PDB-6y65: Structure of apo Goose Hemorrhagic Polyomavirus VP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y65

タイトル

Structure of apo Goose Hemorrhagic Polyomavirus VP1

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Major Capsid Protein / Polyomavirus

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Goose hemorrhagic polyomavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structural Basis and Evolution of Glycan Receptor Specificities within the Polyomavirus Family.
著者: Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Blaum, B.S. / Botsch, J. / Rossler, P. / Wedekink, F. / Lipkin, W.I. / Mishra, N. / Stehle, T.

履歴

登録	2020年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y65.cif.gz	618.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y65.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y65.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y65	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y5xC 6y5yC 6y5zC 6y60C 6y61C 6y63C 6y64C 6y66C 6y67C 6y6aC 6y9iC 4fmgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6y66-1 6y66-2 3bwq-d 4por-1 4pot-2 4pos-1 4mbx-2 4poq-1 4poq-2 4pos-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (4)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (5)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

FFF: Capsid protein VP1

GGG: Capsid protein VP1

HHH: Capsid protein VP1

III: Capsid protein VP1

JJJ: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

319 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
159 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

FFF: Capsid protein VP1

GGG: Capsid protein VP1

HHH: Capsid protein VP1

III: Capsid protein VP1

JJJ: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.290, 90.410, 100.840
Angle α, β, γ (deg.)	94.048, 97.898, 108.064
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 31161.332 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Goose hemorrhagic polyomavirus (ウイルス) 遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80FI3
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Na nitrate, Na phosphate dibasic, ammonium sulfate, MES, imidazole, PEG 8000, ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→45.97 Å / Num. obs: 487522 / % possible obs: 95.36 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 12.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 14.26
反射シェル	解像度: 1.45→1.502 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 46392 / CC_1/2: 0.797 / R_rim(I) all: 0.702

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FMG

4fmg

解像度: 1.45→45.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 0.992 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1703	4875	1 %
R_work	0.1484	-	-
all	0.149	-	-
obs	-	487470	95.379 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.236 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.648 Å²	-0.208 Å²	-0.707 Å²
2-	-	0.117 Å²	-0.675 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20009	0	434	3289	23732

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	21514
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	19699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.513	1.663	29303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.421	1.565	45865
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.581	5	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.995	21.981	949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.905	15	3277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.136	15	130
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	2779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	24500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	3400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	18887
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	10266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	9885
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.148	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.306	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.862	1.208	11039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.861	1.208	11038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.402	1.808	13925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.402	1.808	13926
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.217	1.366	10475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.217	1.367	10476
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.847	1.964	15363
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.847	1.965	15364
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.578	16.23	23878
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.578	16.232	23879

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.269	341	0.237	33820	0.237	37769	0.887	0.897	90.4472	0.237
1.488-1.528	0.252	341	0.222	33702	0.222	36903	0.9	0.907	92.25	0.222
1.528-1.573	0.208	334	0.198	33116	0.198	35762	0.934	0.937	93.535	0.198
1.573-1.621	0.212	328	0.189	32404	0.189	34758	0.936	0.939	94.1711	0.189
1.621-1.674	0.214	320	0.181	31757	0.182	33870	0.931	0.939	94.7062	0.181
1.674-1.733	0.202	310	0.172	30620	0.173	32535	0.936	0.945	95.0668	0.172
1.733-1.798	0.189	300	0.158	29695	0.158	31442	0.95	0.958	95.3979	0.158
1.798-1.871	0.164	290	0.148	28721	0.148	30283	0.96	0.965	95.7996	0.148
1.871-1.954	0.179	278	0.146	27580	0.146	28981	0.959	0.966	96.125	0.146
1.954-2.05	0.154	269	0.137	26570	0.137	27802	0.968	0.972	96.5362	0.137
2.05-2.16	0.157	255	0.139	25305	0.139	26377	0.967	0.97	96.9026	0.139
2.16-2.291	0.158	243	0.14	24051	0.14	25055	0.954	0.961	96.9627	0.14
2.291-2.449	0.156	228	0.127	22554	0.128	23418	0.968	0.974	97.2841	0.127
2.449-2.644	0.146	213	0.129	21082	0.129	21861	0.973	0.974	97.4109	0.129
2.644-2.896	0.138	196	0.13	19379	0.13	20088	0.972	0.973	97.4462	0.13
2.896-3.236	0.178	176	0.133	17481	0.134	18244	0.959	0.971	96.7825	0.133
3.236-3.733	0.155	156	0.141	15375	0.141	16028	0.969	0.973	96.8992	0.141
3.733-4.565	0.156	134	0.126	13288	0.126	13536	0.97	0.976	99.1578	0.126
4.565-6.424	0.174	104	0.15	10325	0.15	10488	0.98	0.981	99.4375	0.15
6.424-45.96	0.147	59	0.17	5771	0.17	5874	0.976	0.969	99.2509	0.17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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