PDB-3b0k: Crystal structure of alpha-lactalbumin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b0k

タイトル

Crystal structure of alpha-lactalbumin

要素

Alpha-lactalbumin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Calcium Binding Protein / GLYCOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding / protein-containing complex / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Capra hircus (ヤギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Makabe, K.

引用

ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the stability perturbations induced by N-terminal variation in human and goat alpha-lactalbumin
著者: Makabe, K. / Nakamura, T. / Kuwajima, K.

履歴

登録	2011年6月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b0k.cif.gz	113.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b0k.ent.gz	87.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b0iC 3b0oC 1hfyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fkv-d 2h2y-2 3lgl-d 1hmk-d 1xni-6 1tuh-d 1tdy-d 1gnu-d 6cwk-d 3lrh-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-lactalbumin

B: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

28.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha-lactalbumin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.631, 88.210, 43.921
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alpha-lactalbumin / Lactose synthase B protein 分子量: 14213.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: LALBA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00712
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 26% PEG 4000, 0.2M ammonium sulphate, 0.1M Na-acetate, 24 mg/ml protein, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 30569 / Num. obs: 30569 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1HFY

1hfy

解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 3.484 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2352	1535	5 %	RANDOM
R_work	0.18034	-	-	-
obs	0.18323	29008	97.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.416 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.59 Å²	0 Å²	0.91 Å²
2-	-	-1.21 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1934	0	2	271	2207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.02	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.02	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.113	1.935	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.508	3.01	3307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.186	5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.749	26.505	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.882	15	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.087	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.174	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.84	1.5	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.219	1.5	490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.477	2	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.152	3	814
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.314	4.5	785
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.601→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	112	-
R_work	0.186	2106	-
obs	-	-	97.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2319	-0.14	-0.1746	0.4346	0.2143	1.0631	-0.0103	-0.0028	-0.0055	0.0008	0.0167	0.0331	0.0089	0.023	-0.0064	0.0022	0.0077	-0.0001	0.0385	0.0053	0.0273	9.3378	-0.2379	7.7115
2	0.034	-0.0625	-0.1401	1.0972	0.221	0.7077	0.0157	0.0033	0.0042	0.0414	0.0125	0.0052	-0.0348	0.0279	-0.0282	0.0154	-0.0009	-0.0091	0.0311	0.0029	0.0397	7.5077	22.9084	12.432

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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