PDB-6yxl: Crystal structure of ACPA F3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yxl

タイトル

Crystal structure of ACPA F3

要素

ACPA F3 Fab fragment - heavy chain
ACPA F3 Fab fragment - light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / anti-citrullinated protein antibody Fab fragment

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Ge, C. / Holmdahl, R.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Surface Ig variable domain glycosylation affects autoantigen binding and acts as threshold for human autoreactive B cell activation.
著者: Kissel, T. / Ge, C. / Hafkenscheid, L. / Kwekkeboom, J.C. / Slot, L.M. / Cavallari, M. / He, Y. / van Schie, K.A. / Vergroesen, R.D. / Kampstra, A.S.B. / Reijm, S. / Stoeken-Rijsbergen, G. / ...

履歴

登録	2020年5月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yxl.cif.gz	305.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yxl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yxl_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yxl_full_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示
XML形式データ	6yxl_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	6yxl_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/6yxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yxkC 6yxmC 5ocxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3idi-d 1dqm-d 4py7-1 1rzi-6 5ggu-2 6ubi-2 3giz-d 5itb-d 1rzi-7 3hc3-d 6ubi-1 3qg7-d 6w5d-1 5n2k-6 3u0w-d 5whj-d 7kqy-2 7lka-3 4a6y-2 3egs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

HHH: ACPA F3 Fab fragment - heavy chain

LLL: ACPA F3 Fab fragment - light chain

ヘテロ分子

47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.886, 130.886, 61.026
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	HHH-461- HOH
2	1	HHH-489- HOH
3	1	HHH-498- HOH

#1: 抗体	ACPA F3 Fab fragment - heavy chain 分子量: 23570.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	ACPA F3 Fab fragment - light chain 分子量: 23445.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20mM Tris pH 7.4, 50mM NaCl, 0.2M Potassium thiocyanate, 2.2M Ammonium sulfate)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 210 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX IV

/ ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→65.529 Å / Num. obs: 31556 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.155 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.91-65.44	13.3	0.055	501	0.999	0.02	0.058
2.1-2.16	16.8	1.463	2524	0.855	0.522	1.554

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.4	データ削減
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ocx

5ocx

解像度: 2.1→65.529 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 9.969 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2313	1551	4.924 %
R_work	0.1987	-	-
all	0.2	-	-
obs	-	31497	99.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.449 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.098 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.098 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.196 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→65.529 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3262	0	11	189	3462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.651	4551
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.349	1.572	7025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.386	5	419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.19	21.95	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.32	15	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.741	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3719
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.737	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.283	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.312	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.695	3.053	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.694	3.05	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.516	4.568	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.516	4.568	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.338	3.344	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.337	3.345	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.724	4.9	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.723	4.901	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.904	35.911	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.876	35.775	3507

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.298	136	0.248	2144	X-RAY DIFFRACTION	100
2.155-2.214	0.3	112	0.235	2124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.278	0.282	98	0.238	2053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.278-2.348	0.252	93	0.224	2038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.348-2.425	0.281	94	0.234	1946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.51	0.275	108	0.226	1868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.605	0.252	106	0.202	1809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.605-2.711	0.3	92	0.207	1773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.711-2.831	0.264	80	0.207	1706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-2.969	0.265	76	0.203	1597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.969-3.13	0.307	66	0.214	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.32	0.245	80	0.208	1459	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.549	0.22	80	0.209	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.549-3.833	0.239	67	0.191	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.833-4.198	0.195	59	0.166	1190	X-RAY DIFFRACTION	100
4.198-4.693	0.134	56	0.138	1103	X-RAY DIFFRACTION	100
4.693-5.418	0.132	49	0.164	970	X-RAY DIFFRACTION	100
5.418-6.633	0.199	47	0.238	836	X-RAY DIFFRACTION	99.8869
6.633-9.369	0.294	42	0.209	658	X-RAY DIFFRACTION	99.8573
9.369-65.529	0.543	10	0.222	412	X-RAY DIFFRACTION	98.829

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.736	-1.582	-0.4377	2.741	1.0409	1.1043	-0.1218	-0.164	0.0823	0.1598	0.0852	0.1116	0.0609	0.0017	0.0366	0.0229	-0.0047	-0.0115	0.0337	-0.0028	0.0449	-0.752	25.3698	27.5061
2	1.2275	-1.2672	-0.6083	2.2959	1.268	1.4346	0.0329	0.2271	0.158	-0.0739	-0.2052	0.1129	-0.0741	-0.1323	0.1722	0.0347	0.0232	-0.0264	0.1281	0.0286	0.1131	-11.0687	35.7976	16.186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	HHH	1 - 231
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	LLL	1 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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