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- PDB-3nxg: JC polyomavirus VP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nxg
タイトルJC polyomavirus VP1
要素Major capsid protein VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / beta-sandwich jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Neu, U. / Stroeh, L.J. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2010
タイトル: Structure-function analysis of the human JC polyomavirus establishes the LSTc pentasaccharide as a functional receptor motif.
著者: Neu, U. / Maginnis, M.S. / Palma, A.S. / Stroh, L.J. / Nelson, C.D. / Feizi, T. / Atwood, W.J. / Stehle, T.
履歴
登録2010年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein VP1
B: Major capsid protein VP1
C: Major capsid protein VP1
D: Major capsid protein VP1
E: Major capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,15015
ポリマ－150,3795
非ポリマー77110
水17,781987
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25230 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area46430 Å2
手法PISA
2
A: Major capsid protein VP1
B: Major capsid protein VP1
C: Major capsid protein VP1
D: Major capsid protein VP1
E: Major capsid protein VP1
ヘテロ分子

A: Major capsid protein VP1
B: Major capsid protein VP1
C: Major capsid protein VP1
D: Major capsid protein VP1
E: Major capsid protein VP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,30030
ポリマ－300,75910
非ポリマー1,54220
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area53460 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area89860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.570, 96.020, 128.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALVALVALAA26 - 299 - 12
21VALVALVALVALBB26 - 299 - 12
31VALVALVALVALCC26 - 299 - 12
41VALVALVALVALDD26 - 299 - 12
51VALVALVALVALEE26 - 299 - 12
12PROPROILEILEAA78 - 8561 - 68
22PROPROILEILEBB78 - 8561 - 68
32PROPROILEILECC78 - 8561 - 68
42PROPROILEILEDD78 - 8561 - 68
52PROPROILEILEEE78 - 8561 - 68
13THRTHRASPASPAA31 - 5114 - 34
23THRTHRASPASPBB31 - 5114 - 34
33THRTHRASPASPCC31 - 5114 - 34
43THRTHRASPASPDD31 - 5114 - 34
53THRTHRASPASPEE31 - 5114 - 34
14HISHISPHEPHEAA53 - 5736 - 40
24HISHISPHEPHEBB53 - 5736 - 40
34HISHISPHEPHECC53 - 5736 - 40
44HISHISPHEPHEDD53 - 5736 - 40
54HISHISPHEPHEEE53 - 5736 - 40
15LEULEUPROPROAA87 - 8870 - 71
25LEULEUPROPROBB87 - 8870 - 71
35LEULEUPROPROCC87 - 8870 - 71
45LEULEUPROPRODD87 - 8870 - 71
55LEULEUPROPROEE87 - 8870 - 71
16METMETSERSERAA101 - 12284 - 105
26METMETSERSERBB101 - 12284 - 105
36METMETSERSERCC101 - 12284 - 105
46METMETSERSERDD101 - 12284 - 105
56METMETSERSEREE101 - 12284 - 105
17GLYGLYTHRTHRAA124 - 162107 - 145
27GLYGLYTHRTHRBB124 - 162107 - 145
37GLYGLYTHRTHRCC124 - 162107 - 145
47GLYGLYTHRTHRDD124 - 162107 - 145
57GLYGLYTHRTHREE124 - 162107 - 145
18TYRTYRPROPROAA164 - 165147 - 148
28TYRTYRPROPROBB164 - 165147 - 148
38TYRTYRPROPROCC164 - 165147 - 148
48TYRTYRPROPRODD164 - 165147 - 148
58TYRTYRPROPROEE164 - 165147 - 148
19ASNASNTHRTHRAA173 - 175156 - 158
29ASNASNTHRTHRBB173 - 175156 - 158
39ASNASNTHRTHRCC173 - 175156 - 158
49ASNASNTHRTHRDD173 - 175156 - 158
59ASNASNTHRTHREE173 - 175156 - 158
110GLNGLNLEULEUAA177 - 189160 - 172
210GLNGLNLEULEUBB177 - 189160 - 172
310GLNGLNLEULEUCC177 - 189160 - 172
410GLNGLNLEULEUDD177 - 189160 - 172
510GLNGLNLEULEUEE177 - 189160 - 172
111ALAALATHRTHRAA194 - 205177 - 188
211ALAALATHRTHRBB194 - 205177 - 188
311ALAALATHRTHRCC194 - 205177 - 188
411ALAALATHRTHRDD194 - 205177 - 188
511ALAALATHRTHREE194 - 205177 - 188
112LEULEUTHRTHRAA251 - 263234 - 246
212LEULEUTHRTHRBB251 - 263234 - 246
312LEULEUTHRTHRCC251 - 263234 - 246
412LEULEUTHRTHRDD251 - 263234 - 246
512LEULEUTHRTHREE251 - 263234 - 246
113SERSERVALVALAA266 - 280249 - 263
213SERSERVALVALBB266 - 280249 - 263
313SERSERVALVALCC266 - 280249 - 263
413SERSERVALVALDD266 - 280249 - 263
513SERSERVALVALEE266 - 280249 - 263
114ASNASNASPASPAA207 - 238190 - 221
214ASNASNASPASPBB207 - 238190 - 221
314ASNASNASPASPCC207 - 238190 - 221
414ASNASNASPASPDD207 - 238190 - 221
514ASNASNASPASPEE207 - 238190 - 221
115GLYGLYPROPROAA167 - 171150 - 154
215GLYGLYPROPROBB167 - 171150 - 154
315GLYGLYPROPROCC167 - 171150 - 154
415GLYGLYPROPRODD167 - 171150 - 154
515GLYGLYPROPROEE167 - 171150 - 154
116PHEPHEASPASPAA240 - 249223 - 232
216PHEPHEASPASPBB240 - 249223 - 232
316PHEPHEASPASPCC240 - 249223 - 232
416PHEPHEASPASPDD240 - 249223 - 232
516PHEPHEASPASPEE240 - 249223 - 232
117LEULEUVALVALAA282 - 287265 - 270
217LEULEUVALVALBB282 - 287265 - 270
317LEULEUVALVALCC282 - 287265 - 270
417LEULEUVALVALDD282 - 287265 - 270
517LEULEUVALVALEE282 - 287265 - 270

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1


分子量: 30075.861 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-290 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)
株: Mad-1 / 遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03089
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 987 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12 % PEG 3,350, 0.1 M HEPES, 0.2 M KSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9506 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月30日
放射モノクロメーター: Bartels monochromator (DCCM) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9506 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 124178 / Num. obs: 119853 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.842 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20658 6089 5.1 %RANDOM
Rwork0.17379 ---
obs0.17545 113760 96.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.349 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å2-0.59 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10044 0 50 987 11081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210440
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1021.95714196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.98551327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23324.283474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.834151719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1811562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217970
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.60256484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.545710551
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11753956
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1873622
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1622 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.145
2BLOOSE POSITIONAL0.175
3CLOOSE POSITIONAL0.155
4DLOOSE POSITIONAL0.135
5ELOOSE POSITIONAL0.155
1ALOOSE THERMAL1.2510
2BLOOSE THERMAL1.5610
3CLOOSE THERMAL1.2410
4DLOOSE THERMAL1.1610
5ELOOSE THERMAL1.5310
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 418 -
Rwork0.226 7923 -
obs--91.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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