PDB-6zyn: Structure of VIM-2 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine L-anti-1b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zyn

タイトル

Structure of VIM-2 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine L-anti-1b

要素

Beta-lactamase VIM-2

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / lactamase / zinc / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.40001375561 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: 2-Mercaptomethyl-thiazolidines use conserved aromatic-S interactions to achieve broad-range inhibition of metallo-beta-lactamases.
著者: Rossi, M.A. / Martinez, V. / Hinchliffe, P. / Mojica, M.F. / Castillo, V. / Moreno, D.M. / Smith, R. / Spellberg, B. / Drusano, G.L. / Banchio, C. / Bonomo, R.A. / Spencer, J. / Vila, A.J. / Mahler, G.

履歴

登録	2020年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6zyn_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zyn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zyoC 6zypC 6zyqC 6zyrC 6zysC 4bz3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pvt-1 5le1-d 6kzn-1 6j8r-d 4fr7-d 4c1d-1 5y6d-4 1ko2-d 6ew3-1 1xdg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase VIM-2

B: Beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

52.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.480, 79.170, 78.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.495, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121
Space group name Hall	C2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Metallo-beta-lactamase vim-2 / Mettalo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein 分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-QT2 / (2~{S},4~{R})-2-ethoxycarbonyl-5,5-dimethyl-2-(sulfanylmethyl)-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid 分子量: 279.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇NO₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.38 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 20 % W/V PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91588 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91588 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→55.59 Å / Num. obs: 80433 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.986 / R_pim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4109 / CC_1/2: 0.567 / R_pim(I) all: 0.357

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BZ3

4bz3

解像度: 1.40001375561→55.587604555 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 71.9010155309 / 位相誤差: 20.8072397251
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.176227683252	3908	4.87385106569 %
R_work	0.149734464045	76275	-
obs	0.154298105135	80183	99.4073963873 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.1785883793 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.40001375561→55.587604555 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3486	0	52	491	4029

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0133151768595	3798
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.24835306045	5233
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.10275642905	591
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0077213187091	694
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4213056306	1345

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4003-1.4244	0.265788759111	213	0.257008505454	3758	X-RAY DIFFRACTION	93.6456516322
1.4244-1.4503	0.237887789877	187	0.244779473527	3773	X-RAY DIFFRACTION	94.0897755611
1.4503-1.4782	0.284846108193	224	0.244106907708	3752	X-RAY DIFFRACTION	93.4030370924
1.4782-1.5083	0.258678721753	181	0.232153108704	3788	X-RAY DIFFRACTION	93.9717191764
1.5083-1.5411	0.240951647307	196	0.213614419569	3752	X-RAY DIFFRACTION	94.0350877193
1.5411-1.5769	0.232225250077	213	0.201950263933	3809	X-RAY DIFFRACTION	94.1889218595
1.5769-1.6163	0.223394558397	164	0.195507203024	3774	X-RAY DIFFRACTION	94.9195171026
1.6163-1.66	0.195734581542	214	0.189217234489	3797	X-RAY DIFFRACTION	94.1482767171
1.66-1.7088	0.19171124033	168	0.180012222864	3812	X-RAY DIFFRACTION	95.2523738131
1.7088-1.7639	0.187810511794	172	0.167353251385	3848	X-RAY DIFFRACTION	95.3183056725
1.7639-1.8268	0.166643001478	165	0.169158125451	3826	X-RAY DIFFRACTION	95.3639082752
1.8268-1.8998	0.17652349195	177	0.161114077238	3796	X-RAY DIFFRACTION	94.9237309327
1.8998-1.9861	0.172587611062	215	0.160605135847	3819	X-RAY DIFFRACTION	94.3661971831
1.9861-2.0906	0.162225559207	202	0.144210784108	3815	X-RAY DIFFRACTION	94.7590660705
2.0906-2.2213	0.182607720988	169	0.139877291721	3838	X-RAY DIFFRACTION	95.5677290837
2.2213-2.3922	0.163847092734	226	0.137960563835	3794	X-RAY DIFFRACTION	94.2140551279
2.3922-2.632	0.17972482993	211	0.129178607895	3818	X-RAY DIFFRACTION	94.5986124876
2.632-3.0105	0.172151864219	177	0.129347929816	3854	X-RAY DIFFRACTION	95.2310353348
3.0105-3.7841	0.140887438672	185	0.122256340223	3872	X-RAY DIFFRACTION	95.2053110401
3.7841-15.7161	0.162668735935	197	0.129364324341	3919	X-RAY DIFFRACTION	95.1675570665

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.80638638046	0.8453496626	-1.338383837	1.61008523573	0.050376934021	2.48240521682	0.0457401259867	-0.583035011543	-0.426898174514	0.52732409407	0.33510829876	0.862313769212	0.51357753137	-0.472017540735	-0.2567204785	0.452191317389	-0.0718306430125	0.0510866325516	0.166020444729	0.1340433106	0.317206767382	6.01479680686	5.83183644047	111.240895417
2	4.89310623898	1.53339630723	0.359406395317	4.06447590114	-0.0369205496721	1.95732382177	-0.0212827740685	-0.152348217572	-0.112970632214	0.156500791456	0.0221515303059	-0.109726437855	0.191052235092	-0.0369090987259	0.0102010287429	0.156164601422	0.00125313186717	0.0213960605044	0.0292899937143	-0.00527417220969	0.0722071260329	12.7614092954	13.1859165715	107.276328848
3	3.78518244863	-2.86227534341	3.52721943896	5.66008221876	-2.89600037588	3.29706073367	-0.0760229130237	-0.376647936881	-0.045831362673	0.596100074434	0.127814663183	0.115460183679	0.131803384503	-0.285076986527	-0.0102587485068	0.197559762554	0.00192738164067	0.0301279903922	0.110416769965	-0.0218582145115	0.0904390349716	8.88896499289	18.9995164	114.061533249
4	1.21588045937	-0.0133566507648	0.58705115837	1.81898618101	0.82225612538	2.80023730207	0.0168314483236	-0.0182721581742	0.102116328435	0.0280597967512	-0.0269903130355	-0.0191881767206	-0.0598222457026	-0.044628663199	0.0301067566433	0.0911579565956	0.0015775516294	0.0252928749758	0.0291276258941	-0.00603843402479	0.114621204559	11.736982291	23.6582840315	98.6666366439
5	0.7928294647	-0.639915840662	0.19144554511	2.15527624999	0.307009166215	1.08119852941	0.0246468842392	0.00814376926425	0.0728137246725	-0.0939916115351	0.042827900381	-0.246507122275	-0.0387448281404	0.0961709577721	-0.0463737196909	0.0908046527043	-0.0142355496837	0.0267328660282	0.0472665783205	-0.00523144629223	0.122673284987	20.3932840292	17.2650613496	94.3500160491
6	0.473636349877	-0.643591152289	0.268935664836	3.92883458001	-3.89739888586	4.3393045512	0.0415287840274	0.162676787562	-0.162070837508	-0.0748246097054	0.137188380666	0.463825971728	0.0999150797197	-0.386540353906	-0.198091142995	0.202589513512	-0.0216692929057	0.00810252731083	0.0454933408529	-0.021450376221	0.17183109167	8.43750093338	3.58398165221	91.8308077386
7	6.42214536482	1.04170238513	5.10571969419	2.69353598627	0.794345429639	5.58842514917	0.216037522941	0.543861311715	-0.0742436219216	-0.227747335742	-0.00476300702772	-0.312023107153	0.300746258064	0.507408412804	-0.188904518697	0.157208336021	0.0270256480921	0.0578426922017	0.0492285279267	-0.0225851112445	0.138026632191	21.5049876366	6.45717627759	86.2617758945
8	2.98368561659	-0.188263205418	-0.254048459052	1.26491430676	0.356641711724	2.06102025771	-0.0797812579099	-0.184303598481	-0.192897033883	0.182508452985	0.0529709826314	-0.207724931444	0.240883031175	0.113298363315	0.02526201175	0.12815344659	0.0119934114865	-0.012163640593	0.0383831831985	-0.000314761522706	0.138656264868	20.6631807963	4.24275238535	101.09538749
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 88 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 146 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 147 through 199 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 200 through 215 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 216 through 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 230 through 245 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 246 through 262 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 32 through 88 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 89 through 122 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 123 through 146 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 147 through 163 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 164 through 199 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 200 through 215 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 216 through 229 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 230 through 245 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 246 through 262 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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