PDB-7ajl: Cyrstal structure of CYRI-B/Fam49B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ajl

タイトル

Cyrstal structure of CYRI-B/Fam49B

要素

CYFIP-related Rac1 interactor B

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Rac1 competitor / actin regulation / Scar/WAVE inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

MHC class Ib protein binding, via antigen binding groove / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / cellular response to molecule of bacterial origin / Platelet degranulation / negative regulation of actin filament polymerization / regulation of chemotaxis / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of memory T cell activation / regulation of mitochondrial fission / regulation of cell migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Yelland, T. / Anh, H. / Insall, R. / Machesky, L. / Ismail, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of CYRI-B Direct Competition with Scar/WAVE Complex for Rac1.
著者: Yelland, T. / Le, A.H. / Nikolaou, S. / Insall, R. / Machesky, L. / Ismail, S.

履歴

登録	2020年9月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ajl.cif.gz	134.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ajl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ajl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ajl_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ajl_full_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示
XML形式データ	7ajl_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	7ajl_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/7ajl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/7ajl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ajkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s8v-2 2ahf-d 2d5j-d 2fv1-d 4a0p-d 4xfv-d 6i3q-1 1qd1-d 3s8z-d 3nfw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: CYFIP-related Rac1 interactor B

BBB: CYFIP-related Rac1 interactor B

68.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, pulldown

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.731, 166.686, 45.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.343, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	CYFIP-related Rac1 interactor B / Protein FAM49B 分子量: 34399.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cyrib, Cyri, Fam49b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q921M7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M carboxylic acid, 8% MPD_P1K_P33 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.37→83.343 Å / Num. obs: 24725 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 23 % / CC_1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 2.37→2.45 Å / Num. unique obs: 2575 / CC_1/2: 0.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.37→83.343 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.219 / WR_factor R_work: 0.18 / SU B: 18.042 / SU ML: 0.353 / Average fsc free: 0.7125 / Average fsc work: 0.7252 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.497 / ESU R Free: 0.265 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2454	1242	5.023 %
R_work	0.2025	23483	-
all	0.205	-	-
obs	-	24725	100 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.043 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.654 Å²	0 Å²	3.214 Å²
2-	-	-10.043 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.674 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.37→83.343 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4552	0	0	161	4713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.013	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.001	1.657	6290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.065	1.571	10115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.804	5	575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.828	22.439	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.037	15	790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.699	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.025	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.242	0.2	4188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.1	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.282	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.099	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.302	8.131	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.302	8.129	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.892	12.187	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.891	12.189	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.572	8.72	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.551	8.717	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.656	12.846	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.655	12.847	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.157	99.771	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.16	99.776	5361
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.165	0.05	8675

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
2.37-2.432	0.309	93	0.355	1684	0.353	1777	0.384	0.327	0.306
2.432-2.498	0.351	89	0.356	1753	0.355	1842	0.385	0.383	0.302
2.498-2.57	0.315	58	0.332	1621	0.331	1679	0.51	0.488	0.282
2.57-2.65	0.347	83	0.324	1628	0.325	1711	0.519	0.522	0.275
2.65-2.736	0.34	86	0.303	1509	0.305	1595	0.497	0.571	0.263
2.736-2.832	0.301	91	0.29	1504	0.291	1595	0.597	0.621	0.254
2.832-2.939	0.384	70	0.254	1446	0.259	1516	0.602	0.721	0.22
2.939-3.059	0.311	74	0.251	1377	0.254	1451	0.757	0.805	0.223
3.059-3.195	0.278	81	0.219	1357	0.223	1438	0.839	0.872	0.196
3.195-3.35	0.239	97	0.208	1229	0.21	1326	0.888	0.899	0.19
3.35-3.531	0.26	49	0.203	1224	0.205	1273	0.909	0.921	0.19
3.531-3.745	0.216	60	0.182	1164	0.184	1224	0.932	0.94	0.173
3.745-4.003	0.227	61	0.157	1064	0.161	1125	0.943	0.953	0.148
4.003-4.323	0.229	54	0.154	993	0.157	1047	0.928	0.958	0.148
4.323-4.734	0.205	50	0.143	926	0.146	976	0.947	0.96	0.137
4.734-5.291	0.189	38	0.158	842	0.159	880	0.958	0.954	0.153
5.291-6.105	0.228	38	0.192	752	0.194	790	0.929	0.943	0.187
6.105-7.468	0.276	31	0.202	654	0.205	685	0.915	0.941	0.199
7.468-10.519	0.142	31	0.139	473	0.139	504	0.97	0.973	0.14
10.519-83.343	0.252	8	0.203	283	0.204	291	0.933	0.944	0.197

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