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- PDB-4por: Structure of Human Polyomavirus 9 VP1 pentamer in complex with 3'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4por
タイトルStructure of Human Polyomavirus 9 VP1 pentamer in complex with 3'-sialyllactose
要素VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / jelly roll fold / capsid formation / receptor interaction / carbohydrate / sialyloligosaccharide / viral coat protein
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Human polyomavirus 9 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Khan, Z.M. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Crystallographic and glycan microarray analysis of human polyomavirus 9 VP1 identifies N-glycolyl neuraminic acid as a receptor candidate.
著者: Khan, Z.M. / Liu, Y. / Neu, U. / Gilbert, M. / Ehlers, B. / Feizi, T. / Stehle, T.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)310,33272
ポリマ－301,58010
非ポリマー8,75262
水42,5872364
1
A: VP1
B: VP1
C: VP1
D: VP1
E: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,94237
ポリマ－150,7905
非ポリマー4,15232
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32140 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area47070 Å2
手法PISA
2
F: VP1
G: VP1
H: VP1
I: VP1
J: VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,39035
ポリマ－150,7905
非ポリマー4,60030
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32560 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area47780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.010, 180.400, 199.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRALAALAAA46 - 5020 - 24
21THRTHRALAALABB46 - 5020 - 24
31THRTHRALAALACC46 - 5020 - 24
41THRTHRALAALADD46 - 5020 - 24
51THRTHRALAALAEE46 - 5020 - 24
61THRTHRALAALAFF46 - 5020 - 24
71THRTHRALAALAGG46 - 5020 - 24
81THRTHRALAALAHH46 - 5020 - 24
91THRTHRALAALAII46 - 5020 - 24
101THRTHRALAALAJJ46 - 5020 - 24
12GLYGLYGLYGLYAA140 - 160114 - 134
22GLYGLYGLYGLYBB140 - 160114 - 134
32GLYGLYGLYGLYCC140 - 160114 - 134
42GLYGLYGLYGLYDD140 - 160114 - 134
52GLYGLYGLYGLYEE140 - 160114 - 134
62GLYGLYGLYGLYFF140 - 160114 - 134
72GLYGLYGLYGLYGG140 - 160114 - 134
82GLYGLYGLYGLYHH140 - 160114 - 134
92GLYGLYGLYGLYII140 - 160114 - 134
102GLYGLYGLYGLYJJ140 - 160114 - 134
13ASPASPVALVALAA250 - 268224 - 242
23ASPASPVALVALBB250 - 268224 - 242
33ASPASPVALVALCC250 - 268224 - 242
43ASPASPVALVALDD250 - 268224 - 242
53ASPASPVALVALEE250 - 268224 - 242
63ASPASPVALVALFF250 - 268224 - 242
73ASPASPVALVALGG250 - 268224 - 242
83ASPASPVALVALHH250 - 268224 - 242
93ASPASPVALVALII250 - 268224 - 242
103ASPASPVALVALJJ250 - 268224 - 242
14SERSERPROPROAA280 - 287254 - 261
24SERSERPROPROBB280 - 287254 - 261
34SERSERPROPROCC280 - 287254 - 261
44SERSERPROPRODD280 - 287254 - 261
54SERSERPROPROEE280 - 287254 - 261
64SERSERPROPROFF280 - 287254 - 261
74SERSERPROPROGG280 - 287254 - 261
84SERSERPROPROHH280 - 287254 - 261
94SERSERPROPROII280 - 287254 - 261
104SERSERPROPROJJ280 - 287254 - 261

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.314253, 0.743457, -0.590353), (-0.684447, 0.608357, 0.401789), (0.657858, 0.277802, 0.700035)18.27967, 19.38157, -18.26652
3given(-0.802839, 0.512699, -0.304285), (-0.366538, -0.021927, 0.930145), (0.470212, 0.858288, 0.205527)48.60281, 11.54144, -13.9016
4given(-0.801043, -0.368179, 0.47199), (0.511311, -0.010833, 0.859328), (-0.311273, 0.929692, 0.196931)49.71659, -11.83449, 6.67895
5given(0.316074, -0.677636, 0.664008), (0.736562, 0.616399, 0.27844), (-0.597975, 0.401075, 0.693948)20.30151, -19.39735, 15.65091
6given(-0.85658, -0.399039, 0.327168), (-0.386172, 0.075185, -0.919358), (0.342261, -0.913846, -0.218499)45.70204, -43.64127, -70.69236
7given(-0.7633, 0.468768, -0.444557), (0.479834, -0.049406, -0.875967), (-0.432589, -0.881939, -0.187219)42.01988, -66.78728, -49.92224
8given(0.366769, 0.639782, -0.675396), (0.644991, -0.698051, -0.310984), (-0.670423, -0.321565, -0.668677)11.47617, -70.40061, -44.33149
9given(0.990411, -0.133073, -0.03713), (-0.133001, -0.991106, 0.004427), (-0.037389, 0.000554, -0.999301)-4.21849, -48.99893, -61.88963
10given(0.234038, -0.775701, 0.586101), (-0.773104, -0.514027, -0.3716), (0.589522, -0.366149, -0.719999)17.13765, -32.5425, -78.11585

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 19分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
VP1 / Major Capsid Protein


分子量: 30157.977 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 32-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human polyomavirus 9 (ウイルス) / 遺伝子: gp3, vp1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E9NQ90
#2: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 2417分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.15
詳細: 20% v/v isopropanol, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 5.15, soaked in 40 mM 3'-sialyllactose for 25 minutes, cryoprotectant: 25% v/v ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: 20% v/v isopropanol, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 5.15, soaked in 40 mM 3'-sialyllactose for 25 minutes, cryoprotectant: 25% v/v ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bartels Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→133.855 Å / Num. all: 204785 / Num. obs: 206909 / % possible obs: 98.97 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.15 % / Biso Wilson estimate: 29.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.36
反射 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / 冗長度: 2.94 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 14851 / % possible all: 97.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0025精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4POQ

4poq


解像度: 2.09→133.855 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 9.728 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 10219 5 %RANDOM
Rwork0.17751 ---
all0.17944 204785 --
obs0.17944 194566 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å2-0 Å2
2---0.37 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→133.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20577 0 569 2364 23510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.99829501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.31652700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77425.587843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.014153451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2531570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.23500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02115969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6921.4310812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2292.40413502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1361.6710818
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.1356.34935541
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A212MEDIUM POSITIONAL0.090.5
2B212MEDIUM POSITIONAL0.080.5
3C212MEDIUM POSITIONAL0.090.5
4D212MEDIUM POSITIONAL0.090.5
5E212MEDIUM POSITIONAL0.090.5
6F212MEDIUM POSITIONAL0.110.5
7G212MEDIUM POSITIONAL0.110.5
8H212MEDIUM POSITIONAL0.110.5
9I212MEDIUM POSITIONAL0.070.5
10J212MEDIUM POSITIONAL0.110.5
1A169LOOSE POSITIONAL0.255
2B169LOOSE POSITIONAL0.25
3C169LOOSE POSITIONAL0.215
4D169LOOSE POSITIONAL0.195
5E169LOOSE POSITIONAL0.185
6F169LOOSE POSITIONAL0.585
7G169LOOSE POSITIONAL0.215
8H169LOOSE POSITIONAL0.245
9I169LOOSE POSITIONAL0.25
10J169LOOSE POSITIONAL0.265
1A212MEDIUM THERMAL1.32
2B212MEDIUM THERMAL0.862
3C212MEDIUM THERMAL12
4D212MEDIUM THERMAL0.932
5E212MEDIUM THERMAL0.942
6F212MEDIUM THERMAL1.542
7G212MEDIUM THERMAL0.992
8H212MEDIUM THERMAL1.032
9I212MEDIUM THERMAL0.732
10J212MEDIUM THERMAL0.72
1A169LOOSE THERMAL2.8410
2B169LOOSE THERMAL1.0910
3C169LOOSE THERMAL1.5810
4D169LOOSE THERMAL0.9710
5E169LOOSE THERMAL1.1810
6F169LOOSE THERMAL3.8610
7G169LOOSE THERMAL1.5610
8H169LOOSE THERMAL1.3310
9I169LOOSE THERMAL1.1710
10J169LOOSE THERMAL1.0110
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.144 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 765 -
Rwork0.28 14051 -
obs-14051 97.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3A123 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4A246 - 302
5X-RAY DIFFRACTION5B34 - 53
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7X-RAY DIFFRACTION7B109 - 246
8X-RAY DIFFRACTION8B247 - 302
9X-RAY DIFFRACTION9C34 - 53
10X-RAY DIFFRACTION10C54 - 109
11X-RAY DIFFRACTION11C110 - 247
12X-RAY DIFFRACTION12C248 - 302
13X-RAY DIFFRACTION13D34 - 53
14X-RAY DIFFRACTION14D54 - 106
15X-RAY DIFFRACTION15D107 - 245
16X-RAY DIFFRACTION16D246 - 302
17X-RAY DIFFRACTION17E34 - 53
18X-RAY DIFFRACTION18E54 - 122
19X-RAY DIFFRACTION19E123 - 251
20X-RAY DIFFRACTION20E252 - 302
21X-RAY DIFFRACTION21F34 - 48
22X-RAY DIFFRACTION22F49 - 98
23X-RAY DIFFRACTION23F99 - 109
24X-RAY DIFFRACTION24F110 - 304
25X-RAY DIFFRACTION25G34 - 52
26X-RAY DIFFRACTION26G53 - 109
27X-RAY DIFFRACTION27G110 - 250
28X-RAY DIFFRACTION28G251 - 302
29X-RAY DIFFRACTION29H33 - 53
30X-RAY DIFFRACTION30H54 - 120
31X-RAY DIFFRACTION31H121 - 251
32X-RAY DIFFRACTION32H252 - 302
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34X-RAY DIFFRACTION34I70 - 110
35X-RAY DIFFRACTION35I111 - 245
36X-RAY DIFFRACTION36I246 - 302
37X-RAY DIFFRACTION37J33 - 66
38X-RAY DIFFRACTION38J67 - 108
39X-RAY DIFFRACTION39J109 - 247
40X-RAY DIFFRACTION40J248 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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