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- PDB-6xxr: ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDEA-NH2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xxr
タイトルENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDEA-NH2
要素
  • Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDEA-NH2
  • Protein enabled homolog
キーワードCELL ADHESION / proline-rich motif / ActA / Ena/VASP inhibitor / actin / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


actin polymerization-dependent cell motility / WW domain binding / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / Generation of second messenger molecules / filopodium / axon guidance / SH3 domain binding / lamellipodium ...actin polymerization-dependent cell motility / WW domain binding / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / Generation of second messenger molecules / filopodium / axon guidance / SH3 domain binding / lamellipodium / cell junction / actin binding / cytoskeleton / focal adhesion / synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Protein enabled homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Barone, M. / Le Cong, K. / Roske, Y.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research16GW0186K ドイツ
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Designed nanomolar small-molecule inhibitors of Ena/VASP EVH1 interaction impair invasion and extravasation of breast cancer cells.
著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, ...著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, Y. / Schmieder, P. / Volkmer, R. / Nazare, M. / Heinemann, U. / Oschkinat, H. / Ten Dijke, P. / Schmalz, H.G. / Kuhne, R.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2015
タイトル: A modular toolkit to inhibit proline-rich motif-mediated protein-protein interactions.
著者: Opitz, R. / Mueller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / ...著者: Opitz, R. / Mueller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / Oschkinat, H. / Schmalz, H.G. / Kuehne, R.
履歴
登録2020年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.52022年10月26日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年3月15日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 3.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein enabled homolog
B: Protein enabled homolog
F: Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDEA-NH2
G: Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDEA-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9979
ポリマ－26,6874
非ポリマー3105
水93752
1
A: Protein enabled homolog
G: Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDEA-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5305
ポリマ－13,3442
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
2
B: Protein enabled homolog
F: Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDEA-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4684
ポリマ－13,3442
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.740, 43.190, 44.010
Angle α, β, γ (deg.)61.038, 84.196, 84.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERALAALA(chain 'A' and (resid 5 through 13 or resid 15...AA5 - 127 - 14
12VALVALTRPTRP(chain 'A' and (resid 5 through 13 or resid 15...AA15 - 2317 - 25
13ALAALATHRTHR(chain 'A' and (resid 5 through 13 or resid 15...AA26 - 4528 - 47
14VALVALVALVAL(chain 'A' and (resid 5 through 13 or resid 15...AA48 - 4950 - 51
15LYSLYSILEILE(chain 'A' and (resid 5 through 13 or resid 15...AA52 - 6054 - 62
16ALAALAALAALA(chain 'A' and (resid 5 through 13 or resid 15...AA63 - 10765 - 109
27SERSERALAALA(chain 'B' and (resid 5 through 13 or resid 15...BB5 - 127 - 14
28VALVALTRPTRP(chain 'B' and (resid 5 through 13 or resid 15...BB15 - 2317 - 25
29ALAALATHRTHR(chain 'B' and (resid 5 through 13 or resid 15...BB26 - 4528 - 47
210VALVALVALVAL(chain 'B' and (resid 5 through 13 or resid 15...BB48 - 4950 - 51
211LYSLYSILEILE(chain 'B' and (resid 5 through 13 or resid 15...BB52 - 6054 - 62
212ALAALAALAALA(chain 'B' and (resid 5 through 13 or resid 15...BB63 - 10765 - 109

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要素

#1: タンパク質 Protein enabled homolog


分子量: 12628.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: S0A E109A are mutated for modelling as only the backbone was visible
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENAH, MENA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N8S7
#2: タンパク質・ペプチド Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDEA-NH2


分子量: 715.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 300.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.932M AmSO4 291mM NaNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→38.44 Å / Num. obs: 35565 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.984 / Rrim(I) all: 0.221 / Net I/σ(I): 3.86
反射 シェル解像度: 1.48→1.59 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 18406 / CC1/2: 0.376 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NCG

5ncg


解像度: 1.48→38.44 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.47 / 位相誤差: 44.4207
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 1857 5.23 %
Rwork0.2464 --
obs0.2551 35515 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→38.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1719 0 119 52 1890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0241919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.66522604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1001271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9817433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.520.46491290.44692443X-RAY DIFFRACTION86.51
1.52-1.560.41161350.38842549X-RAY DIFFRACTION89.75
1.56-1.620.35771360.35592592X-RAY DIFFRACTION90.85
1.62-1.670.34711370.34122597X-RAY DIFFRACTION91.06
1.67-1.740.33451370.3242611X-RAY DIFFRACTION91.33
1.74-1.820.33021380.31852610X-RAY DIFFRACTION91.39
1.82-1.920.34451360.32572585X-RAY DIFFRACTION90.64
1.92-2.040.33021350.30682582X-RAY DIFFRACTION90.72
2.04-2.190.30641390.28222639X-RAY DIFFRACTION92.76
2.19-2.410.29441380.28342625X-RAY DIFFRACTION92.3
2.41-2.760.28221390.26022624X-RAY DIFFRACTION91.62
2.76-3.480.23721380.22742636X-RAY DIFFRACTION92.59
3.48-38.440.19191400.18392645X-RAY DIFFRACTION92.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.529609674281-0.009999477370790.2384469531450.829421470659-0.06021796607450.6226239526770.01853001900180.02018919270970.06829062152270.0165779592466-0.00586185784669-0.0301929843769-0.0300864656736-0.008948723670140.04953171259330.1249664452520.0205956825176-0.004549053430880.3014542252520.1714077563920.21716942013810.05826729140.129679519342-13.9509376562
20.641673142176-0.3229163934910.183059197291.05138164620.4248555906411.54057110710.00952319982681-0.03369585011090.0488355924046-0.0003145280722150.016773115138-0.0105571274053-0.0163963213072-0.0713357459471-0.02312818450210.105764863940.00959947456461-0.01110237339480.2929245852650.1744429978850.22010180036627.6360957793-11.32555963344.70567386845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 111)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 4 through 111)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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