PDB-6y61: Structure of apo Sheep Polyomavirus VP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y61

タイトル

Structure of apo Sheep Polyomavirus VP1

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Major Capsid Protein / Polyomavirus

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sheep polyomavirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structural Basis and Evolution of Glycan Receptor Specificities within the Polyomavirus Family.
著者: Stroh, L.J. / Rustmeier, N.H. / Blaum, B.S. / Botsch, J. / Rossler, P. / Wedekink, F. / Lipkin, W.I. / Mishra, N. / Stehle, T.

履歴

登録	2020年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y61.cif.gz	542.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y61.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y61.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6y61_validation.pdf.gz	517.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6y61_full_validation.pdf.gz	533.2 KB	表示
XML形式データ	6y61_validation.xml.gz	98.3 KB	表示
CIF形式データ	6y61_validation.cif.gz	135.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y61	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y5xC 6y5yC 6y5zC 6y60C 6y63C 6y64C 6y65C 6y66C 6y67C 6y6aC 6y9iC 4fmgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jce-d 4mj1-d 4x16-d 4x12-d 3nxd-d 4x0y-d 4u61-1 6y63-1 3nxg-d 6hkv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

FFF: Capsid protein VP1

GGG: Capsid protein VP1

HHH: Capsid protein VP1

III: Capsid protein VP1

JJJ: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

326 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
163 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

FFF: Capsid protein VP1

GGG: Capsid protein VP1

HHH: Capsid protein VP1

III: Capsid protein VP1

JJJ: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.430, 130.430, 221.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 32466.500 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sheep polyomavirus 1 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3ZCF3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 970 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: KSCN, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.7711
pseudo-merohedral	2	2	K, H, -L	2	0.2289

反射

解像度: 2.45→49.77 Å / Num. obs: 147085 / % possible obs: 94.81 % / 冗長度: 8.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 21.58

反射シェル

解像度: 2.45→2.538 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.69 / Num. unique obs: 13659 / CC_1/2: 0.929 / R_rim(I) all: 0.526

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FMG

4fmg

解像度: 2.45→49.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 6.044 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1968	7336	4.988 %
R_work	0.161	-	-
all	0.163	-	-
obs	-	147076	94.803 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.333 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-18.848 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-18.848 Å²	-0 Å²
3-	-	-	37.696 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20395	0	66	970	21431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	20971
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	18744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.534	1.654	28504
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.269	1.57	43456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.975	5	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.266	22.296	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.063	15	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.274	15	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	23745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4525
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	3736
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	18142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	9982
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	9058
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	983
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.061	3.052	10630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.061	3.051	10629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.193	4.565	13256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.193	4.565	13257
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.978	3.112	10341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.978	3.112	10342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.026	4.618	15248
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.026	4.618	15249
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.738	34.476	22325
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.716	34.447	22240

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.513	0.266	480	0.186	9550	X-RAY DIFFRACTION	87.2629
2.513-2.582	0.258	449	0.172	9546	X-RAY DIFFRACTION	89.5128
2.582-2.657	0.244	489	0.188	9324	X-RAY DIFFRACTION	89.7886
2.657-2.739	0.241	433	0.181	9223	X-RAY DIFFRACTION	91.726
2.739-2.829	0.213	488	0.159	9052	X-RAY DIFFRACTION	92.5495
2.829-2.928	0.212	402	0.161	8795	X-RAY DIFFRACTION	93.456
2.928-3.038	0.213	369	0.155	8625	X-RAY DIFFRACTION	93.8341
3.038-3.162	0.201	432	0.155	8283	X-RAY DIFFRACTION	95.3292
3.162-3.303	0.195	387	0.167	8074	X-RAY DIFFRACTION	95.9188
3.303-3.464	0.206	441	0.169	7698	X-RAY DIFFRACTION	96.4337
3.464-3.651	0.194	383	0.167	7422	X-RAY DIFFRACTION	97.5625
3.651-3.872	0.201	398	0.165	7087	X-RAY DIFFRACTION	98.8119
3.872-4.139	0.181	327	0.151	6783	X-RAY DIFFRACTION	99.5659
4.139-4.47	0.154	278	0.135	6322	X-RAY DIFFRACTION	99.9394
4.47-4.896	0.163	376	0.133	5743	X-RAY DIFFRACTION	99.8531
4.896-5.473	0.16	341	0.148	5210	X-RAY DIFFRACTION	99.964
5.473-6.317	0.184	314	0.158	4518	X-RAY DIFFRACTION	100
6.317-7.731	0.177	206	0.166	3911	X-RAY DIFFRACTION	100
7.731-10.908	0.175	206	0.155	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
10.908-49.77	0.272	137	0.269	1598	X-RAY DIFFRACTION	98.9732

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