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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a5e | ||||||
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Title | OSM-3 kinesin motor domain complexed with Mg.AMPPNP | ||||||
![]() | Osmotic avoidance abnormal protein 3 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() dauer entry / positive regulation of dauer larval development / negative regulation of non-motile cilium assembly / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Varela, F.P. / Menetrey, J. / Gigant, B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural snapshots of the kinesin-2 OSM-3 along its nucleotide cycle: implications for the ATP hydrolysis mechanism. Authors: Varela, P.F. / Chenon, M. / Velours, C. / Verhey, K.J. / Menetrey, J. / Gigant, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 280.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 228.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7a3zSC ![]() 7a40C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 38223.094 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Alanine insertion at position 2 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 233 molecules ![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #5: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.8 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion Details: 20% (W/V) polyethylene glycol 3350, 170 mM (NH4)2SO4, and 0.1 M Mes buffer pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 15, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.904→48.04 Å / Num. obs: 56649 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.904→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 8937 / CC1/2: 0.397 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 7A3Z Resolution: 1.904→48.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.157 / Cross valid method: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.137
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Displacement parameters | Biso mean: 61.06 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.904→48.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.904→1.92 Å
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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