+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ce0 | ||||||
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Title | Crystal structure of conserpin with Z-mutation | ||||||
Components | Native conserpin with Z-variant (E342K) | ||||||
Keywords | hydrolase inhibitor / Serine Protease Inhibitor / Aggregation Resistant / Consensus Design / Stability / Z-variant | ||||||
Function / homology | Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Porebski, B.T. / McGowan, S. / Keleher, S. / Buckle, A.M. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: Smoothing a rugged protein folding landscape by sequence-based redesign. Authors: Porebski, B.T. / Keleher, S. / Hollins, J.J. / Nickson, A.A. / Marijanovic, E.M. / Borg, N.A. / Costa, M.G. / Pearce, M.A. / Dai, W. / Zhu, L. / Irving, J.A. / Hoke, D.E. / Kass, I. / ...Authors: Porebski, B.T. / Keleher, S. / Hollins, J.J. / Nickson, A.A. / Marijanovic, E.M. / Borg, N.A. / Costa, M.G. / Pearce, M.A. / Dai, W. / Zhu, L. / Irving, J.A. / Hoke, D.E. / Kass, I. / Whisstock, J.C. / Bottomley, S.P. / Webb, G.I. / McGowan, S. / Buckle, A.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ce0.cif.gz | 287.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ce0.ent.gz | 232.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ce0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ce0_validation.pdf.gz | 425.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ce0_full_validation.pdf.gz | 429.1 KB | Display | |
Data in XML | 5ce0_validation.xml.gz | 27.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5ce0_validation.cif.gz | 39 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/5ce0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/5ce0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5cdxSC 5cdzC 5ce2 S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42578.398 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E313K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.29 % / Description: Large, rectangular crystals |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Crystals appeared within 5 days in 20% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.01 M Bis Tris and 0.2 M Magnesium chloride (hexahydrate) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2013 |
Radiation | Monochromator: Silicon Double Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→37.57 Å / Num. obs: 32616 / % possible obs: 99.64 % / Redundancy: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1474 / Net I/σ(I): 30.83 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5CDX Resolution: 2.3→37.568 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→37.568 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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