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- PDB-6y1j: 14-3-3 sigma in complex with IkappaBalpha pS63 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1j
タイトル14-3-3 sigma in complex with IkappaBalpha pS63 peptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • NF-kappa-B inhibitor alpha
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 sigma / IkBa / Nf-kB
機能・相同性
機能・相同性情報


I-kappaB/NF-kappaB complex / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / negative regulation of myeloid cell differentiation / IkBA variant leads to EDA-ID / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / molecular sequestering activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / SUMOylation of immune response proteins / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / transcription regulator inhibitor activity ...I-kappaB/NF-kappaB complex / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / negative regulation of myeloid cell differentiation / IkBA variant leads to EDA-ID / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / molecular sequestering activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / SUMOylation of immune response proteins / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / transcription regulator inhibitor activity / interleukin-1-mediated signaling pathway / cellular response to cold / non-canonical NF-kappaB signal transduction / toll-like receptor 4 signaling pathway / nuclear localization sequence binding / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / response to exogenous dsRNA / regulation of cell-cell adhesion / TRAF6 mediated NF-kB activation / response to muramyl dipeptide / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / Regulation of localization of FOXO transcription factors / negative regulation of lipid storage / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / NF-kappaB binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of cholesterol efflux / Activation of BAD and translocation to mitochondria / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Notch signaling pathway / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / response to muscle stretch / positive regulation of protein metabolic process / protein export from nucleus / NF-kB is activated and signals survival / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / B cell receptor signaling pathway / Activation of NF-kappaB in B cells / negative regulation of protein kinase activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of inflammatory response / Interleukin-1 signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / protein localization / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / regulation of protein localization / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / cadherin binding / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeats (many copies) / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily ...: / Ankyrin repeats (many copies) / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NF-kappa-B inhibitor alpha / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.127 Å
データ登録者Wolter, M. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Commission オランダ
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2020
タイトル: Interaction of an I kappa B alpha Peptide with 14-3-3.
著者: Wolter, M. / Santo, D.L. / Herman, P. / Ballone, A. / Centorrino, F. / Obsil, T. / Ottmann, C.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: NF-kappa-B inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,68813
ポリマ－29,9032
非ポリマー78511
水6,017334
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: NF-kappa-B inhibitor alpha
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: NF-kappa-B inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,37626
ポリマ－59,8064
非ポリマー1,56922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area23960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.460, 111.820, 62.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

21A-722-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28226.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド NF-kappa-B inhibitor alpha / I-kappa-B-alpha / IkappaBalpha / Major histocompatibility complex enhancer-binding protein MAD3


分子量: 1676.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25963

-
非ポリマー , 5種, 345分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.095 M Na-HEPES pH 7.1, 27% PEG400, 0.19 M Calcium chloride, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.127→45.492 Å / Num. obs: 108705 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 9.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.13-1.158.60.6994586853380.8720.250.7432.7100
6.17-45.499.80.04173917560.9920.0140.04449.399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4fr3

4fr3


解像度: 1.127→45.492 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1833 5461 5.03 %
Rwork0.1695 --
obs0.1702 108654 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.59 Å2 / Biso mean: 14.9916 Å2 / Biso min: 2.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.127→45.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1901 0 102 334 2337
Biso mean--58.38 25.64 -
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9712952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.185311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.554846
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.127-1.13980.29891980.27653417
1.1398-1.15320.26631820.26963421
1.1532-1.16730.29711510.27063391
1.1673-1.18210.23341890.24733414
1.1821-1.19760.25411910.24643419
1.1976-1.2140.25361980.23323379
1.214-1.23140.23351760.2423402
1.2314-1.24970.25241780.21963408
1.2497-1.26930.22661750.22663416
1.2693-1.29010.20891870.20253434
1.2901-1.31230.20911900.19123394
1.3123-1.33620.2091770.18983449
1.3362-1.36190.20941720.18183408
1.3619-1.38970.20951920.18673379
1.3897-1.41990.19611880.17083425
1.4199-1.4530.17931890.16683408
1.453-1.48930.15371790.15413429
1.4893-1.52960.17391940.153409
1.5296-1.57460.16071500.15463462
1.5746-1.62540.17971840.15283437
1.6254-1.68350.15871660.15573442
1.6835-1.75090.16481890.15153434
1.7509-1.83060.171890.15493462
1.8306-1.92710.16571900.1583434
1.9271-2.04780.17541860.15183456
2.0478-2.2060.1621880.14633464
2.206-2.42790.1521580.14743508
2.4279-2.77920.16391790.15963499
2.7792-3.50130.17511860.15953525
3.5013-45.4920.18511900.16763668

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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