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- PDB-7aby: Crystal structure of iLOV-Q489K mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aby
タイトルCrystal structure of iLOV-Q489K mutant
要素Phototropin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / LOV domain / BLUE LIGHT PHOTORECEPTOR / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast relocation / phototropism / stomatal movement / blue light photoreceptor activity / response to blue light / plastid / circadian rhythm / kinase activity / FMN binding / protein autophosphorylation ...chloroplast relocation / phototropism / stomatal movement / blue light photoreceptor activity / response to blue light / plastid / circadian rhythm / kinase activity / FMN binding / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Golgi apparatus / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Phototropin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Granzin, J. / Batra-Safferling, R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: The molecular basis of spectral tuning in blue- and red-shifted flavin-binding fluorescent proteins.
著者: Rollen, K. / Granzin, J. / Remeeva, A. / Davari, M.D. / Gensch, T. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Bogorodskiy, A. / Borshchevskiy, V. / Hemmer, S. / Schwaneberg, U. / Gordeliy, V. / ...著者: Rollen, K. / Granzin, J. / Remeeva, A. / Davari, M.D. / Gensch, T. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Bogorodskiy, A. / Borshchevskiy, V. / Hemmer, S. / Schwaneberg, U. / Gordeliy, V. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R. / Gushchin, I. / Krauss, U.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structural and mechanistic insight into spectral tuning in flavin-binding fluorescent proteins
著者: Rollen, K. / Granzin, J. / Remeeva, A. / Davari, M.D. / Gensch, T. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Bogorodskiy, A. / Borshchevskiy, V. / Hemmer, S. / Schwaneberg, U. / Gordeliy, V. / ...著者: Rollen, K. / Granzin, J. / Remeeva, A. / Davari, M.D. / Gensch, T. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Bogorodskiy, A. / Borshchevskiy, V. / Hemmer, S. / Schwaneberg, U. / Gordeliy, V. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R. / Gushchin, I. / Krauss, U.
履歴
登録2020年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 2.02023年7月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phototropin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5613
ポリマ－15,0461
非ポリマー5152
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6280 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.756, 40.756, 131.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-687-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phototropin-2 / Defective in chloroplast avoidance protein 1 / Non-phototropic hypocotyl 1-like protein 1 / AtKin7 ...Defective in chloroplast avoidance protein 1 / Non-phototropic hypocotyl 1-like protein 1 / AtKin7 / NPH1-like protein 1


分子量: 15045.925 Da / 分子数: 1 / 変異: D491(SNN), G492(ACY), Q489K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: modified residues: Asp491-Gly492 to SNN L-3-AMINOSUCCINIMIDE and ACY ACETIC ACID including the required backbone bonds. Asp-Gly form a Succinimide intermediate. Keyword: Deamidation
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PHOT2, CAV1, KIN7, NPL1, At5g58140, K21L19.6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P93025, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.56 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9194 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9194 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→43.93 Å / Num. obs: 20710 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 19.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 186700
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.489.61.107984710300.7750.3761.172.1100
7.81-43.936.80.03212951900.9990.0130.03538.199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.482
最高解像度最低解像度
Rotation38.94 Å1.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170601データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
MOLREPVers 11.5.05; 04.08.2017位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EES

4ees


解像度: 1.45→38.937 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1847 958 4.64 %
Rwork0.1563 19671 -
obs0.1576 20629 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 59.3 Å2 / Biso mean: 24.9037 Å2 / Biso min: 12.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→38.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数875 0 35 106 1016
Biso mean--16.55 36.57 -
残基数----107
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.4501-1.52650.23561360.17222728
1.5265-1.62220.24431500.16242723
1.6222-1.74740.2111430.15732759
1.7474-1.92330.1861240.14712784
1.9233-2.20160.20041350.14062779
2.2016-2.77360.20221240.15922870
2.7736-38.9371460.15633028

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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