PDB-7b4t: Broadly neutralizing DARPin bnD.1 in complex with the HIV-1 envel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b4t

タイトル

Broadly neutralizing DARPin bnD.1 in complex with the HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)

要素

Broadly neutralizing DARPin bnD.1
HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)

キーワード

DE NOVO PROTEIN / HIV / V3 / conformation / neutralization / DARPins / antibodies

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Friedrich, N. / Stiegeler, E. / Glogl, M. / Lemmin, T. / Hansen, S. / Kadelka, C. / Wu, Y. / Ernst, P. / Maliqi, L. / Foulkes, C. ...

資金援助

スイス, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Distinct conformations of the HIV-1 V3 loop crown are targetable for broad neutralization.
著者: Friedrich, N. / Stiegeler, E. / Glogl, M. / Lemmin, T. / Hansen, S. / Kadelka, C. / Wu, Y. / Ernst, P. / Maliqi, L. / Foulkes, C. / Morin, M. / Eroglu, M. / Liechti, T. / Ivan, B. / Reinberg, ...

履歴

登録	2020年12月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b4t.cif.gz	113.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b4t.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b4uC 7b4vC 7b4wC 7dneC 7dnfC 7dngC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b4w-1 2iij-d 6jmu-2 3gm1-1 6f0g-2 2iyk-2 3gm1-2 4r32-d 7bpr-2 5oou-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505)

A: Broadly neutralizing DARPin bnD.1

ヘテロ分子

19.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.980, 67.050, 95.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質・ペプチド	HIV-1 envelope variable loop 3 crown mimetic peptide V3-IF (BG505) 分子量: 1603.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質	Broadly neutralizing DARPin bnD.1 分子量: 17481.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulphate, 12% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00004 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→38.925 Å / Num. obs: 30369 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.49 % / B_iso Wilson estimate: 25.78 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.151 / R_rim(I) all: 0.17 / Χ²: 0.959 / Net I/σ(I): 8.27 / Num. measured all: 136355 / Scaling rejects: 275

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	4.27	1.498	1.07	9671	2303	2265	0.552	1.712	98.3
2-2.06	4.29	1.21	1.38	9184	2178	2141	0.55	1.381	98.3
2.06-2.12	4.303	0.989	1.73	9272	2195	2155	0.717	1.129	98.2
2.12-2.18	4.372	0.884	1.89	8901	2071	2036	0.742	1.006	98.3
2.18-2.25	4.336	0.711	2.49	8885	2076	2049	0.787	0.809	98.7
2.25-2.33	4.386	0.678	2.53	8369	1939	1908	0.865	0.768	98.4
2.33-2.42	4.491	0.505	3.58	8506	1911	1894	0.889	0.571	99.1
2.42-2.52	4.585	0.405	4.33	8061	1788	1758	0.924	0.456	98.3
2.52-2.63	4.688	0.299	5.89	8199	1761	1749	0.957	0.336	99.3
2.63-2.76	4.577	0.277	6.26	7556	1666	1651	0.957	0.313	99.1
2.76-2.91	4.514	0.204	7.99	7168	1602	1588	0.976	0.23	99.1
2.91-3.08	4.366	0.167	9.09	6575	1518	1506	0.977	0.19	99.2
3.08-3.3	3.904	0.12	11.01	5434	1404	1392	0.983	0.139	99.1
3.3-3.56	4.286	0.08	15.79	5482	1301	1279	0.994	0.091	98.3
3.56-3.9	4.691	0.066	20.44	5549	1211	1183	0.996	0.074	97.7
3.9-4.36	5.118	0.05	25.56	5589	1106	1092	0.998	0.056	98.7
4.36-5.04	5.119	0.048	27.11	4873	957	952	0.998	0.054	99.5
5.04-6.17	5.204	0.055	24.06	4174	807	802	0.998	0.061	99.4
6.17-8.72	5.17	0.039	32.94	3288	638	636	0.999	0.043	99.7
8.72-38.925	4.862	0.03	39.98	1619	338	333	0.999	0.033	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 1.95→38.925 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	815	4.98 %
R_work	0.2094	15566	-
obs	0.2115	16381	98.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 144.98 Å² / B_iso mean: 38.9064 Å² / B_iso min: 16.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→38.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1326	0	20	85	1431
B_iso mean	-	-	82.01	34.15	-
残基数	-	-	-	-	177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1384
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.636	1879
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	208
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	250
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.71	814

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9501-2.0723	0.3675	134	0.2998	2514	98
2.0723-2.2323	0.2938	140	0.2594	2531	98
2.2323-2.4569	0.2985	127	0.2322	2580	99
2.4569-2.8123	0.2565	124	0.2086	2605	99
2.8123-3.5429	0.2471	149	0.212	2586	99
3.5429-38.925	0.2113	141	0.1752	2750	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4372	1.6907	-2.9635	7.7958	3.1777	6.0338	-0.2497	-0.4351	-0.2966	0.8966	0.3991	-1.5457	0.5105	1.8588	0.1443	0.3125	-0.0034	-0.0851	0.56	-0.0655	0.5003	0.2102	-9.4734	20.0411
2	1.9779	0.4537	-0.2921	4.0587	-0.6096	2.2761	-0.0717	0.2557	-0.2875	0.0645	0.155	0.0572	0.1323	0.0626	-0.1232	0.215	-0.0095	0.0151	0.3577	-0.0011	0.2696	-6.5539	-17.4959	-3.7698
3	6.4977	4.8469	2.0794	3.9826	2.4067	9.5608	-0.0802	-0.1613	0.2265	-0.5689	0.0238	-0.0174	-0.5631	0.2628	-0.0285	0.3128	-0.0445	0.0001	0.3048	0.0297	0.3311	-8.4877	-9.0487	-9.6082
4	3.6923	-0.9765	2.8633	2.3169	-0.594	2.4525	0.0942	0.0594	-0.3532	-0.0266	0.031	0.2842	0.1694	0.0014	-0.0696	0.236	-0.0135	0.0433	0.2773	-0.0127	0.2732	-10.7126	-16.978	1.7213
5	6.0763	1.8156	0.8414	4.2473	1.4797	3.4151	-0.2164	-0.1072	0.3015	-0.1548	0.1176	-0.0638	-0.3131	-0.0181	0.0726	0.1891	-0.0016	0.0247	0.1767	-0.0065	0.2258	-9.4921	-5.2017	1.0909
6	0.8907	0.3105	-0.4943	1.2621	-0.678	2.3443	-0.0078	-0.22	0.101	0.0814	-0.0586	-0.0973	0.0409	0.0433	0.0536	0.227	0.0234	-0.0093	0.3035	-0.0238	0.2691	-10.2534	-8.9959	11.0766
7	2.8072	2.3425	-0.475	5.9078	3.3067	3.6268	-0.0363	0.4369	0.7405	-0.5914	-0.1804	0.0626	-0.9891	-1.0949	0.2298	0.3441	0.0521	-0.0541	0.2665	-0.0216	0.3059	-14.835	2.2302	6.4672
8	0.6379	-0.9387	-0.3646	4.2623	-0.7129	5.6606	0.0967	-0.167	0.0703	0.2631	-0.1499	-0.2311	-0.1133	0.0962	0.0536	0.2476	-0.0022	0.0334	0.3329	-0.0598	0.2524	-10.5907	-3.595	19.7015
9	2.3308	0.9552	-0.465	5.1862	1.256	6.7395	0.0779	0.1473	1.5492	-0.2308	-0.0435	0.3537	-1.5667	-0.2628	0.0479	0.4772	0.0606	0.0318	0.322	-0.0755	0.4042	-13.2573	7.5744	16.2226
10	2.0907	1.1862	0.3389	5.9144	-1.9845	6.8415	-0.0996	-0.7514	-0.0986	0.636	-0.2356	-0.0381	0.4822	-0.4383	0.3333	0.4149	-0.0232	0.0736	0.4319	-0.103	0.2794	-12.8002	-4.0296	28.2782
11	1.5812	1.6906	-0.5581	2.3543	-2.6097	7.2401	0.4687	-0.0971	-0.6743	0.9751	-0.6303	-0.5613	-0.4884	0.9073	0.2094	0.4083	-0.1013	-0.055	0.3725	-0.0523	0.3881	-4.581	3.0806	28.6645
12	2.2224	-1.475	-1.6884	6.8371	1.9115	8.3109	-0.1273	0.2783	0.775	0.2146	-0.0422	0.4679	-1.8367	-0.2625	0.1494	0.759	0.0063	0.0126	0.3572	-0.0196	0.3372	-11.5956	10.48	28.2139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 15 )	B	1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 9 through 24 )	A	9 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 35 )	A	25 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 36 through 49 )	A	36 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 50 through 68 )	A	50 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 69 through 92 )	A	69 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 93 through 102 )	A	93 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 103 through 125 )	A	103 - 125
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 126 through 135 )	A	126 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 136 through 148 )	A	136 - 148
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 149 through 158 )	A	149 - 158
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 159 through 170 )	A	159 - 170

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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