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万見
- PDB-6zs5: 3.5 A cryo-EM structure of human uromodulin filament core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zs5
タイトル3.5 A cryo-EM structure of human uromodulin filament core
要素Uromodulin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Uromodulin / Umod / THP / immunoglobulin-like fold / Tamm-Horsfall protein / glycoprotein / ZP module / Zona Pellucida / fold complementation / beta-strand complementation / cryoSPARC / filament / soluble adhesion antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


citric acid secretion / metanephric thick ascending limb development / metanephric distal convoluted tubule development / connective tissue replacement / protein transport into plasma membrane raft / Asparagine N-linked glycosylation / organ or tissue specific immune response / collecting duct development / urea transmembrane transport / metanephric ascending thin limb development ...citric acid secretion / metanephric thick ascending limb development / metanephric distal convoluted tubule development / connective tissue replacement / protein transport into plasma membrane raft / Asparagine N-linked glycosylation / organ or tissue specific immune response / collecting duct development / urea transmembrane transport / metanephric ascending thin limb development / regulation of protein transport / micturition / protein localization to vacuole / intracellular chloride ion homeostasis / juxtaglomerular apparatus development / antibacterial innate immune response / renal urate salt excretion / urate transport / renal sodium ion absorption / glomerular filtration / neutrophil migration / intracellular phosphate ion homeostasis / response to water deprivation / potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / regulation of urine volume / endoplasmic reticulum organization / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / IgG binding / extrinsic component of membrane / ciliary membrane / leukocyte cell-cell adhesion / cellular response to unfolded protein / multicellular organismal response to stress / cellular defense response / renal water homeostasis / side of membrane / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / ERAD pathway / : / RNA splicing / apoptotic signaling pathway / regulation of blood pressure / lipid metabolic process / autophagy / Golgi lumen / intracellular calcium ion homeostasis / spindle pole / defense response to Gram-negative bacterium / basolateral plasma membrane / response to lipopolysaccharide / cilium / apical plasma membrane / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / membrane
類似検索 - 分子機能
Uromodulin-like, D8C domain / EGF domain / EGF domain / : / : / : / ZP-N domain / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / Zona pellucida, ZP-C domain ...Uromodulin-like, D8C domain / EGF domain / EGF domain / : / : / : / ZP-N domain / Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP-C domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Stanisich, J.J. / Zyla, D. / Afanasyev, P. / Xu, J. / Pilhofer, M. / Boeringer, D. / Glockshuber, R.
資金援助 スイス, 4件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_176403/1 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_156304 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_179255 スイス
European Research Council (ERC)679209 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: The cryo-EM structure of the human uromodulin filament core reveals a unique assembly mechanism.
著者: Jessica J Stanisich / Dawid S Zyla / Pavel Afanasyev / Jingwei Xu / Anne Kipp / Eric Olinger / Olivier Devuyst / Martin Pilhofer / Daniel Boehringer / Rudi Glockshuber /
要旨: The glycoprotein uromodulin (UMOD) is the most abundant protein in human urine and forms filamentous homopolymers that encapsulate and aggregate uropathogens, promoting pathogen clearance by urine ...The glycoprotein uromodulin (UMOD) is the most abundant protein in human urine and forms filamentous homopolymers that encapsulate and aggregate uropathogens, promoting pathogen clearance by urine excretion. Despite its critical role in the innate immune response against urinary tract infections, the structural basis and mechanism of UMOD polymerization remained unknown. Here, we present the cryo-EM structure of the UMOD filament core at 3.5 Å resolution, comprised of the bipartite zona pellucida (ZP) module in a helical arrangement with a rise of ~65 Å and a twist of ~180°. The immunoglobulin-like ZPN and ZPC subdomains of each monomer are separated by a long linker that interacts with the preceding ZPC and following ZPN subdomains by β-sheet complementation. The unique filament architecture suggests an assembly mechanism in which subunit incorporation could be synchronized with proteolytic cleavage of the C-terminal pro-peptide that anchors assembly-incompetent UMOD precursors to the membrane.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11388
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11388
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uromodulin
D: Uromodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,9794
ポリマ－139,6432
非ポリマー1,3352
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5360 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Uromodulin / Tamm-Horsfall urinary glycoprotein / THP


分子量: 69821.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07911
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Native human uromodulin filament core / タイプ: COMPLEX
詳細: Native uromodulin was purified from healthy human urine.
Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.28 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8.2
緩衝液成分濃度: 0.5 mM / 名称: Ethylenediaminetetraacetic acid / 式: EDTA
試料濃度: 1.58 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: individual, isolated fibers
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 282 K
詳細: 3.5 ul sample, 30 s wait time, 0.5 s drain time, 13.5 s blotting from the back

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9543 / 詳細: Data was joined from two sessions
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIX1.18.2モデル精密化
10Rosettaモデル精密化
11cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
13cryoSPARC2.15分類
14cryoSPARC2.15３次元再構成
画像処理詳細: Motion correction with dose-weighting
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1310000
詳細: Autopicking based on the 2D classes from manually chosen filaments
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 49.9714 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 4WRN

4wrn


PDB chain-ID: A / Accession code: 4WRN / Pdb chain residue range: 400-710 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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