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- PDB-3bwq: Structure of free SV40 VP1 pentamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bwq
タイトルStructure of free SV40 VP1 pentamer
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / SV40 / polyomavirus / ganglioside / GM1 / viral receptor / virus attachment / Capsid protein / Late protein / Nucleus / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


capsomere / caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / viral capsid assembly / T=7 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / molecular adaptor activity / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Simian virus 40 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Neu, U. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural basis of GM1 ganglioside recognition by simian virus 40.
著者: Neu, U. / Woellner, K. / Gauglitz, G. / Stehle, T.
履歴
登録2008年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Other
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,6725
ポリマ－148,6725
非ポリマー00
水12,178676
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.040, 93.660, 120.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein VP1


分子量: 29734.420 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 40 (ウイルス) / 属: Polyomavirus / 遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03087
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: RESERVOIR: 0.1 M TRIS, PH 8.5, 24 % PEG3350. DROP: RESERVOIR MIXED 4:1 WITH 30 % ETHYLENE GLYCOL. THIS WAS MIXED 1:1 WITH VP1 (11 MG/ML), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月29日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 73715 / Num. obs: 63985 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 52.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0013精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SVA

1sva


解像度: 2.3→39.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.224 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. some of the residues from Gly30 to Asp42 were disordered in several chains and were not modeled. The side chain of Asp42 of chain E was ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. some of the residues from Gly30 to Asp42 were disordered in several chains and were not modeled. The side chain of Asp42 of chain E was modeled as Ala due to missing density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 6346 9.9 %RANDOM
Rwork0.20746 ---
obs0.21217 57548 86.81 %-
all-73715 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.43 Å20 Å2-3.75 Å2
2--4.92 Å20 Å2
3----3.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10164 0 0 676 10840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.02210392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7481.95914143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.36351312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.26925.879461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83151716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1591530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0020.021600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1380.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.391106572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7181510680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.906103818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.04153463
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 272 -
Rwork0.308 2440 -
obs--50.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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