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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z9d
タイトルHuman Ecto-5'-nucleotidase (CD73) in complex with AOPCP derivative AB680 (compound 55 in publication) in the closed form (crystal form III)
要素5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / zinc enzyme / nucleotide analog / inhibitor / Arcus Biosciences
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / : / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / ATP metabolic process / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QDH / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
Model detailsThe compound is a competitive non-nucleotide inhibitor binding to the active site
データ登録者Strater, N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of AB680: A Potent and Selective Inhibitor of CD73.
著者: Lawson, K.V. / Kalisiak, J. / Lindsey, E.A. / Newcomb, E.T. / Leleti, M.R. / Debien, L. / Rosen, B.R. / Miles, D.H. / Sharif, E.U. / Jeffrey, J.L. / Tan, J.B.L. / Chen, A. / Zhao, S. / Xu, G. ...著者: Lawson, K.V. / Kalisiak, J. / Lindsey, E.A. / Newcomb, E.T. / Leleti, M.R. / Debien, L. / Rosen, B.R. / Miles, D.H. / Sharif, E.U. / Jeffrey, J.L. / Tan, J.B.L. / Chen, A. / Zhao, S. / Xu, G. / Fu, L. / Jin, L. / Park, T.W. / Berry, W. / Moschutz, S. / Scaletti, E. / Strater, N. / Walker, N.P. / Young, S.W. / Walters, M.J. / Schindler, U. / Powers, J.P.
履歴
登録2020年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4535
ポリマ－61,7011
非ポリマー7524
水5,477304
1
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,90610
ポリマ－123,4022
非ポリマー1,5038
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area2540 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area38790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.226, 94.254, 235.428
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 61701.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CD73 construct 8.0 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21589, 5'-nucleotidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-QDH / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-chloranyl-4-[[(1~{S})-1-(2-fluorophenyl)ethyl]amino]pyrazolo[3,4-b]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]methylphosphonic acid


分子量: 580.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24ClFN4O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystallization buffer: 5 % PEG 6000, 0.1 M MES pH 6.0. 1 uL crystallization buffer + 1 uL of 4 mg/mL CD73 in 50 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, 10 uM ZnCl2, 1 mM AB680.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→78.48 Å / Num. obs: 47139 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 35.72 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 290273 / Scaling rejects: 159
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.944.90.9511451929410.1420.471.0651.398.2
9.11-78.485.30.04826324960.9910.0250.05530.398.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
Aimless0.6.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H2I

4h2i


解像度: 1.9→47.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Blow DPI: 0.149 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.147
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2329 4.95 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.214 47069 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 131.05 Å2 / Biso mean: 53.22 Å2 / Biso min: 27.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3024 Å20 Å20 Å2
2---2.4848 Å20 Å2
3---3.7872 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→47.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3997 0 60 304 4361
Biso mean--44.8 53.39 -
残基数----514
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1450SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes748HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4162HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion531SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5078SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4162HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5651HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.54
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 55 5.84 %
Rwork0.2645 887 -
all0.2646 942 -
obs--94.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5521-0.43290.76151.4097-0.68214.2995-0.07270.11350.06820.1476-0.12090.0309-0.4551-0.1560.1937-0.14690.0613-0.01930.0614-0.1293-0.1548-21.576521.1336-16.4328
21.7153-0.28590.48941.53931.61737.2314-0.25350.19720.16590.00580.1442-0.1452-0.29770.54420.1093-0.2934-0.00640.00340.2135-0.0013-0.2292-18.187318.7166-47.9366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - A|333 A|601 - A|603}A1 - 333
2X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - A|333 A|601 - A|603}A601 - 603
3X-RAY DIFFRACTION2{A|334 - A|549}A334 - 549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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