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Yorodumi- PDB-7a60: Crystal structure of VIM-2 with hydrolyzed faropenem (ring-open form) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7a60 | ||||||
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Title | Crystal structure of VIM-2 with hydrolyzed faropenem (ring-open form) | ||||||
Components | Beta-lactamase VIM-2 | ||||||
Keywords | ANTIMICROBIAL PROTEIN / metallo-beta-lactamase / antibiotic / faropenem / catalysis | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.47 Å | ||||||
Authors | Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Eur.J.Med.Chem. / Year: 2021 Title: Faropenem reacts with serine and metallo-beta-lactamases to give multiple products. Authors: Lucic, A. / Hinchliffe, P. / Malla, T.R. / Tooke, C.L. / Brem, J. / Calvopina, K. / Lohans, C.T. / Rabe, P. / McDonough, M.A. / Armistead, T. / Orville, A.M. / Spencer, J. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7a60.cif.gz | 285.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7a60.ent.gz | 236.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7a60.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7a60_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7a60_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 7a60_validation.xml.gz | 23.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7a60_validation.cif.gz | 34.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/7a60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/7a60 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7a5zC 7a61C 7a63C 4bz3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25693.488 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Gene: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): pLysS / References: UniProt: Q9K2N0 #2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 28% PEG3350, 0.1M Mg(HCO2)2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.88 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 12, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.88 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.47→51.34 Å / Num. obs: 68197 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 9.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.47→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3241 / CC1/2: 0.469 / Rpim(I) all: 0.699 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4bz3 Resolution: 1.47→51.34 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.83 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.7 Å2 / Biso mean: 27.7928 Å2 / Biso min: 9.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.47→51.34 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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