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- PDB-6ew3: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 with ML302F -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ew3 | ||||||
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Title | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 with ML302F | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase VIM-2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / metal binding / ANTIBIOTIC RESISTANCE / xchem / complex | ||||||
Function / homology | ![]() Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Collins, P.M. / Brem, J. / McDonough, M.A. / van Berkel, S.S. / von Delft, F. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure activity relationship studies on rhodanines and derived enethiol inhibitors of metallo-beta-lactamases. Authors: Zhang, D. / Markoulides, M.S. / Stepanovs, D. / Rydzik, A.M. / El-Hussein, A. / Bon, C. / Kamps, J.J.A.G. / Umland, K.D. / Collins, P.M. / Cahill, S.T. / Wang, D.Y. / von Delft, F. / Brem, J. ...Authors: Zhang, D. / Markoulides, M.S. / Stepanovs, D. / Rydzik, A.M. / El-Hussein, A. / Bon, C. / Kamps, J.J.A.G. / Umland, K.D. / Collins, P.M. / Cahill, S.T. / Wang, D.Y. / von Delft, F. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
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PDB format | ![]() | 160.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5jmxC ![]() 6eumC ![]() 6eweC ![]() 6f2nC ![]() 4bz3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 24766.518 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 6 types, 273 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/S3C.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/S3C.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-DMS / #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 1mM TCEP, 10mM ML302, 50mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl, 0.1mM ZnCl2, 0.1M magnesium formate, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 19, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92819 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.14→51.32 Å / Num. obs: 22190 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.14→2.2 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1632 / CC1/2: 0.699 / Rpim(I) all: 0.479 / Rrim(I) all: 0.707 / % possible all: 98.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4BZ3 Resolution: 2.14→51.312 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.99
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 94.79 Å2 / Biso mean: 26.9173 Å2 / Biso min: 8.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.14→51.312 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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