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- PDB-4u61: Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u61
タイトルTrichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (TSPyV) VP1 in complex with 6'-sialyllactose
要素Structural protein VP1構造
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / viral coat protein (カプシド) / jelly-roll fold / glycan binding (糖鎖)
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Stroh, L.J. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Trichodysplasia spinulosa-Associated Polyomavirus Uses a Displaced Binding Site on VP1 to Engage Sialylated Glycolipids.
著者: Stroh, L.J. / Gee, G.V. / Blaum, B.S. / Dugan, A.S. / Feltkamp, M.C. / Atwood, W.J. / Stehle, T.
履歴
登録2014年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Structural protein VP1
B: Structural protein VP1
C: Structural protein VP1
D: Structural protein VP1
E: Structural protein VP1
F: Structural protein VP1
G: Structural protein VP1
H: Structural protein VP1
I: Structural protein VP1
J: Structural protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,64421
ポリマ－309,94910
非ポリマー2,69511
水40,8402267
1
A: Structural protein VP1
B: Structural protein VP1
C: Structural protein VP1
D: Structural protein VP1
E: Structural protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,65012
ポリマ－154,9755
非ポリマー1,6767
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25440 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area48160 Å2
手法PISA
2
F: Structural protein VP1
G: Structural protein VP1
H: Structural protein VP1
I: Structural protein VP1
J: Structural protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,9949
ポリマ－154,9755
非ポリマー1,0204
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24160 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area47910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.560, 146.350, 151.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A45 - 102
2115B45 - 102
3115C45 - 102
4115D45 - 102
5115E45 - 102
6115F45 - 102
7115G45 - 102
8115H45 - 102
9115I45 - 102
10115J45 - 102
1215A109 - 187
2215B109 - 187
3215C109 - 187
4215D109 - 187
5215E109 - 187
6215F109 - 187
7215G109 - 187
8215H109 - 187
9215I109 - 187
10215J109 - 187
1315A187 - 304
2315B187 - 304
3315C187 - 304
4315D187 - 304
5315E187 - 304
6315F187 - 304
7315G187 - 304
8315H187 - 304
9315I187 - 304
10315J187 - 304

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.982058, -0.026565, -0.186701), (0.185385, 0.317491, 0.929963), (0.034571, -0.947889, 0.31672)-5.45419, 31.95237, -14.98005
3given(0.955835, 0.127503, -0.264805), (0.26095, -0.7827, 0.565053), (-0.135217, -0.609199, -0.781405)-9.02098, 27.23359, -50.22573
4given(0.957375, 0.263835, -0.117577), (0.142265, -0.784957, -0.602995), (-0.251384, 0.560565, -0.789033)-5.16518, -7.90813, -56.7403
5given(0.982735, 0.177888, 0.050865), (-0.009612, 0.323636, -0.946133), (-0.184767, 0.929309, 0.319758)0.16991, -24.21254, -25.73446
6given(0.999267, -0.038268, 0.000736), (0.007778, 0.184194, -0.982859), (0.037477, 0.982145, 0.184356)-69.19619, -25.18336, -28.6722
7given(0.973399, -0.22908, -0.004204), (0.226253, 0.963955, -0.140005), (0.036125, 0.13533, 0.990142)-67.34513, -15.70467, -2.56298
8given(0.942924, -0.275163, -0.187565), (0.28781, 0.390051, 0.874658), (-0.167513, -0.878718, 0.446983)-70.79044, 11.96878, -3.35908
9given(0.952781, -0.105868, -0.284606), (0.112681, -0.747073, 0.655122), (-0.281978, -0.656258, -0.699867)-74.57027, 19.30143, -30.56475
10given(0.985396, 0.03571, -0.166492), (-0.051387, -0.869811, -0.490701), (-0.162339, 0.49209, -0.855274)-73.59766, -4.0417, -45.81551

-
要素

#1: タンパク質
Structural protein VP1 / 構造


分子量: 30994.908 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 31-304 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichodysplasia spinulosa-associated polyomavirus (ウイルス)
遺伝子: VP1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E2ESL7
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸 / シアル酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM Na-malonate pH 5.0, 10% PEG 3350, 10 mM 6'-sialyllactose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 368928 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U5Z

4u5z


解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.515 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18449 18570 5 %RANDOM
Rwork0.16463 ---
obs0.16564 350356 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.641 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20655 0 182 2267 23104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221373
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.97829112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.726345735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.09252688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56524.919929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.458153485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7981596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.23306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02124315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6341.31710712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6341.31710711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0391.97213371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0391.97213372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0891.47710661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0891.47710661
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7122.1715728
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.26912.23825297
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.26912.23825297
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1450medium positional0.180.5
B1450medium positional0.150.5
C1450medium positional0.240.5
D1450medium positional0.160.5
E1450medium positional0.220.5
F1450medium positional0.120.5
G1450medium positional0.40.5
H1450medium positional0.10.5
I1450medium positional0.190.5
J1450medium positional0.10.5
A2167loose positional0.465
B2167loose positional0.325
C2167loose positional0.395
D2167loose positional0.415
E2167loose positional0.615
F2167loose positional0.435
G2167loose positional0.575
H2167loose positional0.355
I2167loose positional0.485
J2167loose positional0.455
A1450medium thermal0.862
B1450medium thermal0.792
C1450medium thermal1.512
D1450medium thermal0.852
E1450medium thermal0.942
F1450medium thermal0.832
G1450medium thermal1.192
H1450medium thermal1.062
I1450medium thermal1.042
J1450medium thermal0.72
A2167loose thermal1.1310
B2167loose thermal1.1110
C2167loose thermal1.6510
D2167loose thermal1.0610
E2167loose thermal1.1510
F2167loose thermal1.110
G2167loose thermal1.2110
H2167loose thermal1.1910
I2167loose thermal1.4210
J2167loose thermal1.0110
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1343 -
Rwork0.245 25674 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.63654.38150.28394.49020.50561.87170.0597-0.1234-0.4563-0.087-0.0286-0.6399-0.06820.31-0.03110.06020.008-0.01570.25050.04180.14710.98131.529-2.8152
21.9579-0.1034-0.08041.2742-0.21761.1764-0.0361-0.2364-0.16290.22440.0152-0.00090.02460.00720.02090.0436-0.00040.00230.07640.01720.0139-20.55-1.6982.0127
30.4566-0.0653-0.01770.67830.07520.5778-0.0067-0.0557-0.0010.0815-0.0011-0.0247-0.02970.01020.00780.0189-0.0098-0.00120.05760.0140.0093-16.10344.0189-4.96
44.22080.57460.83950.79650.10780.94030.0551-0.1634-0.00810.0772-0.0516-0.0962-0.0410.0913-0.00340.0163-0.0023-0.00510.0490.0120.0157-7.25080.5024-5.0787
52.47480.2638-0.18060.83070.05030.77770.0223-0.0205-0.25890.04010.0152-0.1170.12020.108-0.03740.04720.0209-0.02010.03230.00680.0536-9.377-24.2081-24.8484
60.10210.04670.30260.2177-0.09751.45340.0295-0.0469-0.02510.04030.0250.07120.0779-0.1711-0.05450.0157-0.00080.0110.04920.0310.1006-24.987-16.2516-25.2251
70.6983-0.1012-0.16810.36580.22711.46870.0091-0.0815-0.04460.08010.0311-0.01070.16970.0645-0.04020.03230.0033-0.01540.03210.01040.0456-13.9088-17.7513-16.0041
84.5085-0.722-0.0210.842-0.01650.78230.0655-0.0807-0.14830.0371-0.0205-0.09130.06510.1045-0.0450.01870.0029-0.00850.0175-0.00010.0293-7.7096-19.1084-26.0201
90.6529-0.31050.18211.2929-0.181.13160.08130.2694-0.0755-0.1648-0.0409-0.14550.02220.0159-0.04040.03610.02150.00440.1204-0.04160.0426-18.4235-7.546-54.4079
101.5044-0.1455-0.17160.7467-0.06550.58390.03620.1257-0.0808-0.2367-0.061-0.13960.06340.06480.02480.08120.01930.04230.0310.00710.0363-11.9456-7.4139-54.9886
111.7654-1.6049-0.30527.10471.75714.4886-0.0543-0.1306-0.07020.1866-0.03350.39340.1152-0.47390.08780.0207-0.0023-0.0130.0796-0.00710.0963-41.45237.9931-39.9499
120.73070.3098-0.30821.2017-0.29730.70510.0154-0.0027-0.0587-0.0894-0.0352-0.11420.05660.05290.01980.01420.01120.00240.0197-0.00810.019-16.2624-12.0153-47.1908
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176.71172.3357-4.03133.5432-1.85423.82550.08-0.2620.1193-0.095-0.1397-0.52470.0280.52310.05970.1684-0.0738-0.03940.2176-0.02790.25516.067931.9311-16.4349
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190.2301-0.13010.32730.646-0.46740.9428-0.0174-0.03950.02790.0733-0.0413-0.0079-0.15670.00180.05870.0448-0.00440.00420.0274-0.00450.0572-22.21727.0617-23.8697
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261.8089-0.57720.09211.8532-0.21281.1705-0.0904-0.271-0.00310.30490.08590.0225-0.0507-0.14390.00450.09860.0333-0.01160.1211-0.02410.044648.36813.68512.4437
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291.5276-0.0944-0.12761.07690.00831.2221-0.0071-0.1317-0.1880.09290.047-0.12210.25940.1113-0.03990.1149-0.0085-0.03570.0477-0.0040.131552.1616-25.1703-20.0966
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334.5077-1.2357-0.34981.02840.03480.6230.15610.34270.0434-0.1829-0.1437-0.00610.05940.0688-0.01240.09160.00340.00420.0586-0.00470.082754.1914-9.5529-55.5193
343.78760.2235-0.65360.6152-0.2270.84810.0070.3444-0.137-0.1213-0.0603-0.03160.1635-0.02330.05330.07960.0134-0.01330.0432-0.00650.079750.8527-16.012-52.0102
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360.69390.2784-0.28440.6537-0.21220.69580.01830.0034-0.025-0.0754-0.0532-0.05120.09130.03860.03490.03130.006-0.00190.0215-0.00160.082250.6619-13.3508-45.5543
376.5574-3.4531-3.03664.68672.2293.9160.0478-0.03190.2326-0.20310.1571-0.46740.09810.4845-0.20490.1253-0.02290.04740.16830.0410.202775.981519.1497-54.0156
380.3466-0.2860.07470.76010.34340.76980.0070.02430.0898-0.137-0.0163-0.0003-0.0689-0.06440.00930.0418-0.0002-0.01190.02140.01180.108645.941720.1366-46.3819
390.9640.31530.31861.10050.52171.0962-0.00990.07720.0172-0.1927-0.0084-0.0399-0.02950.03750.01820.0460.01180.00870.01290.01440.095550.691811.521-51.931
404.43560.1072-1.8110.72030.16261.73010.04980.11780.1038-0.143-0.0085-0.079-0.08060.0584-0.04130.0330.00150.00070.01620.00640.097956.69319.5583-47.2464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3A103 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4A250 - 303
5X-RAY DIFFRACTION5B33 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6B123 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7B181 - 249
8X-RAY DIFFRACTION8B250 - 302
9X-RAY DIFFRACTION9C34 - 81
10X-RAY DIFFRACTION10C82 - 133
11X-RAY DIFFRACTION11C134 - 148
12X-RAY DIFFRACTION12C149 - 303
13X-RAY DIFFRACTION13D33 - 70
14X-RAY DIFFRACTION14D71 - 122
15X-RAY DIFFRACTION15D123 - 180
16X-RAY DIFFRACTION16D181 - 302
17X-RAY DIFFRACTION17E32 - 50
18X-RAY DIFFRACTION18E51 - 140
19X-RAY DIFFRACTION19E141 - 249
20X-RAY DIFFRACTION20E250 - 303
21X-RAY DIFFRACTION21F33 - 53
22X-RAY DIFFRACTION22F54 - 122
23X-RAY DIFFRACTION23F123 - 249
24X-RAY DIFFRACTION24F250 - 302
25X-RAY DIFFRACTION25G34 - 51
26X-RAY DIFFRACTION26G52 - 102
27X-RAY DIFFRACTION27G103 - 162
28X-RAY DIFFRACTION28G163 - 303
29X-RAY DIFFRACTION29H33 - 111
30X-RAY DIFFRACTION30H112 - 162
31X-RAY DIFFRACTION31H163 - 247
32X-RAY DIFFRACTION32H248 - 302
33X-RAY DIFFRACTION33I33 - 70
34X-RAY DIFFRACTION34I71 - 120
35X-RAY DIFFRACTION35I121 - 180
36X-RAY DIFFRACTION36I181 - 303
37X-RAY DIFFRACTION37J32 - 50
38X-RAY DIFFRACTION38J51 - 180
39X-RAY DIFFRACTION39J181 - 253
40X-RAY DIFFRACTION40J254 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る