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- PDB-6y63: Structure of Sheep Polyomavirus VP1 in complex with 3'-Sialyllact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y63
タイトルStructure of Sheep Polyomavirus VP1 in complex with 3'-Sialyllactosamine
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / Major Capsid Protein / Polyomavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Sheep polyomavirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR2327 ドイツ
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structural Basis and Evolution of Glycan Receptor Specificities within the Polyomavirus Family.
著者: Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Blaum, B.S. / Botsch, J. / Rossler, P. / Wedekink, F. / Lipkin, W.I. / Mishra, N. / Stehle, T.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Capsid protein VP1
BBB: Capsid protein VP1
CCC: Capsid protein VP1
DDD: Capsid protein VP1
EEE: Capsid protein VP1
FFF: Capsid protein VP1
GGG: Capsid protein VP1
HHH: Capsid protein VP1
III: Capsid protein VP1
JJJ: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,03649
ポリマ－324,66510
非ポリマー5,37139
水41,5792308
1
AAA: Capsid protein VP1
BBB: Capsid protein VP1
CCC: Capsid protein VP1
DDD: Capsid protein VP1
EEE: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,88823
ポリマ－162,3335
非ポリマー2,55518
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29480 Å2
ΔGint-333 kcal/mol
Surface area42270 Å2
手法PISA
2
FFF: Capsid protein VP1
GGG: Capsid protein VP1
HHH: Capsid protein VP1
III: Capsid protein VP1
JJJ: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,14926
ポリマ－162,3335
非ポリマー2,81621
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30320 Å2
ΔGint-366 kcal/mol
Surface area42360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.286, 79.930, 145.884
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 10分子 AAABBBCCCDDDEEEFFFGGGHHHIIIJJJ

#1: タンパク質
Capsid protein VP1


分子量: 32466.500 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sheep polyomavirus 1 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3ZCF3

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a3-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 2341分子

#3: 化合物...
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: KSCN, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.651→48.81 Å / Num. obs: 322288 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.1012 / Net I/σ(I): 13.87
反射 シェル解像度: 1.651→1.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 31681 / CC1/2: 0.471 / Rrim(I) all: 1.547

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FMG

4fmg


解像度: 1.651→48.807 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.469 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 7413 2.3 %
Rwork0.1689 --
all0.17 --
obs-322280 99.827 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.746 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.433 Å20 Å2-0.827 Å2
2--0.814 Å20 Å2
3---0.288 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.651→48.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19601 0 357 2308 22266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01320572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01718316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.67128027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3311.57842497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.37552560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48222.4351039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.774153082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.25315114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.22702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0223137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.23564
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1920.217822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.29901
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.29136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.21860
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0760.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2780.227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2170.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1570.252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4192.16310198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4182.16310197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1353.23412739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1353.23512740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8822.3810374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8812.3810375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9183.515277
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9183.515278
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.7426.48122807
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.5225.89422240
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.651-1.6930.3245370.319227900.319237680.6220.6298.14460.309
1.693-1.740.3025310.289225910.289231240.750.76899.99130.272
1.74-1.790.2785180.259219960.259225220.830.83899.96450.234
1.79-1.8450.255040.237213880.238218950.8720.86699.98630.209
1.845-1.9060.2414880.215207510.216212400.8910.999.99530.186
1.906-1.9720.2184720.202200210.202205000.9170.91899.96590.173
1.972-2.0470.1994560.185193700.185198280.9360.93899.98990.158
2.047-2.130.1994380.177186420.178190840.9360.94499.9790.152
2.13-2.2250.2164210.174178810.175183050.9350.94499.98360.148
2.225-2.3330.2134030.162171150.163175220.9380.95199.97720.137
2.333-2.4590.2063840.157162810.158166710.9460.95699.9640.133
2.459-2.6080.2093620.158154040.159157730.9410.95699.95560.135
2.608-2.7870.1763410.15144890.151148350.9580.96499.96630.13
2.787-3.010.1923180.151135140.152138350.9490.96399.97830.134
3.01-3.2960.1872930.156124300.157127280.9560.96299.96070.145
3.296-3.6830.1732660.151113060.152115790.9630.96699.93950.147
3.683-4.2480.1692350.13299860.133102380.9670.97599.8340.134
4.248-5.1930.1432000.12184690.12286770.980.98299.90780.127
5.193-7.3030.1991560.16166510.16268080.9640.9799.98530.165
7.303-48.8070.234900.19237920.19338890.9340.95199.820.208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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