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- PDB-7a5e: OSM-3 kinesin motor domain complexed with Mg.AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a5e
タイトルOSM-3 kinesin motor domain complexed with Mg.AMPPNP
要素Osmotic avoidance abnormal protein 3
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Kinesin-2 (キネシン) / Kif17 / motor domain (機関 (機械)) / ATPase (ATPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


dauer entry / positive regulation of dauer larval development / negative regulation of non-motile cilium assembly / Intraflagellar transport / intraciliary anterograde transport / positive regulation of non-motile cilium assembly / intraciliary transport / regulation of insulin receptor signaling pathway / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / cell projection organization ...dauer entry / positive regulation of dauer larval development / negative regulation of non-motile cilium assembly / Intraflagellar transport / intraciliary anterograde transport / positive regulation of non-motile cilium assembly / intraciliary transport / regulation of insulin receptor signaling pathway / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / cell projection organization / non-motile cilium assembly / non-motile cilium / plus-end-directed microtubule motor activity / 微小管形成中心 / kinesin complex / microtubule motor activity / cilium assembly / dendrite cytoplasm / ciliary basal body / 繊毛 / microtubule binding / 微小管 / neuron projection / neuronal cell body / 樹状突起 / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Osmotic avoidance abnormal protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.904 Å
データ登録者Varela, F.P. / Menetrey, J. / Gigant, B.
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2021
タイトル: Structural snapshots of the kinesin-2 OSM-3 along its nucleotide cycle: implications for the ATP hydrolysis mechanism.
著者: Varela, P.F. / Chenon, M. / Velours, C. / Verhey, K.J. / Menetrey, J. / Gigant, B.
履歴
登録2020年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Osmotic avoidance abnormal protein 3
B: Osmotic avoidance abnormal protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,53617
ポリマ－76,4462
非ポリマー2,09015
水3,927218
1
A: Osmotic avoidance abnormal protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2228
ポリマ－38,2231
非ポリマー9997
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Osmotic avoidance abnormal protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3149
ポリマ－38,2231
非ポリマー1,0918
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.03, 102.2, 140.95
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Osmotic avoidance abnormal protein 3 / Kinesin-like protein osm-3


分子量: 38223.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Alanine insertion at position 2
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: osm-3, M02B7.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46873

-
非ポリマー , 5種, 233分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% (W/V) polyethylene glycol 3350, 170 mM (NH4)2SO4, and 0.1 M Mes buffer pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979338 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979338 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.904→48.04 Å / Num. obs: 56649 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.904→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 8937 / CC1/2: 0.397

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7A3Z

7a3z


解像度: 1.904→48.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.137
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2311 2833 -RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2077 56649 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.3308 Å20 Å20 Å2
2--9.3915 Å20 Å2
3---2.9393 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.904→48.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5160 0 126 218 5504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085398HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.957311HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1921SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes952HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5398HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion723SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4266SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.6
LS精密化 シェル解像度: 1.904→1.92 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4965 57 -
Rwork0.4198 --
obs--91.19 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.19770.1951-0.17121.506-0.28622.92820.20030.5442-0.54420.54420.01010.2802-0.54420.2802-0.21040.1196-0.0461-0.0586-0.2227-0.0472-0.15873.3891-16.2737-1.7721
21.89880.12590.68851.7916-0.30052.808-0.0823-0.3192-0.0385-0.31920.17130.0978-0.03850.0978-0.089-0.0704-0.0814-0.0144-0.0230.0618-0.1531-16.4501-45.6448-33.2096
31.30370.1668-0.18052.6303-1.09582.87750.1530.521-0.42280.5210.1603-0.3032-0.4228-0.3032-0.3133-0.03110.07630.0611-0.10930.0251-0.0414-9.7092-18.6145-13.1936
41.710.17960.63441.8522-0.73732.24150.0193-0.19110.5442-0.19110.1365-0.00810.5442-0.0081-0.15590.0056-0.0465-0.0275-0.1115-0.0001-0.0894-16.9234-59.772-22.7883
51.09360.4603-0.03713.0908-0.70721.99390.10480.54420.02160.54420.1062-0.10720.0216-0.1072-0.2110.0358-0.0117-0.0184-0.12530.0359-0.0719-8.1333-32.1774-5.1854
63.07820.8210.45893.07870.14322.21090.0304-0.29790.3611-0.29790.2011-0.48370.3611-0.4837-0.2315-0.0634-0.152-0.0981-0.01640.0544-0.1255-31.0344-59.351-31.2228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|79 A|90 - A|126 A|295 - A|551 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|79 B|90 - B|126 B|295 - B|551 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|80 - A|89 A|127 - A|155 A|171 - A|238 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|80 - B|89 B|127 - B|155 B|171 - B|238 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|156 - A|170 A|239 - A|294 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|156 - B|170 B|239 - B|294 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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