.8068	0.0205	0.0128	-0.0971	0.0124	-0.0168	-0.0072	-0.1059	-0.0407	0	0.1155	-0.0161	-0.0106	0.119	0.0066	0.0854	-4.3622	16.5285	-18.8131
13	5.6655	5.8824	-6.2681	6.322	-6.5447	7.018	0.3874	-0.0819	0.5395	0.61	-0.1875	0.2751	-0.5358	-0.1309	-0.227	0.2716	0.0152	0.0172	0.195	-0.0077	0.1948	-7.911	24.7578	-11.2278
14	5.4189	6.6882	-5.8999	8.89	-7.3229	6.4334	0.0553	0.2806	0.0966	-0.1913	0.271	0.5477	0.0058	-0.4133	-0.3274	0.1471	0.0005	-0.0268	0.1909	0.0254	0.161	-9.3232	5.0089	-17.9133
15	2.7678	3.3441	-3.113	5.5544	-5.2241	7.6176	0.1351	0.0083	0.2167	-0.0761	0.0045	0.2805	0.2082	-0.1119	-0.1361	0.1517	0.0077	-0.0165	0.1477	0.0228	0.1076	-2.9992	0.8976	-17.6227
16	8.4749	4.6856	-1.6913	5.9249	-1.1328	1.9399	0.2598	-0.2271	-0.1189	0.1668	-0.3303	-0.401	0.0297	0.2092	0.0902	0.1568	0.0197	0.006	0.1536	0.0048	0.1095	3.0045	-11.8046	-7.5834
17	4.8151	0.0449	-2.7188	5.1976	-3.141	4.5582	0.1169	0.2298	0.0824	-0.2062	-0.0266	0.2285	-0.0977	-0.1989	-0.0849	0.1177	0.0075	-0.006	0.1077	0.002	0.0741	-4.4815	-9.1214	-9.4505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 13 through 23 )	C	13 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 24 through 35 )	C	24 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 36 through 60 )	C	36 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 61 through 70 )	C	61 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 71 through 93 )	C	71 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 94 through 102 )	C	94 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 103 through 126 )	C	103 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 127 through 138 )	C	127 - 138
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 13 through 36 )	A	13 - 36
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 37 through 93 )	A	37 - 93
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 94 through 102 )	A	94 - 102
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 103 through 126 )	A	103 - 126
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 127 through 140 )	A	127 - 140
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1 through 6 )	B	1 - 6
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 7 through 15 )	B	7 - 15
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 6 )	D	1 - 6
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 7 through 15 )	D	7 - 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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