PDB-6y66: Structure of Goose Hemorrhagic Polyomavirus VP1 in complex with 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y66

タイトル

Structure of Goose Hemorrhagic Polyomavirus VP1 in complex with 2-O-Methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Major Capsid Protein / Polyomavirus

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Goose hemorrhagic polyomavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structural Basis and Evolution of Glycan Receptor Specificities within the Polyomavirus Family.
著者: Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Blaum, B.S. / Botsch, J. / Rossler, P. / Wedekink, F. / Lipkin, W.I. / Mishra, N. / Stehle, T.

履歴

登録	2020年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2020年8月12日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6y66.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6y66_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y66_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	6y66_validation.xml.gz	120.7 KB	表示
CIF形式データ	6y66_validation.cif.gz	173.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y5xC 6y5yC 6y5zC 6y60C 6y61C 6y63C 6y64C 6y65C 6y67C 6y6aC 6y9iC 4fmgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y65-1 6y65-2 4por-1 4pot-2 4pos-1 4mbx-2 3bwq-d 4mby-2 4por-2 4poq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (4)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (5)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

FFF: Capsid protein VP1

GGG: Capsid protein VP1

HHH: Capsid protein VP1

III: Capsid protein VP1

JJJ: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

317 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
159 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

FFF: Capsid protein VP1

GGG: Capsid protein VP1

HHH: Capsid protein VP1

III: Capsid protein VP1

JJJ: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.460, 90.540, 101.220
Angle α, β, γ (deg.)	94.232, 98.090, 107.867
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質

Capsid protein VP1

分子量: 31161.332 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Goose hemorrhagic polyomavirus (ウイルス)
遺伝子: VP1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80FI3

#2: 糖

ChemComp-MNA / 2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / 2-O-METHYL-5-N-ACETYL-ALPHA-D- NEURAMINIC ACID / 2-O-メチル-N-アセチル-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide / 分子量: 323.296 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁NO₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン

分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂

#4: 化合物

...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Na formate, ammonium acetate, Na citrate tribasic, Na oxamate, Na K tartrate, MES, imidazole, PEG 8000, ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→49.58 Å / Num. obs: 206886 / % possible obs: 97.71 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.43 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_rim(I) all: 0.1468 / Net I/σ(I): 9.38
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 20425 / CC_1/2: 0.701 / R_rim(I) all: 0.7611

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FMG

4fmg

解像度: 1.95→49.577 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.429 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2008	2069	1 %
R_work	0.1652	-	-
all	0.166	-	-
obs	-	206888	97.724 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.311 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.879 Å²	-0.053 Å²	-1.35 Å²
2-	-	0.141 Å²	-1.315 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.577 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20026	0	333	2665	23024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	20913
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	18926
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.467	1.662	28552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.333	1.566	44066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.652	5	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.982	22.107	949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.479	15	3128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.975	15	122
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	2757
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	23592
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	17786
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	10135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	9267
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.155	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.276	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.308	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.321	1.702	10687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.32	1.702	10686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.002	2.54	13361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.002	2.54	13362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.773	1.881	10226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.773	1.881	10227
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.67	2.746	15190
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.67	2.746	15191
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.643	21.247	23026
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.643	21.249	23027
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.04	0.05	8083
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.044	0.05	8039
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.042	0.05	8041
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.045	0.05	8096
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.03	0.05	8107
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.048	0.05	8017
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.044	0.05	8092
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.034	0.05	8004
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.04	0.05	8014
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.042	0.05	8033
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.047	0.05	8035
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.031	0.05	8097
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.037	0.05	8098
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.042	0.05	8023
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.047	0.05	8052
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.04	0.05	7995
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.045	0.05	8002
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.046	0.05	8008
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.042	0.05	8052
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.043	0.05	8034
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.051	0.05	8080
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.043	0.05	8028
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.044	0.05	8121
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.044	0.05	8078
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.053	0.05	8052
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.042	0.05	8064
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.05	0.05	7996
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.047	0.05	8047
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.038	0.05	7991
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.044	0.05	7982
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.042	0.05	8092
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.043	0.05	8039
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.047	0.05	8078
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.049	0.05	7997
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.049	0.05	7996
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.041	0.05	8017
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.043	0.05	8073
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.031	0.05	7997
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.036	0.05	8024
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.042	0.05	8009
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.041	0.05	8052
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.041	0.05	8097
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.036	0.05	8024
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.039	0.05	8030
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.039	0.05	8038

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2	0.31	150	0.264	14899	0.265	15621	0.816	0.826	96.3383	0.264
2-2.055	0.247	148	0.232	14661	0.232	15311	0.875	0.884	96.7213	0.232
2.055-2.115	0.244	143	0.224	14184	0.224	14791	0.896	0.899	96.863	0.224
2.115-2.18	0.246	140	0.199	13842	0.2	14398	0.895	0.921	97.1107	0.199
2.18-2.251	0.204	136	0.18	13460	0.181	13975	0.935	0.943	97.288	0.18
2.251-2.33	0.2	132	0.17	13018	0.171	13489	0.943	0.951	97.4868	0.17
2.33-2.418	0.203	127	0.164	12565	0.164	13009	0.943	0.951	97.5632	0.164
2.418-2.516	0.223	123	0.165	12172	0.166	12582	0.932	0.95	97.719	0.165
2.516-2.628	0.206	117	0.151	11619	0.152	11994	0.95	0.961	97.8489	0.151
2.628-2.755	0.195	113	0.15	11175	0.151	11526	0.95	0.957	97.9351	0.15
2.755-2.904	0.223	107	0.152	10623	0.153	10937	0.937	0.955	98.1073	0.152
2.904-3.08	0.193	102	0.153	10055	0.154	10341	0.948	0.956	98.2207	0.153
3.08-3.291	0.19	95	0.145	9455	0.145	9694	0.954	0.967	98.5145	0.145
3.291-3.554	0.203	89	0.16	8817	0.161	9042	0.955	0.965	98.4959	0.16
3.554-3.891	0.168	83	0.153	8175	0.153	8362	0.966	0.969	98.7563	0.153
3.891-4.347	0.149	74	0.126	7364	0.126	7523	0.972	0.977	98.8701	0.126
4.347-5.013	0.141	66	0.123	6530	0.123	6665	0.982	0.983	98.9647	0.123
5.013-6.124	0.199	56	0.165	5474	0.166	5606	0.97	0.974	98.6443	0.165
6.124-8.595	0.214	43	0.173	4302	0.173	4366	0.967	0.968	99.519	0.173
8.595-49.577	0.197	25	0.186	2429	0.186	2463	0.966	0.962	99.6346	0.186

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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