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- PDB-6yxb: Structure of Chloroflexus aggregans flavin based fluorescent prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yxb
タイトルStructure of Chloroflexus aggregans flavin based fluorescent protein (CagFbFP) Q148K variant (space group P21)
要素Multi-sensor hybrid histidine kinase
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / LOV domain
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / PAS fold-3 / HPT domain superfamily / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal ...PAS fold-4 / PAS fold / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / PAS fold-3 / HPT domain superfamily / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aggregans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Remeeva, A. / Nazarenko, V. / Kovalev, K. / Gushchin, I.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation18-74-00092 ロシア
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: The molecular basis of spectral tuning in blue- and red-shifted flavin-binding fluorescent proteins.
著者: Rollen, K. / Granzin, J. / Remeeva, A. / Davari, M.D. / Gensch, T. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Bogorodskiy, A. / Borshchevskiy, V. / Hemmer, S. / Schwaneberg, U. / Gordeliy, V. / ...著者: Rollen, K. / Granzin, J. / Remeeva, A. / Davari, M.D. / Gensch, T. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Bogorodskiy, A. / Borshchevskiy, V. / Hemmer, S. / Schwaneberg, U. / Gordeliy, V. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R. / Gushchin, I. / Krauss, U.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: Insights into the mechanisms of light-oxygen-voltage domain color tuning from a set of high-resolution X-ray structures.
著者: Remeeva, A. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Goncharov, I.M. / Yudenko, A. / Astashkin, R. / Gordeliy, V. / Gushchin, I.
#2: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Insights into the mechanisms of LOV domain color tuning from a set of high-resolution X-ray structures
著者: Remeeva, A. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Goncharov, I. / Yudenko, A. / Astashkin, R. / Gordeliy, V. / Gushchin, I.
#3: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structural and mechanistic insight into spectral tuning in flavin-binding fluorescent proteins
著者: Rollen, K. / Granzin, J. / Remeeva, A. / Davari, M.D. / Gensch, T. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Bogorodskiy, A. / Borshchevskiy, V. / Hemmer, S. / Schwaneberg, U. / Gordeliy, V. / ...著者: Rollen, K. / Granzin, J. / Remeeva, A. / Davari, M.D. / Gensch, T. / Nazarenko, V.V. / Kovalev, K. / Bogorodskiy, A. / Borshchevskiy, V. / Hemmer, S. / Schwaneberg, U. / Gordeliy, V. / Jaeger, K.E. / Batra-Safferling, R. / Gushchin, I. / Krauss, U.
履歴
登録2020年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.id / _citation.journal_abbrev ..._citation.id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.citation_id / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multi-sensor hybrid histidine kinase
B: Multi-sensor hybrid histidine kinase
C: Multi-sensor hybrid histidine kinase
D: Multi-sensor hybrid histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,91313
ポリマ－49,6084
非ポリマー2,3069
水8,377465
1
A: Multi-sensor hybrid histidine kinase
B: Multi-sensor hybrid histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9096
ポリマ－24,8042
非ポリマー1,1054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area9910 Å2
手法PISA
2
C: Multi-sensor hybrid histidine kinase
D: Multi-sensor hybrid histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0057
ポリマ－24,8042
非ポリマー1,2015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.101, 110.538, 56.941
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Multi-sensor hybrid histidine kinase


分子量: 12401.934 Da / 分子数: 4 / 変異: Q148K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aggregans (strain MD-66 / DSM 9485) (バクテリア)
株: MD-66 / DSM 9485 / 遺伝子: Cagg_3753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8GAY9
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5M Ammonium Sulfate, 0.1M tri-Sodium citrate, pH 6.5, 1M Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9737 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→110.54 Å / Num. obs: 76240 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 228792 / Scaling rejects: 300
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.5330.4841106437060.6760.3320.5892.698.1
8.22-110.542.90.03814044800.9980.0260.04725.596.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6yx4

6yx4


解像度: 1.5→56.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.353 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.072
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2029 3694 4.8 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.1845 72508 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 51.51 Å2 / Biso mean: 12.813 Å2 / Biso min: 5.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å20.15 Å2
2---0.26 Å2-0 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→56.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3152 0 149 471 3772
Biso mean--11.68 25.78 -
残基数----416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0133482
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0173192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.7034804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2971.6017370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5675454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.25421.224196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.05115514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.841535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02752
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 262 -
Rwork0.269 5320 -
all-5582 -
obs--98.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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