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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zyn | ||||||
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タイトル | Structure of VIM-2 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine L-anti-1b | ||||||
要素 | Beta-lactamase VIM-2 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / lactamase / zinc / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.40001375561 Å | ||||||
データ登録者 | Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021 タイトル: 2-Mercaptomethyl-thiazolidines use conserved aromatic-S interactions to achieve broad-range inhibition of metallo-beta-lactamases. 著者: Rossi, M.A. / Martinez, V. / Hinchliffe, P. / Mojica, M.F. / Castillo, V. / Moreno, D.M. / Smith, R. / Spellberg, B. / Drusano, G.L. / Banchio, C. / Bonomo, R.A. / Spencer, J. / Vila, A.J. / Mahler, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zyn.cif.gz | 331.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zyn.ent.gz | 245.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zyn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zyn_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zyn_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zyn_validation.xml.gz | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zyn_validation.cif.gz | 37.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.38 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 20 % W/V PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91588 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91588 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→55.59 Å / Num. obs: 80433 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4109 / CC1/2: 0.567 / Rpim(I) all: 0.357 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BZ3 解像度: 1.40001375561→55.587604555 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 71.9010155309 / 位相誤差: 20.8072397251 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.1785883793 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.40001375561→55.587604555 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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