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- PDB-7aqf: Crystal Structure of Small Molecule Inhibitor TM5484 Bound to Sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aqf
タイトルCrystal Structure of Small Molecule Inhibitor TM5484 Bound to Stabilized Active Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1-stab)
要素Plasminogen activator inhibitor 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / plasminogen activator inhibitor-1 (プラスミノーゲンアクチベーターインヒビター1) / PAI-1 (プラスミノーゲンアクチベーターインヒビター1) / PAI-1-stab / serpin (セルピン) / protease inhibitor (プロテアーゼ阻害剤) / serine protease inhibitor (セルピン) / small molecule inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity ...positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / negative regulation of smooth muscle cell migration / peptidase inhibitor complex / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of endopeptidase activity / negative regulation of plasminogen activation / negative regulation of blood coagulation / regulation of signaling receptor activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / ヘイフリック限界 / ECM proteoglycans / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / negative regulation of cell migration / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-8 production / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / 血管新生 / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / セルピン / Serpin domain / セルピン / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RV2 / Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Sillen, M. / Strelkov, S.V. / Declerck, P.J.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)11ZQ918N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G072915N ベルギー
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Structural Insight into the Two-Step Mechanism of PAI-1 Inhibition by Small Molecule TM5484.
著者: Sillen, M. / Miyata, T. / Vaughan, D.E. / Strelkov, S.V. / Declerck, P.J.
履歴
登録2020年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen activator inhibitor 1
B: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8873
ポリマ－85,5022
非ポリマー3851
水8,665481
1
A: Plasminogen activator inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1362
ポリマ－42,7511
非ポリマー3851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plasminogen activator inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7511
ポリマ－42,7511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.296, 64.322, 106.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.960, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen activator inhibitor 1 / PAI-1 / Endothelial plasminogen activator inhibitor / Serpin E1


分子量: 42751.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINE1, PAI1, PLANH1 / プラスミド: pETHSUK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P05121
#2: 化合物 ChemComp-RV2 / 5-Chloro-2-[[2-[3-(furan-3-yl)anilino]-2-oxoacetyl]amino]benzoic acid / 5-chloranyl-2-[[2-[[3-(furan-3-yl)phenyl]amino]-2-oxidanylidene-ethanoyl]amino]benzoic acid / TM5484 / CHEMBL4210355


分子量: 384.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H13ClN2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 0.2 M TRISODIUM CITRATE, 10% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→66.3 Å / Num. obs: 85314 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 576610 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.73-1.8271.20885847123450.750.4891.3051.798.9
5.46-66.36.10.0391727928130.9990.0170.04319.599.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GWP

6gwp


解像度: 1.77→33.44 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 3996 5.04 %
Rwork0.1783 75248 -
obs0.1801 79244 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.62 Å2 / Biso mean: 30.1522 Å2 / Biso min: 14.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→33.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5746 0 39 481 6266
Biso mean--35.38 39.73 -
残基数----736
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.77-1.790.37311420.29712580272299
1.79-1.810.30691450.27622529267499
1.81-1.840.31231360.26212603273999
1.84-1.860.33131150.25142556267199
1.86-1.890.27011520.23022575272799
1.89-1.910.28661320.21442542267499
1.91-1.940.25571440.21632593273799
1.94-1.970.27321510.2042572272399
1.97-20.27061430.1982567271099
2-2.040.24711490.19242554270399
2.04-2.070.26051260.18682634276099
2.07-2.110.20451430.18692539268299
2.11-2.160.23681160.17222596271299
2.16-2.20.21941510.169725802731100
2.2-2.260.2071390.17112590272999
2.26-2.310.23611480.172572272099
2.31-2.380.22621390.182525962735100
2.38-2.440.27121250.185326012726100
2.45-2.520.2491400.18125812721100
2.52-2.610.23051340.183226222756100
2.61-2.720.20741290.179125962725100
2.72-2.840.20231330.180626112744100
2.84-2.990.23141520.189426022754100
2.99-3.180.21841360.187726172753100
3.18-3.420.20141310.178726452776100
3.42-3.770.20941350.16126222757100
3.77-4.310.18281290.146426312760100
4.31-5.430.15531390.147826512790100
5.43-33.440.16541420.17822691283399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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