PDB-3m95: Crystal structure of autophagy-related protein Atg8 from the silk...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m95

タイトル

Crystal structure of autophagy-related protein Atg8 from the silkworm Bombyx mori

要素

Autophagy related protein Atg8

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / alpha slash beta / Receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

autophagy / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Teng, Y.-B. / Hu, C. / Zhang, X. / Jiang, Y.L. / Hu, H.-X. / Zhou, C.Z.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of autophagy-related protein Atg8 from the silkworm Bombyx mori
著者: Hu, C. / Zhang, X. / Teng, Y.-B. / Hu, H.-X. / Li, W.-F.

履歴

登録	2010年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m95.cif.gz	106.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m95.ent.gz	83.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m95.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m95_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m95_full_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示
XML形式データ	3m95_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	3m95_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m95	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kjtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1kjt-d 5uwg-2 1gnu-d 1lhh-d 4mgs-d 1heg-d 6p6z-d 6bs9-4 7jhx-1 1uat-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Autophagy related protein Atg8

B: Autophagy related protein Atg8

29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Autophagy related protein Atg8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Autophagy related protein Atg8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.768, 96.768, 44.309
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Autophagy related protein Atg8 / Atg8 / Gamma-aminobutyric acid type A receptor-associated protein / Gaba receptor protein 分子量: 14945.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / プラスミド: pET28a-derived vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2F5R5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Autophagy related protein Atg8 / Atg8 / Gamma-aminobutyric acid type A receptor-associated protein / Gaba receptor protein

分子量: 14945.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bombyx mori (カイコ) / プラスミド: pET28a-derived vector / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2F5R5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2.0M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M Sodium/Potassium Tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月24日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→96.7 Å / Num. all: 14385 / Num. obs: 14385 / % possible obs: 89.6 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 86.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KJT

1kjt

解像度: 2.4→27.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27309	765	5 %	RANDOM
R_work	0.23112	-	-	-
obs	0.23329	14385	92.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.688 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→27.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1950	0	0	59	2009

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.941	1.965	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.638	5	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.567	23.048	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.687	15	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.318	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.028	1.5	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.303	2	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.821	3	838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.419	4.5	806
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	56	-
R_work	0.308	1029	-
obs	-	-	90.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0659	1.162	-0.2909	2.7403	0.0712	1.0896	0.0681	0.1502	0.2631	-0.0882	0.1312	0.0425	-0.0349	0.2796	-0.1993	0.1996	-0.0842	0.0273	0.183	0.0086	0.0922	-37.716	16.649	-0.348
2	5.2018	-2.7539	-0.9256	3.9422	0.6646	1.4713	0.5268	0.5078	0.4893	-0.2507	-0.3175	-0.2676	-0.1773	-0.3335	-0.2093	0.2535	0.1009	0.065	0.1813	0.062	0.0585	-56.335	16.301	16.786

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	89 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	89 - 110

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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