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- PDB-6kjf: lovastatin esterase PcEST in complex with simvastatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kjf
タイトルlovastatin esterase PcEST in complex with simvastatin
要素Pc15g00720 protein
キーワードHYDROLASE / family VIII esterase / lovastatin hydrolysis / monacolin J / simvastatin
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / Simvastatin acid / Lovastatin esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liang, Y.J. / Lu, X.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31700051 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of lovastatin hydrolase
著者: Liang, Y.J. / Lu, X.F.
履歴
登録2019年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Pc15g00720 protein
A: Pc15g00720 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4289
ポリマ－86,9442
非ポリマー1,4847
水8,125451
1
B: Pc15g00720 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2755
ポリマ－43,4721
非ポリマー8034
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15720 Å2
手法PISA
2
A: Pc15g00720 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1534
ポリマ－43,4721
非ポリマー6813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.725, 91.957, 142.474
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))
21(chain B and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISALAALA(chain A and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))AB0 - 1351 - 136
12TRPTRPASNASN(chain A and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))AB137 - 146138 - 147
13PROPROLEULEU(chain A and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))AB149 - 216150 - 217
14ALAALAGLYGLY(chain A and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))AB218 - 397219 - 398
15GLNGLNGLNGLN(chain A and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))AB399400
21HISHISALAALA(chain B and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))BA0 - 1351 - 136
22TRPTRPASNASN(chain B and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))BA137 - 146138 - 147
23PROPROLEULEU(chain B and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))BA149 - 216150 - 217
24ALAALAGLYGLY(chain B and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))BA218 - 397219 - 398
25GLNGLNGLNGLN(chain B and (resseq 0:135 or resseq 137:146 or resseq 149:216 or resseq 218:397 or resseq 399))BA399400

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要素

#1: タンパク質 Pc15g00720 protein / PcEST


分子量: 43472.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Penicillium rubens Wisconsin 54-1255 (菌類)
株: Wisconsin 54-1255 / 遺伝子: Pc15g00720, PCH_Pc15g00720 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6H6L7
#2: 化合物
ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#3: 化合物 ChemComp-SIM / Simvastatin acid / DIMETHYL-COMPACTIN / シンバスタチン酸


分子量: 436.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, and 18% (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 45464 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 28.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 292393
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.445.60.31421630.646196.2
2.44-2.495.90.27122250.652196.8
2.49-2.535.90.24421920.678196.3
2.53-2.5960.2222390.692197.4
2.59-2.6460.21122180.749198.1
2.64-2.76.10.20222371.119196.7
2.7-2.776.20.17222370.764197.8
2.77-2.856.20.14822570.752198.3
2.85-2.936.20.1322450.776198.5
2.93-3.026.40.11522400.82198
3.02-3.136.40.122610.86198.3
3.13-3.266.50.08422770.903198.5
3.26-3.416.60.08522951.205198.3
3.41-3.586.60.08622631.762199
3.58-3.816.40.07323011.77199.3
3.81-4.16.80.06523041.585199
4.1-4.527.20.04723161.181199.3
4.52-5.177.30.04623611.099199.5
5.17-6.517.20.04923671.017199.2
6.51-506.80.03824661.261197.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KJC

6kjc


解像度: 2.4→31.153 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 2000 4.41 %
Rwork0.178 --
obs0.1799 45362 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.39 Å2 / Biso mean: 32.1876 Å2 / Biso min: 13.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→31.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6120 0 102 451 6673
Biso mean--42.61 32.38 -
残基数----800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016363
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1458647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8473739
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3652X-RAY DIFFRACTION6.517TORSIONAL
12B3652X-RAY DIFFRACTION6.517TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4002-2.46020.29361380.2091298896
2.4602-2.52670.28831500.2048298697
2.5267-2.6010.25961300.2014303597
2.601-2.68490.25991420.1967303598
2.6849-2.78080.28091390.2046307898
2.7808-2.8920.23071430.2021305598
2.892-3.02360.27261350.2051308098
3.0236-3.18280.25241410.2131309098
3.1828-3.3820.26211460.2041308799
3.382-3.64280.22721470.1901311698
3.6428-4.00870.24441400.1736314599
4.0087-4.58720.17031520.1372313299
4.5872-5.77330.15651420.1395320599
5.7733-31.1530.14851550.1474333099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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