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- PDB-4c49: Reactive loop cleaved human CBG in complex with cortisol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c49
タイトルReactive loop cleaved human CBG in complex with cortisol
要素CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CORTICOSTEROID BINDING GLOBULIN / SERPIN / HORMONE CARRIER
機能・相同性
機能・相同性情報


glucocorticoid biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / Prednisone ADME / steroid binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HCY / Corticosteroid-binding globulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chan, W.L. / Zhou, A. / Read, R.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Role of Sa-Hd Loop Movement in Cortisol Release Mechanism of Cbg
著者: Chan, W.L. / Zhou, A. / Read, R.J.
履歴
登録2013年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
B: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
C: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
D: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,9528
ポリマ－166,5024
非ポリマー1,4504
水68538
1
A: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9882
ポリマ－41,6251
非ポリマー3621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9882
ポリマ－41,6251
非ポリマー3621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9882
ポリマ－41,6251
非ポリマー3621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9882
ポリマ－41,6251
非ポリマー3621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.820, 110.420, 92.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9957, 0.0884, 0.0262), (0.0902, -0.993, -0.0762), (0.0193, 0.0782, -0.9968)-37.0737, 15.2163, -0.0497
2given(0.997, 0.028, 0.0724), (0.0226, -0.997, 0.0746), (0.0742, -0.0727, -0.9946)-30.5014, 16.8906, 43.3814
3given(0.9986, -0.0251, 0.0467), (0.0173, 0.9867, 0.1618), (-0.0501, -0.1608, 0.9857)7.2108, -9.9277, -38.78

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要素

#1: タンパク質
CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN / CBG / SERPIN A6 / TRANSCORTIN


分子量: 41625.426 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 33-405 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD PLASMA / プラスミド: PSUMO 3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P08185
#2: 化合物
ChemComp-HCY / (11alpha,14beta)-11,17,21-trihydroxypregn-4-ene-3,20-dione / CORTISOL / コルチゾ-ル


分子量: 362.460 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O5 / コメント: 薬剤, ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS PROTEIN CONTAINS A NON-NATURALLY OCCURRING ENGINEERED T349R MUTATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.3 / 詳細: 12% PEG 3350, 0.2M NACL, 50 MM MES, PH 5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→69.92 Å / Num. obs: 37371 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1488)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VDY

2vdy


解像度: 2.7→69.92 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 1888 5.1 %
Rwork0.2205 --
obs0.2229 37304 94.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→69.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11290 0 104 38 11432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01611637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48915806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.634140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1171845
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071989
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7730.35471370.31942789X-RAY DIFFRACTION98
2.773-2.85460.36881420.31292778X-RAY DIFFRACTION98
2.8546-2.94680.31381600.30092832X-RAY DIFFRACTION98
2.9468-3.05210.32621470.28132824X-RAY DIFFRACTION99
3.0521-3.17430.33191540.27072842X-RAY DIFFRACTION99
3.1743-3.31880.36841510.25912826X-RAY DIFFRACTION99
3.3188-3.49370.2971210.2512269X-RAY DIFFRACTION79
3.4937-3.71260.29311270.22982342X-RAY DIFFRACTION82
3.7126-3.99930.25931250.22422525X-RAY DIFFRACTION87
3.9993-4.40170.23691590.1892814X-RAY DIFFRACTION98
4.4017-5.03840.2021430.17132826X-RAY DIFFRACTION98
5.0384-6.34720.2341760.21392839X-RAY DIFFRACTION99
6.3472-69.94360.25721460.18532910X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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