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Yorodumi- PDB-4u61: Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u61 | |||||||||
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Title | Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in complex with 6'-sialyllactose | |||||||||
Components | Structural protein VP1Structure | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / viral coat protein / jelly-roll fold / glycan binding | |||||||||
Function / homology | Function and homology information T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | |||||||||
Authors | Stroh, L.J. / Stehle, T. | |||||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2015 Title: Trichodysplasia spinulosa-Associated Polyomavirus Uses a Displaced Binding Site on VP1 to Engage Sialylated Glycolipids. Authors: Stroh, L.J. / Gee, G.V. / Blaum, B.S. / Dugan, A.S. / Feltkamp, M.C. / Atwood, W.J. / Stehle, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4u61.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4u61.ent.gz | 879 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4u61.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/4u61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/4u61 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4u5zSC 4u60C 4u62C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 30994.908 Da / Num. of mol.: 10 / Fragment: UNP residues 31-304 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus Gene: VP1 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: E2ESL7 #2: Polysaccharide | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose | #3: Sugar | ChemComp-SIA / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 100 mM Na-malonate pH 5.0, 10% PEG 3350, 10 mM 6'-sialyllactose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 3, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→30 Å / Num. obs: 368928 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Net I/σ(I): 15.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.69 Å / Redundancy: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4U5Z Resolution: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.515 / SU ML: 0.06 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.08 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.641 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.65→30 Å
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Refine LS restraints |
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