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- PDB-6hkv: Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hkv
タイトルTrichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in complex with sialylated precision glycooligomers
要素Capsid protein VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / SIALIC ACID DERIVATIVE
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sialylated precision glycomacromolecule / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Rustmeier, N.H. / Stehle, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
FOR2327 ドイツ
引用ジャーナル: Macromol Biosci / 年: 2019
タイトル: Divalent Sialylated Precision Glycooligomers Binding to Polyomaviruses and the Effect of Different Linkers.
著者: Baier, M. / Rustmeier, N.H. / Harr, J. / Cyrus, N. / Reiss, G.J. / Grafmuller, A. / Blaum, B.S. / Stehle, T. / Hartmann, L.
履歴
登録2018年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02025年4月23日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,71824
ポリマ－302,21010
非ポリマー21,50814
水51,3972853
1
A: Capsid protein VP1
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,92313
ポリマ－151,1055
非ポリマー10,8188
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22590 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area47970 Å2
手法PISA
2
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,79511
ポリマ－151,1055
非ポリマー10,6906
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22640 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area48750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.400, 145.705, 149.453
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18A
28I
19A
29J
110B
210C
111B
211D
112B
212E
113B
213F
114B
214G
115B
215H
116B
216I
117B
217J
118C
218D
119C
219E
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220F
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222H
123C
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126D
226F
127D
227G
128D
228H
129D
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245J

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNARGARGAA32 - 3021 - 271
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24ILEILEASNASNEE33 - 3032 - 272
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25ASNASNASNASNFF32 - 3031 - 272
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19ASNASNARGARGAA32 - 3021 - 271
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110ASNASNARGARGBB32 - 3021 - 271
210ASNASNARGARGCC32 - 3021 - 271
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126ASNASNARGARGDD32 - 3021 - 271
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227ILEILEARGARGGG33 - 3022 - 271
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131ILEILEASNASNEE33 - 3032 - 272
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233ILEILEASNASNHH33 - 3032 - 272
134ILEILEASNASNEE33 - 3032 - 272
234ILEILEASNASNII33 - 3032 - 272
135ILEILEVALVALEE33 - 3012 - 270
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136ILEILEARGARGFF33 - 3022 - 271
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137ILEILEASNASNFF33 - 3032 - 272
237ILEILEASNASNHH33 - 3032 - 272
138ASNASNASNASNFF32 - 3031 - 272
238ASNASNASNASNII32 - 3031 - 272
139ASNASNARGARGFF32 - 3021 - 271
239ASNASNARGARGJJ32 - 3021 - 271
140ILEILEASNASNGG33 - 3032 - 272
240ILEILEASNASNHH33 - 3032 - 272
141ILEILEASNASNGG33 - 3032 - 272
241ILEILEASNASNII33 - 3032 - 272
142ILEILEARGARGGG33 - 3022 - 271
242ILEILEARGARGJJ33 - 3022 - 271
143ILEILEASNASNHH33 - 3032 - 272
243ILEILEASNASNII33 - 3032 - 272
144ILEILEVALVALHH33 - 3012 - 270
244ILEILEVALVALJJ33 - 3012 - 270
145ASNASNARGARGII32 - 3021 - 271
245ASNASNARGARGJJ32 - 3021 - 271

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
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7
8
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34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Capsid protein VP1


分子量: 30220.982 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (ウイルス)
遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E2ESL7

-
非ポリマー , 5種, 2867分子

#2: 化合物
ChemComp-GXB / Sialylated precision glycomacromolecule


分子量: 2133.222 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C92H141N21O37 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 % / 解説: three dimensional, cubic or rectangular blocks
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium malonate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47.95 Å / Num. obs: 302337 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 26.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 15.72
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 29947 / CC1/2: 0.48 / Rrim(I) all: 1.78 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u60

4u60


解像度: 1.75→47.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.638 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.1
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 3027 1 %RANDOM
Rwork0.1759 ---
obs0.1761 299628 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.3 Å2 / Biso mean: 28.649 Å2 / Biso min: 16.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20567 0 285 2873 23725
Biso mean--42.44 37.7 -
残基数----2680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01421549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01718764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3021.68329413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9381.64744066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85952728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36923.5871012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.864153421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1851592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.22862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0224325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023841
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A82790.06
12B82790.06
21A84770.08
22C84770.08
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331E83310.06
332H83310.06
341E83640.07
342I83640.07
351E82930.05
352J82930.05
361F83940.08
362G83940.08
371F83580.06
372H83580.06
381F84450.06
382I84450.06
391F83580.06
392J83580.06
401G82600.07
402H82600.07
411G84070.08
412I84070.08
421G82580.07
422J82580.07
431H83030.06
432I83030.06
441H82900.05
442J82900.05
451I82430.06
452J82430.06
LS精密化 シェル解像度: 1.748→1.794 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 218 -
Rwork0.32 21552 -
all-21770 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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