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- PDB-3vww: Crystal structure of a0-domain of P5 from H. sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vww
タイトルCrystal structure of a0-domain of P5 from H. sapiens
要素Protein disulfide-isomerase A6
キーワードISOMERASE / PDI family member / thioredoxin fold / protein disulfide isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein disulfide-isomerase / endoplasmic reticulum chaperone complex / XBP1(S) activates chaperone genes / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein-disulfide reductase activity / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / centriolar satellite / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...protein disulfide-isomerase / endoplasmic reticulum chaperone complex / XBP1(S) activates chaperone genes / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein-disulfide reductase activity / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / centriolar satellite / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / melanosome / protein folding / ciliary basal body / cilium / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PDIA6-like, C-terminal thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...PDIA6-like, C-terminal thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Protein disulfide-isomerase A6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Inaba, K. / Suzuki, M.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2013
タイトル: Synergistic cooperation of PDI family members in peroxiredoxin 4-driven oxidative protein folding
著者: Sato, Y. / Kojima, R. / Okumura, M. / Hagiwara, M. / Masui, S. / Maegawa, K. / Saiki, M. / Horibe, T. / Suzuki, M. / Inaba, K.
履歴
登録2012年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein disulfide-isomerase A6
B: Protein disulfide-isomerase A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9014
ポリマ－25,7112
非ポリマー1902
水3,171176
1
A: Protein disulfide-isomerase A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9502
ポリマ－12,8551
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein disulfide-isomerase A6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9502
ポリマ－12,8551
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.461, 43.241, 61.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-321-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein disulfide-isomerase A6 / Endoplasmic reticulum protein 5 / ER protein 5 / ERp5 / Protein disulfide isomerase P5 / ...Endoplasmic reticulum protein 5 / ER protein 5 / ERp5 / Protein disulfide isomerase P5 / Thioredoxin domain-containing protein 7


分子量: 12855.474 Da / 分子数: 2 / 断片: a0 domain, UNP residues 25-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDIA6, ERP5, P5, TXNDC7 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15084, protein disulfide-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7
詳細: 5% PEG 4000, 50mM sodium phosphate (pH 6.7), VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月21日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→30.03 Å / Num. obs: 17678 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.58 Å2
反射 シェル解像度: 1.93→2.05 Å / 冗長度: 3.7 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→30.03 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8489 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 901 5.1 %random
Rwork0.1728 ---
obs0.1757 17672 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.489 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.44 Å2 / Biso mean: 22.1354 Å2 / Biso min: 6.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9428 Å20 Å2-4.1542 Å2
2---1.5458 Å2-0 Å2
3---2.4887 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→30.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1812 0 10 176 1998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0282536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.599680
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9285-2.04930.27781630.19172743100
2.0493-2.20750.24991480.17122775100
2.2075-2.42960.23181400.16892785100
2.4296-2.78090.28831460.18252821100
2.7809-3.50280.19671540.17122784100
3.5028-30.0340.21331500.1668286399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.88032.00335.50464.80263.78355.4104-0.00730.03830.2321-0.3558-0.0333-0.37210.08350.36790.0550.18020.01070.06960.10840.0230.187438.435340.2741-2.0805
24.927-0.1533-0.61134.47380.08855.86710.08640.3624-0.6224-0.6298-0.0844-0.52190.82680.72150.06860.10380.02550.08540.161-0.07230.169236.908429.5862-0.1069
32.6473-4.63091.08679.84-3.1971.5375-0.02620.09180.05710.07660.1311-0.1178-0.14650.0562-0.08080.1038-0.0453-0.00580.0955-0.00970.108530.269144.72741.8294
44.6753-2.58871.94993.6698-2.18843.6411-0.2725-0.02180.30130.14850.1818-0.5279-0.55450.26250.02250.0442-0.01290.03230.1108-0.0590.164237.09545.96859.5123
53.6568-0.40771.51773.82490.40613.99630.13350.4817-0.287-0.4262-0.17660.26370.0769-0.14750.06160.1133-0.00030.020.0188-0.03990.142729.462941.1283-3.8772
60.03450.3721-0.03415.67250.26491.4373-0.05920.0076-0.0286-0.04070.06070.5632-0.0411-0.0389-0.02740.0841-0.00780.02180.0932-0.00590.138126.2736.5764.1078
78.6663-1.9231.47692.40821.67592.2930.1449-0.0989-0.61220.2801-0.1312-0.00210.4304-0.4582-0.07850.1808-0.02010.02920.1455-0.00950.185625.00530.24876.5742
84.4863-3.7823-0.56793.59320.73272.201-0.0583-0.1939-0.10130.30430.11360.32560.04260.025-0.11080.06540.0135-0.00860.1352-0.01390.108332.943733.735916.0001
92.9055-3.08720.2764.30880.82681.40780.4470.7050.5935-0.8586-0.5619-0.7158-0.03030.0762-0.07870.15710.03230.03540.1458-0.00180.031358.34526.80714.9602
103.1713-1.00350.65853.6073-0.52022.02830.0954-0.0386-0.1870.1113-0.0504-0.00390.1274-0.0011-0.03390.08130.00630.0130.0648-0.00310.047855.503719.921123.0429
115.80154.3027-1.38255.3579-1.4424.12760.2192-0.76530.43750.4479-0.38290.4493-0.1747-0.12970.10370.17450.0270.03830.2644-0.03560.118651.039626.033829.7084
122.2695-1.58510.3834.6427-2.74573.0651-0.1259-0.25820.22150.62790.1070.7094-0.3041-0.2127-0.02820.09490.03270.00060.1311-0.04050.157842.706632.512722.5723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 27:36)A27 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 37:47)A37 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 48:57)A48 - 57
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 58:78)A58 - 78
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 79:94)A79 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 95:110)A95 - 110
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 111:115)A111 - 115
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 116:142)A116 - 142
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 27:47)B27 - 47
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 48:110)B48 - 110
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 111:121)B111 - 121
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 122:142)B122 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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