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- PDB-6yxm: Crystal structure of ACPA 1F2 in complex with CII-C-39-CIT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yxm
タイトルCrystal structure of ACPA 1F2 in complex with CII-C-39-CIT
要素
  • (ACPA 1F2 Fab fragment - ...) x 2
  • CII-C-39-CIT
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-citrullinated protein antibody / collagen type II
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Ge, C. / Holmdahl, R.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Surface Ig variable domain glycosylation affects autoantigen binding and acts as threshold for human autoreactive B cell activation.
著者: Kissel, T. / Ge, C. / Hafkenscheid, L. / Kwekkeboom, J.C. / Slot, L.M. / Cavallari, M. / He, Y. / van Schie, K.A. / Vergroesen, R.D. / Kampstra, A.S.B. / Reijm, S. / Stoeken-Rijsbergen, G. / ...著者: Kissel, T. / Ge, C. / Hafkenscheid, L. / Kwekkeboom, J.C. / Slot, L.M. / Cavallari, M. / He, Y. / van Schie, K.A. / Vergroesen, R.D. / Kampstra, A.S.B. / Reijm, S. / Stoeken-Rijsbergen, G. / Koeleman, C. / Voortman, L.M. / Heitman, L.H. / Xu, B. / Pruijn, G.J.M. / Wuhrer, M. / Rispens, T. / Huizinga, T.W.J. / Scherer, H.U. / Reth, M. / Holmdahl, R. / Toes, R.E.M.
履歴
登録2020年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: CII-C-39-CIT
HHH: ACPA 1F2 Fab fragment - heavy chain
LLL: ACPA 1F2 Fab fragment - light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5608
ポリマ－47,5663
非ポリマー9945
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.010, 89.650, 118.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HHHLLL

#2: 抗体 ACPA 1F2 Fab fragment - heavy chain


分子量: 23550.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 ACPA 1F2 Fab fragment - light chain


分子量: 23044.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 BBB

#1: タンパク質・ペプチド CII-C-39-CIT


分子量: 971.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 37分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20mM Tris pH 7.4, 20mMNaCl, 20% (w/v) PEG 6000, 0.1M HEPES 7.0 pH 7.0, 0.01M zinc chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 210 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97662 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97662 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→118.75 Å / Num. obs: 13893 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.01-118.757.70.0745150.9960.0390.084
2.85-38.70.50119760.9140.2670.569

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
REFMAC5.8.0258精密化
Aimlessデータ削減
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ocx

5ocx


解像度: 2.85→36.219 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 30.017 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.412 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2762 638 4.712 %
Rwork0.2098 --
all0.213 --
obs-13539 98.137 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.044 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å20 Å2-0 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→36.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3275 0 64 33 3372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0133425
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.6694660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1221.5937023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1235427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40722.448143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.44615512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1541514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02706
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1740.22648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1590.21588
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.21678
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.278
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1070.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2670.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2730.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1180.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1120.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6462.9721726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6452.9721725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1434.4572147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1434.4572148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6563.0491699
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6563.0491700
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0454.5442513
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.0444.5442514
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.34833.4893441
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.34533.4743440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.9240.357540.259939X-RAY DIFFRACTION98.6097
2.924-3.0040.313450.276905X-RAY DIFFRACTION98.9583
3.004-3.0910.252440.251916X-RAY DIFFRACTION99.4819
3.091-3.1860.299380.239856X-RAY DIFFRACTION98.7845
3.186-3.290.444380.242851X-RAY DIFFRACTION98.8876
3.29-3.4050.294330.217811X-RAY DIFFRACTION98.3683
3.405-3.5330.276460.217793X-RAY DIFFRACTION98.5899
3.533-3.6770.244340.207740X-RAY DIFFRACTION98.2234
3.677-3.840.27350.21732X-RAY DIFFRACTION98.3333
3.84-4.0270.358410.212700X-RAY DIFFRACTION98.2759
4.027-4.2440.267250.19675X-RAY DIFFRACTION98.3146
4.244-4.5010.199350.173630X-RAY DIFFRACTION98.8113
4.501-4.810.21320.157604X-RAY DIFFRACTION97.6959
4.81-5.1940.252330.172535X-RAY DIFFRACTION97.7625
5.194-5.6860.312270.201516X-RAY DIFFRACTION97.4865
5.686-6.3520.249190.211462X-RAY DIFFRACTION96.3928
6.352-7.3260.398190.196416X-RAY DIFFRACTION97.0982
7.326-8.9490.221150.175373X-RAY DIFFRACTION97.2431
8.949-12.5570.226150.205276X-RAY DIFFRACTION94.7883
12.557-36.2190.342100.334171X-RAY DIFFRACTION90.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6819-0.13611.09850.043-0.23221.79480.05070.1869-0.0849-0.00240.0156-0.00660.08350.2751-0.06630.20180.01120.08450.257-0.05530.25426.073214.951323.9391
20.62-0.2441-0.13234.3543-0.52820.7875-0.0258-0.00730.04240.0341-0.00940.2153-0.1051-0.12940.03520.0272-0.0068-0.02740.11620.02080.06925.83540.45915.7579
30.3634-0.68740.1152.9820.23370.173-0.0461-0.0206-0.0247-0.18620.02380.0238-0.0754-0.00740.02240.0590.00210.03270.04070.02730.100921.638743.980612.7694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLBBB597 - 605
2X-RAY DIFFRACTION2ALLHHH1 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3ALLLLL1 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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