PDB-6ztr: Crystal Structure of the anti-human P-Cadherin Fab CQY684 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ztr

タイトル

Crystal Structure of the anti-human P-Cadherin Fab CQY684 in complex with human P-Cadherin(108-324)

要素

CQY684 Fab heavy-chain
CQY684 Fab light-chain
Cadherin-3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Cell Adhesion

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of timing of catagen / positive regulation of melanosome transport / hair cycle process / positive regulation of tyrosinase activity / positive regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of melanin biosynthetic process / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / cell-cell adhesion mediated by cadherin / catenin complex / adherens junction organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Rondeau, J.M. / Lehmann, S.

引用

ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2021
タイトル: PCA062, a P-cadherin Targeting Antibody-Drug Conjugate, Displays Potent Antitumor Activity Against P-cadherin-expressing Malignancies.
著者: Sheng, Q. / D'Alessio, J.A. / Menezes, D.L. / Karim, C. / Tang, Y. / Tam, A. / Clark, S. / Ying, C. / Connor, A. / Mansfield, K.G. / Rondeau, J.M. / Ghoddusi, M. / Geyer, F.C. / Gu, J. / ...

履歴

登録	2020年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6ztr.ent.gz	432.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ztr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ztr_validation.pdf.gz	468.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ztr_full_validation.pdf.gz	477.3 KB	表示
XML形式データ	6ztr_validation.xml.gz	50.3 KB	表示
CIF形式データ	6ztr_validation.cif.gz	72.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6ztr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/6ztr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ztbSC 6ztfSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7kja-d 5jja-d 6g88-1 1bp7-d 6p7b-d 1nr4-d 6zcz-d 7kjc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (13) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CQY684 Fab heavy-chain

B: CQY684 Fab light-chain

H: CQY684 Fab heavy-chain

I: Cadherin-3

J: Cadherin-3

L: CQY684 Fab light-chain

ヘテロ分子

147 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CQY684 Fab heavy-chain

B: CQY684 Fab light-chain

J: Cadherin-3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
73.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: CQY684 Fab heavy-chain

I: Cadherin-3

L: CQY684 Fab light-chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.691, 77.795, 133.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: 抗体	CQY684 Fab heavy-chain 分子量: 26420.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1F-
#2: 抗体	CQY684 Fab light-chain 分子量: 23278.812 Da / 分子数: 2 / Fragment: Fab heavy-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1F-
#3: タンパク質	Cadherin-3 / Placental cadherin / P-cadherin 分子量: 23859.352 Da / 分子数: 2 / Fragment: Fab light-chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH3, CDHP / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: P22223
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M calcium acetate, 10% (w/v) PEG 8,000, 0.1M MES pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99999 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月10日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→72.49 Å / Num. obs: 105445 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.714 % / B_iso Wilson estimate: 40.5 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.199 / R_rim(I) all: 0.216 / Χ²: 0.993 / Net I/σ(I): 7.97 / Num. measured all: 707980 / Scaling rejects: 114

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	6.967	2.392	0.88	53822	7728	7725	0.396	2.585	100
2.15-2.21	6.919	2.019	1.07	51945	7510	7508	0.535	2.183	100
2.21-2.28	6.833	1.656	1.31	49881	7305	7300	0.651	1.792	99.9
2.28-2.35	6.741	1.495	1.46	48041	7130	7127	0.654	1.621	100
2.35-2.42	6.448	1.173	1.8	44516	6908	6904	0.753	1.277	99.9
2.42-2.51	6.438	0.976	2.15	42845	6658	6655	0.806	1.063	100
2.51-2.6	6.894	0.788	2.77	44550	6463	6462	0.879	0.852	100
2.6-2.71	6.935	0.624	3.49	42929	6190	6190	0.902	0.675	100
2.71-2.83	6.913	0.483	4.47	41290	5974	5973	0.931	0.522	100
2.83-2.97	6.852	0.36	5.82	39351	5743	5743	0.958	0.39	100
2.97-3.13	6.486	0.264	7.53	35165	5422	5422	0.975	0.287	100
3.13-3.32	6.506	0.18	10.63	33617	5168	5167	0.986	0.196	100
3.32-3.55	7.022	0.131	14.35	34084	4855	4854	0.992	0.142	100
3.55-3.83	6.887	0.103	17.49	31303	4545	4545	0.995	0.112	100
3.83-4.2	6.682	0.084	20.62	28010	4194	4192	0.996	0.091	100
4.2-4.7	6.139	0.067	23.99	23287	3795	3793	0.997	0.073	99.9
4.7-5.42	6.521	0.063	25.11	22072	3386	3385	0.997	0.068	100
5.42-6.64	6.709	0.068	23.56	19469	2904	2902	0.997	0.073	99.9
6.64-9.39	6.052	0.053	26.25	13683	2266	2261	0.998	0.058	99.8
9.39-72.49	6.073	0.039	33.36	8120	1346	1337	0.995	0.043	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	72.49 Å
Translation	2.5 Å	72.49 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
BUSTER		精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZTF,6ZTB

6ztf

6ztb

解像度: 2.1→72.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9338 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9221 / SU R Cruickshank DPI: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.168 / SU R_free Blow DPI: 0.147 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.147

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2208	5273	5 %	RANDOM
R_work	0.1921	-	-	-
obs	0.1936	105437	99.95 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 212.54 Å² / B_iso mean: 52.86 Å² / B_iso min: 20.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.1882 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.0883 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.2766 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.333 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→72.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9990	0	6	622	10618
B_iso mean	-	-	33.42	46.44	-
残基数	-	-	-	-	1305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	3407	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	247	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1473	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	10226	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1381	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	11175	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	10226	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	13935	HARMONIC	2	1.18
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.58
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.32

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2662	386	5.01 %
R_work	0.2427	7323	-
all	0.2439	7709	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.886	-1.2666	1.0338	1.1744	0.0088	2.0202	0.1018	0.4203	0.451	-0.121	-0.2002	-0.2739	-0.0968	0.0711	0.0983	-0.088	0.0142	0.0723	-0.1123	0.0917	0.0499	-19.0343	28.2822	-63.7356
2	3.2568	-1.2136	-0.0346	0.7649	0.0294	1.7694	0.0167	0.2076	0.1351	-0.1146	0.0556	-0.1781	0.0647	0.1865	-0.0723	-0.066	-0.0006	-0.0248	-0.0781	-0.0242	0.0574	-54.9795	34.8676	-73.0416
3	2.5644	-0.7046	-0.3472	1.4959	-0.179	1.1997	-0.0967	-0.2278	0.0894	0.1569	0.1113	-0.0782	-0.0774	-0.2431	-0.0146	-0.0384	0.0514	-0.0013	-0.0001	0.0225	-0.0543	-31.9318	22.4458	-45.7336
4	3.6593	0.2727	0.5112	1.791	0.477	1.8365	-0.1048	-0.0148	-0.5442	-0.0966	0.0249	0.1361	0.2047	-0.1617	0.0799	-0.1011	-0.0041	-0.0266	-0.2004	-0.0121	0.1156	-59.9912	20.6283	-68.0847
5	4.2028	0.9145	-0.4536	1.7783	0.5493	1.7903	0.2896	-0.452	-0.5442	0.1882	-0.052	-0.4992	0.177	-0.01	-0.2376	-0.1618	-0.0458	-0.1273	-0.1752	0.1048	0.1544	-24.4367	16.3806	-0.7915
6	3.0461	1.5405	0.3432	0.9917	-0.3492	1.7637	0.0717	-0.1716	0.3775	0.159	-0.156	0.0957	-0.1199	0.3162	0.0843	-0.1442	-0.03	-0.0084	-0.0616	0.0519	0.1114	-57.2178	11.2394	6.4266
7	2.1606	1.1028	0.3338	1.6137	0.2411	2.8958	-0.2751	0.5442	-0.5442	-0.3807	0.2688	-0.2209	-0.0429	0.0973	0.0063	-0.1697	-0.0608	0.0723	-0.0881	-0.152	0.0803	-6.8775	29.6065	-19.3056
8	1.0297	-0.6789	0.3356	1.5753	-0.9182	2.7336	-0.1096	-0.5442	-0.2445	0.5309	0.0927	0.0286	-0.1523	0.3901	0.0169	-0.1151	0.0475	-0.015	0.1245	0.1284	-0.0895	16.6459	31.5939	21.7304
9	1.9516	-0.035	-0.8136	2.051	1.3808	3.4054	-0.0097	-0.3498	0.3505	0.3973	0.1019	0.0353	0.325	0.1575	-0.0922	-0.0553	0.0387	-0.0155	-0.0638	-0.0419	-0.0533	-5.1061	10.3118	-46.0102
10	2.0771	-0.0178	-2.0838	1.185	0.1396	5.1861	-0.0666	0.5019	-0.0126	-0.5442	0.2464	-0.3049	-0.2117	0.0424	-0.1798	0.0228	-0.152	0.152	0.0449	-0.0652	-0.1739	16.5534	2.1103	-87.7674
11	4.5216	0.969	0.7179	1.9351	-0.1385	1.094	-0.1119	0.3614	-0.2387	-0.2708	0.2662	-0.0061	0.0284	-0.1138	-0.1543	-0.0788	-0.0588	-0.0197	-0.0293	0.0161	-0.0625	-35.8421	23.7511	-19.204
12	2.6495	0.1258	-0.4525	1.5372	-0.0471	4.4967	-0.1869	0.039	0.5442	0.0697	-0.1331	0.3757	-0.4433	0.0676	0.32	-0.2382	-0.0175	-0.0445	-0.2862	0.0795	0.3036	-65.5981	24.0504	2.0491

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|122 }	A	1 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|123 - A\|229 }	A	123 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|1 - B\|108 }	B	1 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|109 - B\|210 }	B	109 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ H\|1 - H\|122 }	H	1 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ H\|123 - H\|229 }	H	123 - 229
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ I\|109 - I\|208 }	I	109 - 208
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ I\|209 - I\|321 }	I	209 - 321
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ J\|109 - J\|208 }	J	109 - 208
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|209 - J\|321 }	J	209 - 321
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ L\|1 - L\|108 }	L	1 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|109 - L\|210 }	L	109 - 210

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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